Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,493,728 – 8,493,846 |
Length | 118 |
Max. P | 0.569167 |
Location | 8,493,728 – 8,493,846 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.51 |
Mean single sequence MFE | -45.65 |
Consensus MFE | -27.27 |
Energy contribution | -26.97 |
Covariance contribution | -0.30 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569167 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 8493728 118 - 23771897 UCCAGACCGGUGCCCUGCACAAGGAUGUUUAUGAAGGCACUGGUGAUGCUGCUGAAACGUUCCAGCAGAAUCUUGUCCUGUGCCCGCUUCAAUGGGUCCUUGGGCAGCAACGGAUUCU ......(((.(((..(((.(((((((.(...(((((((((.((.(((.((((((........)))))).)))....)).)))))...))))..).))))))).)))))).)))..... ( -46.90) >DroPse_CAF1 16116 118 - 1 UCGAGGCCAGUGCUUUGGAACAAGAUCUUCAUGAAUGCAUUGGUGACGGCACUGAAGCGCUCCAGCAGGAUCUUAUCCUCGGCCCGCUUCAGCGGGUCCUUGGGCAGAAGAGGAUUCU (((((((....))))))).....(((((((......((.(..(((....)))..).))((.((((.(((((...))))))(((((((....)))))))..)))))....))))))).. ( -43.40) >DroSec_CAF1 12020 118 - 1 UCCAGCCCGGUGCCCUGCAAGAGGAUCUUCAUGAAGGCACUGGUGAUGCCGCUGAAGCGCUCCAGCAGGAUCUUGUCCUGGGCCCGCCCUAAUGGGUCCUUGGGCAGCAGCGGAUUCU ......(((.((((((((..(((...(((((....(((((....).))))..)))))..)))..)))))....(((((.(((((((......)))))))..)))))))).)))..... ( -50.50) >DroYak_CAF1 12183 118 - 1 UCCAGACCGGUGCUGUGCAACAGGAUCUUCAUGAAGGCACCGGUGAUGCCGCUGAAACGCUCCAGCAGGAUCUUGUCCUGGGCCCGCCUCAACGGAUCCUUGGGCAGUAGCGGAUUCU ......(((.((((((.((..(((((((...(((.(((.((((.(((.((((((........)))).)).....)))))))....))))))..))))))))).)))))).)))..... ( -46.70) >DroAna_CAF1 12403 118 - 1 UCGAUAUUGGCAUUCUGGGUGAGAAUCUUCAUGAAGGCACCAGUGAUUCCACUGAAGCAUUCUACCAGGAUCUUGUCCUGGGCCUUCUUCAGGGGAUCCUUGGGCAGCAGCGGGUUCU ..((.(((.((...((..(((((....)))))..))((.((((.((((((.((((((.......(((((((...))))))).....)))))))))))).))))))....)).))))). ( -42.40) >DroPer_CAF1 16116 118 - 1 UCGAGGCCAGUGCUGUGGAACAAGAUCUUCAUGAAUGCAUUGGUGACGGCACUGAAGCGCUCCACCAGGAUCUUAUCCUCGGCCCGCUUCAGAGGGUCCUUGGGCAGAAGAGGAUUCU (((..((((((((.(((((........)))))....))))))))..)))..((((((((..((...(((((...))))).))..))))))))(((((((((........))))))))) ( -44.00) >consensus UCCAGACCGGUGCUCUGCAACAGGAUCUUCAUGAAGGCACUGGUGAUGCCACUGAAGCGCUCCAGCAGGAUCUUGUCCUGGGCCCGCUUCAACGGGUCCUUGGGCAGCAGCGGAUUCU .....((((((((.......................))))))))......................((((((((((((.(((((((......)))))))..))))).....))))))) (-27.27 = -26.97 + -0.30)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:24 2006