Locus 2959

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,441,780 – 8,441,878
Length 98
Max. P 0.875675
window4625 window4626

overview

Window 5

Location 8,441,780 – 8,441,878
Length 98
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 69.57
Mean single sequence MFE -46.02
Consensus MFE -20.82
Energy contribution -21.43
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 0.89
SVM RNA-class probability 0.875675
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8441780 98 + 23771897
GG---CGGUGGGAUGCCCCCAGGAAUGGGUGGACCGGGAACACCGACGGGACUGCCGCCAGGUGCCUAUCCUGGCAGCCAUAUGCCGGGAUAUCCACAAGG
((---(((..(....((((((....)))).))..(((.....)))......)..)))))..(((..((((((((((......))))))))))..))).... ( -48.40)
>DroVir_CAF1 51458 92 + 1
GG---UGGC---AUGAGUGUCGGCAUGGGCGGGCCAGGCACGCCAACAGGUCUGCCACCUGGUGCCUAUCCGGGCUCUCACCUGGCCGGCUAUCCGCC---
((---(((.---(((...((((((((((((..((((((((.(((....))).))))...)))))))))).((((......))))))))))))))))))--- ( -42.30)
>DroGri_CAF1 40785 92 + 1
GG---UGUU---GUGGGUGUCGGCAUGGGUGGACCGGGUACGCCAACAGGAUUGCCGCCUGGUGCGUAUCCCGGCUCGCACAUGCCUGGCUACCCACC---
..---....---(((((((((((((((.(((..((((((((((...((((.......))))..))))).)))))..))).)))))).))).)))))).--- ( -53.50)
>DroEre_CAF1 23512 98 + 1
GG---CGGUGGAAUGCCCCCUGGAAUGGGUGGACCGGGAACACCGACGGGAUUGCCGCCCGGCGCUUAUCCAGGCAGCCAUAUGCCGGGCUAUCCACAAGG
..---..(((((..((((..((((.((((((...(((.....))).((((.......)))).))))))))))((((......))))))))..))))).... ( -42.40)
>DroWil_CAF1 153201 95 + 1
AC---A---GGGGUACCAGUCGGCAUGACUGGACCGGGAACUCCAACUGGCCUGCCGCCCGGAGCCUAUCCAGGAUCUCAUAUGCCUGGCUAUCCGCCAGG
..---.---..(((.((((((.....)))))))))((((..(((....(((.....))).(((.....))).))))))).....((((((.....)))))) ( -36.80)
>DroAna_CAF1 106926 101 + 1
GGACCCGGUCCUGGCCCAGUUGGAAUGGGCGGCCCCGGCACACCGACCGGCUUGCCGCCGGGUGCUUAUCCUGGCAGCCAUAUGCCGGGCUAUCCGCCGGG
...((((((..((((((....(((.((((((.((((((((..((....))..)))))..)))))))))))).((((......))))))))))...)))))) ( -52.70)
>consensus
GG___CGGUGG_AUGCCAGUCGGAAUGGGUGGACCGGGAACACCAACAGGACUGCCGCCCGGUGCCUAUCCAGGCACCCAUAUGCCGGGCUAUCCACCAGG
.........................(((((((.(((((....((....)).......))))).......((((((........)))))))))))))..... (-20.82 = -21.43 +   0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 8,441,780 – 8,441,878
Length 98
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 69.57
Mean single sequence MFE -44.37
Consensus MFE -19.17
Energy contribution -19.95
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.742203
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8441780 98 - 23771897
CCUUGUGGAUAUCCCGGCAUAUGGCUGCCAGGAUAGGCACCUGGCGGCAGUCCCGUCGGUGUUCCCGGUCCACCCAUUCCUGGGGGCAUCCCACCG---CC
....((((.....(((((.....(((((((((.......)))))))))......)))))(((((((((...........)))))))))..))))..---.. ( -41.50)
>DroVir_CAF1 51458 92 - 1
---GGCGGAUAGCCGGCCAGGUGAGAGCCCGGAUAGGCACCAGGUGGCAGACCUGUUGGCGUGCCUGGCCCGCCCAUGCCGACACUCAU---GCCA---CC
---...((...(((..((.(((....))).))...))).)).(((((((....((((((((((...((....))))))))))))....)---))))---)) ( -45.10)
>DroGri_CAF1 40785 92 - 1
---GGUGGGUAGCCAGGCAUGUGCGAGCCGGGAUACGCACCAGGCGGCAAUCCUGUUGGCGUACCCGGUCCACCCAUGCCGACACCCAC---AACA---CC
---.((((((.(...((((((.(.(..(((((.(((((..((((.......))))...))))))))))..).).))))))..)))))))---....---.. ( -46.70)
>DroEre_CAF1 23512 98 - 1
CCUUGUGGAUAGCCCGGCAUAUGGCUGCCUGGAUAAGCGCCGGGCGGCAAUCCCGUCGGUGUUCCCGGUCCACCCAUUCCAGGGGGCAUUCCACCG---CC
....(((((..(((((((.....))).((((((..((((((((.(((.....)))))))))))...((....))...))))))))))..)))))..---.. ( -42.50)
>DroWil_CAF1 153201 95 - 1
CCUGGCGGAUAGCCAGGCAUAUGAGAUCCUGGAUAGGCUCCGGGCGGCAGGCCAGUUGGAGUUCCCGGUCCAGUCAUGCCGACUGGUACCCC---U---GU
((((((.....))))))..........((((((.....))))))..(((((......((.....))(((((((((.....)))))).)))))---)---)) ( -39.00)
>DroAna_CAF1 106926 101 - 1
CCCGGCGGAUAGCCCGGCAUAUGGCUGCCAGGAUAAGCACCCGGCGGCAAGCCGGUCGGUGUGCCGGGGCCGCCCAUUCCAACUGGGCCAGGACCGGGUCC
((((((((....((((((((...((((((.((.......)).))))))..(((....))))))))))).))(((((.......)))))...).)))))... ( -51.40)
>consensus
CCUGGCGGAUAGCCCGGCAUAUGGCAGCCAGGAUAGGCACCAGGCGGCAAUCCCGUCGGUGUUCCCGGUCCACCCAUGCCGACAGGCAC_CCACCG___CC
...(((((((..((.(((........))).))....(((((.(((((.....)))))))))).....)))))))........................... (-19.17 = -19.95 +   0.78)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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