Locus 2968

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,488,847 – 8,489,003
Length	156
Max. P	0.996797

overview

Window 7

Location	8,488,847 – 8,488,939
Length	92
Sequences	5
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.79
Mean single sequence MFE	-27.03
Consensus MFE	-15.58
Energy contribution	-17.82
Covariance contribution	2.24
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.585523
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8488847 92 - 23771897
ACACCACCCAAGGAGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCAUGCUCUUGUGACAGCAUAUUUCUCACACGAAGCAACGGUCAUACUUAUUCGC------------------------
.(((((((....).))))))....(((((.....))(((.(((((.(((((...........))))).).))))..)))....)))......------------------------ ( -22.90)
>DroSec_CAF1 7275 92 - 1
ACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUAUAGCCACCAAGCUCUUGUGCCAGUAUAUCUCUCACACAGAGCAACGGUCAUACUCAUUUGC------------------------
.(((((((....).))))))......((((((..((.....(((((((((..((.....))..)))).)))))...))..))))))......------------------------ ( -31.00)
>DroSim_CAF1 7241 92 - 1
ACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGCUUAGCCAGCAUGCUCUUGUGCCAGUAUAUUUCUCACACGGAGCAACGGUCAUACUCAUUCGC------------------------
(((((......))))).((((((.((((((...)))....((((((.(((..((.......))..))))))))).........)))))))))------------------------ ( -27.50)
>DroEre_CAF1 8297 116 - 1
ACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUCAAACCACCAUGCCCUUGUGCCAGUAUAUUUAUCAGAUGGAGCAACGGUCAUACUCAUUGACUCGUUUCCAUUGUGGUUGUAAAAA
(((((((...(((((((.((....(((((.((........)))))))....)).)))))))....((((((..((((((((.......)))).)))))))))))))).)))..... ( -33.90)
>DroYak_CAF1 7297 81 - 1
ACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUA-----------CACACUGCCCUUGUGCCAGUAUAUUUAACAGUUGGAGCAACGGUCAUACUCAUUGGU------------------------
........(((((.(..(((....-----------..)))..)))))).((((((.......((.((((...)))).)).......))))))------------------------ ( -19.84)
>consensus
ACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCAUGCUCUUGUGCCAGUAUAUUUCUCACACGGAGCAACGGUCAUACUCAUUCGC________________________
.(((((((....).))))))......((((...(((....((((((((((..((.....))..)))).))))))..)))...)))).............................. (-15.58 = -17.82 +   2.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	8,488,863 – 8,488,972
Length	109
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.09
Mean single sequence MFE	-40.87
Consensus MFE	-26.02
Energy contribution	-27.02
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.36
SVM RNA-class probability	0.946602
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8488863 109 + 23771897
GUUGCUUCGUGUGAGAAAUAUGCUGUCACAAGAGCAUGGUGGCUAAACCCUCUAUUCACCACUCCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGAGAUUCAAAAUAAACACCCCA------
..(((((..(((((.(.......).))))).))))).((((..((..(((.(((..(((((((.....)))))))))).)))(((....)))......))..))))...------ ( -35.60)
>DroSec_CAF1 7291 115 + 1
GUUGCUCUGUGUGAGAGAUAUACUGGCACAAGAGCUUGGUGGCUAUACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGUAUUCAAAAUAAACACCCCACCGACU
...(((((((((.((.......)).)))).)))))(((((((..(((((((...(((((((((((......)))))))))))...)))))))..............))))))).. ( -49.69)
>DroSim_CAF1 7257 113 + 1
GUUGCUCCGUGUGAGAAAUAUACUGGCACAAGAGCAUGCUGGCUAAGCCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGUAUUCAAAAUAAACACCCCACCGA--
..(((((.((((.((.......)).))))..))))).(((.....)))......(((((((((((......)))))))))))...(((((.............))))).....-- ( -40.92)
>DroEre_CAF1 8337 113 + 1
GUUGCUCCAUCUGAUAAAUAUACUGGCACAAGGGCAUGGUGGUUUGACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGUGAUCGGGGGAUUCAAAAUACACACCCCACUGA--
.(((..(((..............)))..)))(((....(((.((((((((((.((((((((((((......))))))))).))).)))))..)))))...)))..))).....-- ( -39.34)
>DroYak_CAF1 7313 102 + 1
GUUGCUCCAACUGUUAAAUAUACUGGCACAAGGGCAGUGUG-----------UAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGCGGAUUCAAAAUACACACCCCACCGA--
..(((((....(((((.......)))))...)))))(((((-----------(((((((((((((......)))))))))(((((....)))))..)))))))))........-- ( -38.80)
>consensus
GUUGCUCCGUGUGAGAAAUAUACUGGCACAAGAGCAUGGUGGCUAAACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGGAUUCAAAAUAAACACCCCACCGA__
..(((((...(((.............)))..)))))..................(((((((((((......)))))))))))...((((...............))))....... (-26.02 = -27.02 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,488,863 – 8,488,972
Length	109
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.09
Mean single sequence MFE	-39.17
Consensus MFE	-26.06
Energy contribution	-27.78
Covariance contribution	1.72
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.93
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.66
SVM RNA-class probability	0.970563
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8488863 109 - 23771897
------UGGGGUGUUUAUUUUGAAUCUCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGAGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCAUGCUCUUGUGACAGCAUAUUUCUCACACGAAGCAAC
------.(((..((((.....))))..))).....((((((.((......)).))))))....(..((.....))..).(((((.(((((...........))))).).)))).. ( -29.90)
>DroSec_CAF1 7291 115 - 1
AGUCGGUGGGGUGUUUAUUUUGAAUACCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUAUAGCCACCAAGCUCUUGUGCCAGUAUAUCUCUCACACAGAGCAAC
....((((((((((((.....))))))))).(((((((((((((......)))))))))......))))...))).....(((((((((..((.....))..)))).)))))... ( -46.50)
>DroSim_CAF1 7257 113 - 1
--UCGGUGGGGUGUUUAUUUUGAAUACCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGCUUAGCCAGCAUGCUCUUGUGCCAGUAUAUUUCUCACACGGAGCAAC
--..((((((((((((.....))))))))))..))(((((((((......)))))))))....(..(((...)))..).((((((.(((..((.......))..))))))))).. ( -45.10)
>DroEre_CAF1 8337 113 - 1
--UCAGUGGGGUGUGUAUUUUGAAUCCCCCGAUCACACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUCAAACCACCAUGCCCUUGUGCCAGUAUAUUUAUCAGAUGGAGCAAC
--.....((((((((...(((((..(((.(.....(((((((((......)))))))))....).))))))))....))))))))(((.(((..............))).))).. ( -37.54)
>DroYak_CAF1 7313 102 - 1
--UCGGUGGGGUGUGUAUUUUGAAUCCGCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUA-----------CACACUGCCCUUGUGCCAGUAUAUUUAACAGUUGGAGCAAC
--..((.(.((((((((((....(((....)))..(((((((((......)))))))))))))-----------)))))).)))((((.((((............)))).)))). ( -36.80)
>consensus
__UCGGUGGGGUGUUUAUUUUGAAUCCCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCAUGCUCUUGUGCCAGUAUAUUUCUCACACGGAGCAAC
......(((((.((((.....)))).)))))....(((((((((......)))))))))....................((((((((((..((.....))..)))).)))))).. (-26.06 = -27.78 +   1.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	8,488,899 – 8,489,003
Length	104
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.09
Mean single sequence MFE	-31.20
Consensus MFE	-17.88
Energy contribution	-20.34
Covariance contribution	2.46
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.40
SVM RNA-class probability	0.950730
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8488899 104 + 23771897
UGGUGGCUAAACCCUCUAUUCACCACUCCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGAGAUUCAAAAUAAAC-ACCCCA--------CU--GGCGGCAUUUAUUGAUUUAUUUAUUGAUU
..((.((((..(((.(((..(((((((.....)))))))))).)))...(((...............-..))).--------.)--))).))....((..((......))..)). ( -29.23)
>DroSec_CAF1 7327 112 + 1
UGGUGGCUAUACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGUAUUCAAAAUAAAC-ACCCCACCGACUGACU--GGCGGCAUUUAUUGAUUUAUUUAUUGAUU
.((((...(((((((...(((((((((((......)))))))))))...)))))))..........)-)))((.(((......)--)).)).....((..((......))..)). ( -36.22)
>DroSim_CAF1 7293 108 + 1
UGCUGGCUAAGCCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGUAUUCAAAAUAAAC-ACCCCACCGA----CU--GGCGGCAUUUAUUGAUUUAUUUAUUGAUU
(((((.(...........(((((((((((......)))))))))))...(((((.............-))))).....----..--).)))))...((..((......))..)). ( -34.42)
>DroEre_CAF1 8373 108 + 1
UGGUGGUUUGACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGUGAUCGGGGGAUUCAAAAUACAC-ACCCCACUGA----CU--GGCGGCAUUUAUUGAUUUAUUUAUUGAUU
..(((.((((((((((.((((((((((((......))))))))).))).)))))..)))))...)))-.(((((....----.)--)).)).....((..((......))..)). ( -37.10)
>DroYak_CAF1 7349 97 + 1
GUGUG-----------UAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGCGGAUUCAAAAUACAC-ACCCCACCGA----CU--GGCGGCAUUUAUUGAUUUGUUUAUUGAUU
(((((-----------(((((((((((((......)))))))))(((((....)))))..)))))))-)).((.((..----..--)).)).....((..((......))..)). ( -35.20)
>DroAna_CAF1 7231 91 + 1
--GCAACCAAACC------UCACCAC-----------UGUGGGGA-AAAAGUCUUUUCAAAUAAAACUACCCCAUUAA----AUACGGAGCGUUUUAUUGAUUUUAAUAUUGAUU
--.(((..(((((------((.....-----------.((((((.-...(((.(((......)))))).))))))...----.....))).))))..)))............... ( -15.04)
>consensus
UGGUGGCUAAACCCUCUAUUCACCACACCUUGGGUGGUGUGGUGGGAUCGGGGGAUUCAAAAUAAAC_ACCCCACCGA____CU__GGCGGCAUUUAUUGAUUUAUUUAUUGAUU
..((.(((..........(((((((((((......)))))))))))...((((................)))).............))).))....((..((......))..)). (-17.88 = -20.34 +   2.46)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	8,488,899 – 8,489,003
Length	104
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.09
Mean single sequence MFE	-31.63
Consensus MFE	-17.26
Energy contribution	-18.85
Covariance contribution	1.59
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.23
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	2.75
SVM RNA-class probability	0.996797
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8488899 104 - 23771897
AAUCAAUAAAUAAAUCAAUAAAUGCCGCC--AG--------UGGGGU-GUUUAUUUUGAAUCUCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGAGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCA
..........((((((((((((((((.((--..--------.)))))-)))))))......(((...((..((((((.((......)).)))))).)).)))))))))....... ( -25.80)
>DroSec_CAF1 7327 112 - 1
AAUCAAUAAAUAAAUCAAUAAAUGCCGCC--AGUCAGUCGGUGGGGU-GUUUAUUUUGAAUACCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUAUAGCCACCA
.............(((.......((((.(--.....).))))(((((-((((.....))))))))))))..(((((((((......)))))))))....(..((.....))..). ( -38.00)
>DroSim_CAF1 7293 108 - 1
AAUCAAUAAAUAAAUCAAUAAAUGCCGCC--AG----UCGGUGGGGU-GUUUAUUUUGAAUACCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGCUUAGCCAGCA
.............(((.......((((..--..----.))))(((((-((((.....))))))))))))..(((((((((......)))))))))....(..(((...)))..). ( -38.20)
>DroEre_CAF1 8373 108 - 1
AAUCAAUAAAUAAAUCAAUAAAUGCCGCC--AG----UCAGUGGGGU-GUGUAUUUUGAAUCCCCCGAUCACACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUCAAACCACCA
........................((((.--..----...))))(((-(.((...((((..(((.(.....(((((((((......)))))))))....).))))))))))))). ( -33.30)
>DroYak_CAF1 7349 97 - 1
AAUCAAUAAACAAAUCAAUAAAUGCCGCC--AG----UCGGUGGGGU-GUGUAUUUUGAAUCCGCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUA-----------CACAC
........................(((((--..----..))))).((-(((((((....(((....)))..(((((((((......)))))))))))))-----------))))) ( -33.10)
>DroAna_CAF1 7231 91 - 1
AAUCAAUAUUAAAAUCAAUAAAACGCUCCGUAU----UUAAUGGGGUAGUUUUAUUUGAAAAGACUUUU-UCCCCACA-----------GUGGUGA------GGUUUGGUUGC--
..............(((((((((((((((((..----...))))))).)))))).))))...((((...-.((.(((.-----------...))).------))...))))..-- ( -21.40)
>consensus
AAUCAAUAAAUAAAUCAAUAAAUGCCGCC__AG____UCGGUGGGGU_GUUUAUUUUGAAUACCCCGAUCCCACCACACCACCCAAGGUGUGGUGAAUAGAGGGUUUAGCCACCA
..((((..(((((((......((.((((............)))).)).)))))))))))............(((((((((......))))))))).................... (-17.26 = -18.85 +   1.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:23 2006