Locus 2937

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,394,803 – 8,394,963
Length	160
Max. P	0.969281

overview

Window 2

Location	8,394,803 – 8,394,923
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.50
Mean single sequence MFE	-51.84
Consensus MFE	-42.62
Energy contribution	-44.62
Covariance contribution	2.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969281
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8394803 120 + 23771897
AAAUGCCGCCAACGUGAACAUGGCCAAGAGUGCGCCAAACAGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCU
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>DroSec_CAF1 2010 120 + 1
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....(((((((..(....).))))..(((...(((((..((((....))))......(((((.((((.(((((.(((((......))))).))))).)))).)))))))))).)))))). ( -53.30)
>DroSim_CAF1 1983 120 + 1
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>DroEre_CAF1 16 120 + 1
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....(((((((..(....).))))(.(((((((((((..(((((...((.(((((...)))))))...)))))((((((.....)))))).......)))).))).)))).)....))). ( -53.30)
>DroYak_CAF1 16 120 + 1
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>consensus
AAAUGCCGCCAACGUGAACAUGGCCAAGAGUGCGCCAAACAGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCU
....(((((((.........))))..(((...(((((..((((....))))......(((((.((((.((((..(((((......)))))..)))).)))).)))))))))).)))))). (-42.62 = -44.62 +   2.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	8,394,803 – 8,394,923
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.50
Mean single sequence MFE	-46.15
Consensus MFE	-39.38
Energy contribution	-39.78
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.840714
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8394803 120 - 23771897
AGCCAGAUCGCCAGAUGCAGCCAUAACCACAGCCCCAGUCUGGGCCUCAGCUUUGGCGGCACCAAGAGCCAGCGACAGCUGUUUGGCGCACUCUUGGCCAUGUUCACGUUGGCGGCAUUU
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>DroSec_CAF1 2010 120 - 1
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>DroSim_CAF1 1983 120 - 1
AGCCAGAUCGCCAGAUGCAGCCAUAACCACAGCCCCAGUCUGGGCCUCAGCUUUGGCGGCACCAAGAGCCAGCGACAGCUGUUUGGCGCACUCUUGGCCAUGUUCACGUUGGCGGCAUUU
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>DroEre_CAF1 16 120 - 1
AGCCAGAUCGAGAGAUGCAGCCAUAACCACAGGCCCAGUCUGGGCCUCAGCUUUGGCGGCUCCAAGAGCCAGCGACAGCUGUUUGGCGCACUCUUGGCCAUGUUCACGUUGGCGGCAUUU
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>DroYak_CAF1 16 120 - 1
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>consensus
AGCCAGAUCGCCAGAUGCAGCCAUAACCACAGCCCCAGUCUGGGCCUCAGCUUUGGCGGCACCAAGAGCCAGCGACAGCUGUUUGGCGCACUCUUGGCCAUGUUCACGUUGGCGGCAUUU
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,394,843 – 8,394,963
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.67
Mean single sequence MFE	-54.12
Consensus MFE	-44.16
Energy contribution	-45.20
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.810944
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8394843 120 + 23771897
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCUUGGAGUCUGGCCAAGUCCGUGGGCCUGUGUUUGGGUGGCG
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>DroSec_CAF1 2050 120 + 1
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCUUGGAGUCUGGCCAAGUCCGUGGGCCUGUGUUUGGGUGGCU
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>DroSim_CAF1 2023 120 + 1
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCUUGGAGUCUGGCCAAGUCCGUGGGCCUGUGUUUGGGUGGCU
((((......))))......((((((.((((..(((((((.....(((((.((((((.((((.((...(((......))))).))))))))))))))).)))))))..)))).)))))). ( -52.70)
>DroEre_CAF1 56 120 + 1
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGAGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGCCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUCUCGAUCUGGCUCGGAGUCUGGCCAAGACCGUGGGCCUGUGCUUGGGAGGCU
(((....((.(((((...)))))((((.(((((((((((.....)))))).))))).)))).))..(((((((.(.((((((..((((.....))))..))))))...).)))))))))) ( -56.20)
>DroYak_CAF1 56 120 + 1
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGAUCCUCCAAAGCUGUGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUCUGGAUCUGGCUUGGAGUCUGGCCAAGACCGUGGGCCUCUGUUUGGGUGGCU
((((..(((.((((.((((.....)))))))))))((((((((.(((((..(((((.((((((...(((..(.......)..)))..)))))).)))))..).)))).)))))))))))) ( -55.80)
>consensus
AGCUGUCGCUGGCUCUUGGUGCCGCCAAAGCUGAGGCCCAGACUGGGGCUGUGGUUAUGGCUGCAUCUGGCGAUCUGGCUUGGAGUCUGGCCAAGUCCGUGGGCCUGUGUUUGGGUGGCU
.((..((((.(((((..(((((.((((.((((..(((((......)))))..)))).)))).))))).........(((((((.......))))).))..)))))...))...))..)). (-44.16 = -45.20 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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