Locus 2976

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,538,616 – 8,538,776
Length 160
Max. P 0.909540
window4650 window4651 window4652

overview

Window 0

Location 8,538,616 – 8,538,736
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.78
Mean single sequence MFE -50.57
Consensus MFE -38.49
Energy contribution -38.25
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.624741
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8538616 120 + 23771897
AUUGCCGCAAGCUGUGACGAUGAACAGGCCAGGAACCGUGUUAUUGGAGCUGCCAGUCAGUGUGCCCUGGCUACCAGUCAAUUGGUGGCUUGUGCCAAAGUUGUGGCACCAACGCUCCAC
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>DroVir_CAF1 516 120 + 1
AUCGCCGCUAGCUGUGAGGACGAUCAGGCGCGCAAUCGCGUCAUUGGGGCAGCCAGCCAGUGUGCACUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCUCCCACCCUGCAC
...(((((.....)))(((.((((..((((((....))))))))))(((.(((((.(((.((((((..(((((((((....))))))))))))))...).)))))))))))..))))).. ( -58.30)
>DroGri_CAF1 516 120 + 1
AUUGCCGCCAGCUGUGAGGAUGAUGAGGCACGCAAUCGUGUCAUUGGAGCAGCUAGCCAAUGUGCCCUGGCCACCAGUCAGUUGGUGGCAUGCGCCAAGGUAGUUGCACCCACUCUACAC
.............(((((..((....((((((....))))))...((.(((((((.((...((((....((((((((....))))))))..))))...))))))))).))))..)).))) ( -44.90)
>DroWil_CAF1 516 120 + 1
AUUGCUGCCAGCUGUGAGGAUGAGCAAGCCAGAAAUCGGGUAAUUGGAGCAGCCAGCCAAUGUGCCUUGGCCACGAGCCAGCUGGUGGCCUGUGCUAAGGUAGUGGCUCCCACUUUGCAC
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>DroMoj_CAF1 516 120 + 1
AUUGCCGCCAGCUGUGAGGAUGAUCAGGCGCGCAAUCGCGUCAUCGCUGCGGCUAGCCAAUGUGCACUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCACCCACUCUGCAU
..(((((((((((((..((.((((..((((((....)))))))))))))))))).(((...(((((..(((((((((....))))))))))))))...))))))))))............ ( -59.80)
>DroAna_CAF1 516 120 + 1
AUCGCCGCCAGCUGCGAGGACGAGCAGGCGAGGAACCGGGUGAUCGGAGCGGCCAGCCAGUGCGCUCUGGCUACCAGCCAACUGGUGGCCUGUGCCAAGGUGGUGGCUCCCACGCUGCAU
(((((((((.(((.((....))))).)))..(....).)))))).(((((.((((.((...((((...(((((((((....))))))))).))))...)))))).))))).......... ( -58.10)
>consensus
AUUGCCGCCAGCUGUGAGGAUGAUCAGGCGAGCAAUCGCGUCAUUGGAGCAGCCAGCCAAUGUGCCCUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCACCCACUCUGCAC
...((((((.(((((...(((((...((.......))...)))))...)))))..(((...((((...(((((((((....))))))))).))))...)))))))))............. (-38.49 = -38.25 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 1

Location 8,538,656 – 8,538,776
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -53.70
Consensus MFE -44.97
Energy contribution -45.28
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.909540
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8538656 120 + 23771897
UUAUUGGAGCUGCCAGUCAGUGUGCCCUGGCUACCAGUCAAUUGGUGGCUUGUGCCAAAGUUGUGGCACCAACGCUCCACAAUGCUGCCUGUCGUGAGCAACUAGAAGCGGCUGCCAAAA
...(((((((((((((.((.((((....(((((((((....))))))))).((((((......))))))........)))).)))))..((.(....))).......)))))).)))).. ( -43.50)
>DroVir_CAF1 556 120 + 1
UCAUUGGGGCAGCCAGCCAGUGUGCACUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCUCCCACCCUGCACAAUGCUGCCUGUCGGGAGCAGCUGGAGGCGGCGGCCAGAA
.......(((.(((..((((((((((..(((((((((....)))))))))........(((((......))))).)))))..((((.((....)).)))))))))....))).))).... ( -61.10)
>DroGri_CAF1 556 120 + 1
UCAUUGGAGCAGCUAGCCAAUGUGCCCUGGCCACCAGUCAGUUGGUGGCAUGCGCCAAGGUAGUUGCACCCACUCUACACAAUGCUGCCUGCCGGGAACAAUUGGAGGCGGCGGCCAGAA
...((((.(((((((.((...((((....((((((((....))))))))..))))...)))))))))...............((((((((.((((......)))))))))))).)))).. ( -51.10)
>DroWil_CAF1 556 120 + 1
UAAUUGGAGCAGCCAGCCAAUGUGCCUUGGCCACGAGCCAGCUGGUGGCCUGUGCUAAGGUAGUGGCUCCCACUUUGCACAAUGCUGCCUGUCGAGAACAAUUGGAGGCAGCGGCCCGAA
...((((.((((((((((...(..(...((((((.((....)).)))))).)..)...)))..)))))..............((((((((.((((......)))))))))))))))))). ( -51.00)
>DroMoj_CAF1 556 120 + 1
UCAUCGCUGCGGCUAGCCAAUGUGCACUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCACCCACUCUGCAUAAUGCGGCCUGUCGCGAGCAAUUGGAGGCGGCGGCCCGGA
.....(((((.(((..(((((.(((...(((((((((....)))))))))((((...(((((((((...))))).(((.....)))))))..)))).)))))))).))).)))))..... ( -57.60)
>DroAna_CAF1 556 120 + 1
UGAUCGGAGCGGCCAGCCAGUGCGCUCUGGCUACCAGCCAACUGGUGGCCUGUGCCAAGGUGGUGGCUCCCACGCUGCAUAACGCUGCCUGCAGGGAACAACUCGAGGCGGCAGCCCGUA
.....(((((.((((.((...((((...(((((((((....))))))))).))))...)))))).))))).............((((((.((.(((.....)))...))))))))..... ( -57.90)
>consensus
UCAUUGGAGCAGCCAGCCAAUGUGCCCUGGCCACCAGUCAGCUGGUGGCCUGCGCCAAGGUGGUGGCACCCACUCUGCACAAUGCUGCCUGUCGGGAACAACUGGAGGCGGCGGCCAGAA
.....(((((.((((.((...((((...(((((((((....))))))))).))))...)))))).))))).............(((((((.((((......)))))))))))........ (-44.97 = -45.28 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 2

Location 8,538,656 – 8,538,776
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -52.75
Consensus MFE -35.69
Energy contribution -36.78
Covariance contribution 1.09
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.802284
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8538656 120 - 23771897
UUUUGGCAGCCGCUUCUAGUUGCUCACGACAGGCAGCAUUGUGGAGCGUUGGUGCCACAACUUUGGCACAAGCCACCAAUUGACUGGUAGCCAGGGCACACUGACUGGCAGCUCCAAUAA
..((((.(((.(((((..((((((.......))))))...(((..((.(((((((((......))))))..((.((((......)))).))))).)).))).))..))).)))))))... ( -42.30)
>DroVir_CAF1 556 120 - 1
UUCUGGCCGCCGCCUCCAGCUGCUCCCGACAGGCAGCAUUGUGCAGGGUGGGAGCCACCACCUUGGCGCAGGCCACCAGCUGACUGGUGGCCAGUGCACACUGGCUGGCUGCCCCAAUGA
....(((.((((((....((((((.......))))))...(((((((((((......))))))))((((.(((((((((....))))))))).)))).))).))).))).)))....... ( -66.20)
>DroGri_CAF1 556 120 - 1
UUCUGGCCGCCGCCUCCAAUUGUUCCCGGCAGGCAGCAUUGUGUAGAGUGGGUGCAACUACCUUGGCGCAUGCCACCAACUGACUGGUGGCCAGGGCACAUUGGCUAGCUGCUCCAAUGA
.((((((((((((((((..........)).)))).((((.((((.((((((......))).))).))))))))............))))))))))...((((((.........)))))). ( -45.90)
>DroWil_CAF1 556 120 - 1
UUCGGGCCGCUGCCUCCAAUUGUUCUCGACAGGCAGCAUUGUGCAAAGUGGGAGCCACUACCUUAGCACAGGCCACCAGCUGGCUCGUGGCCAAGGCACAUUGGCUGGCUGCUCCAAUUA
....(((((((((((....(((....))).)))))))..(((((((.((((......)))).)).)))))))))..((((..(((.(((((....)).))).)))..))))......... ( -52.00)
>DroMoj_CAF1 556 120 - 1
UCCGGGCCGCCGCCUCCAAUUGCUCGCGACAGGCCGCAUUAUGCAGAGUGGGUGCCACCACCUUGGCGCAGGCCACCAGCUGACUGGUGGCCAGUGCACAUUGGCUAGCCGCAGCGAUGA
...((((....))))...((((((.(((.(.((((((.....))...(((.((((((......)))))).(((((((((....)))))))))....)))...)))).).))))))))).. ( -55.40)
>DroAna_CAF1 556 120 - 1
UACGGGCUGCCGCCUCGAGUUGUUCCCUGCAGGCAGCGUUAUGCAGCGUGGGAGCCACCACCUUGGCACAGGCCACCAGUUGGCUGGUAGCCAGAGCGCACUGGCUGGCCGCUCCGAUCA
..((((((((((....(.((.(((((((((..(((......))).))).)))))).)))....)))))..(((((((((....)))))((((((......)))))))))))).))).... ( -54.70)
>consensus
UUCGGGCCGCCGCCUCCAAUUGCUCCCGACAGGCAGCAUUGUGCAGAGUGGGAGCCACCACCUUGGCACAGGCCACCAGCUGACUGGUGGCCAGGGCACACUGGCUGGCUGCUCCAAUGA
....(((.((((...((((((((((..............(((((...((((......))))....)))))(((((((((....))))))))).))))).))))).)))).)))....... (-35.69 = -36.78 +   1.09)

alignment

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