Locus 292

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 830,853 – 831,024
Length 171
Max. P 0.723868
window437 window438 window439

overview

Window 7

Location 830,853 – 830,973
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.83
Mean single sequence MFE -35.99
Consensus MFE -20.47
Energy contribution -20.78
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.600615
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 830853 120 + 23771897
CACUCCCAGCAAAGGCUGCUCAAUGAGAUCACCGAUAACCACAUCAAUCUGCGUCACCUGGUGGCCGAUCUUCAGAGCAGCUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGAU
...(((((((...((((((((...((((((...(((......))).....(.(((((...))))))))))))..)))))))).(.....)..)))....(((((....).)))).)))). ( -38.90)
>DroVir_CAF1 6636 120 + 1
CAGUCGCAGCAGAAGCUGCUCAACGAAAUAACCGAUAACCACAUCAAUUUGCGUCAUCUGGUGUCGGAUCUACAGAGCAGCUCCAACGACAAGCUAGUUCUAGCCAAAAUGCAGCGUGAC
..(((((.((.(.((((((((..((.......))....((((((((............)))))).)).......)))))))).)........((((....)))).........))))))) ( -33.00)
>DroGri_CAF1 4407 120 + 1
CAGUCACAGCAGAAGCUGCUCAACGAGAUCACCGACAAUCACAUCAAUUUGCGUCACCUGGUCGCUGAUCUUCAGAGCAGCUCCAAUGACAAACUGAUGUUGGCCAAAAUGCAGCGUGAC
..(((((.((...((((((((...(((((((.((((...(.((......)).).......)))).)))))))..))))))))((((((.(.....).))))))..........))))))) ( -38.70)
>DroMoj_CAF1 6697 120 + 1
CAAUCGCAGCAGAAGCUGCUCAACGAGAUCACGGAUAAUCACAUCAGACUGCGUCAUCUCGUGGCGGAUCUGCAGAGCAGCUCUACUGACAAGCUGUUGCUGGCCAAGAUGCAGCGCGAC
...((((.((((.((((((((.(((((((.(((.(...((......)).).))).))))))).(((....))).))))))))...))).)..(((((..((.....))..))))))))). ( -44.70)
>DroAna_CAF1 5778 120 + 1
CAUUCCCAGCAAAGGCUGCUAAAUGAGAUCACCGAUAAUCACAUAAAUCUGCGACAUCUAGUAGCCGAUCUCCAGAGUACUUCCAACGAGAAGCUAUUGAUAGCCAAGGCUCAAAGGGAU
...(((((((...((((((((.(((...((.(.(((..........))).).))))).))))))))..((((...............)))).))).((((..((....)))))).)))). ( -30.06)
>DroPer_CAF1 6139 120 + 1
CAUUCGCAGCAAAAGCUUCUGAAUGAUAUCACCGACAAUCACAUCAGUCUGCGGCAUUUGGUGGCCGAUCUCCAGAGCAGCUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAU
..((((..((....((..((((.((((..........))))..))))...)).))..(((((((((..((((.((((...))))...))))(((....))))))))....)))))))).. ( -30.60)
>consensus
CAGUCGCAGCAAAAGCUGCUCAACGAGAUCACCGAUAAUCACAUCAAUCUGCGUCAUCUGGUGGCCGAUCUCCAGAGCAGCUCCAACGACAAGCUAAUGCUGGCCAAAAUGCAGCGGGAC
...((((......((((((((...((((((((((.....(.((......)).).....))))....))))))..))))))))..........((((....))))...........)))). (-20.47 = -20.78 +   0.31) 

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 830,853 – 830,973
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.83
Mean single sequence MFE -41.80
Consensus MFE -24.30
Energy contribution -25.08
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.595711
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 830853 120 - 23771897
AUCCCUCUGGACCUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCGUCGGAGCUGCUCUGAAGAUCGGCCACCAGGUGACGCAGAUUGAUGUGGUUAUCGGUGAUCUCAUUGAGCAGCCUUUGCUGGGAGUG
......((((.(....))))).....((((((.(.((((((((((((((.((((....(((.(((((((((......))).))))))))))))))))..)))))).)))))).)))))). ( -41.10)
>DroVir_CAF1 6636 120 - 1
GUCACGCUGCAUUUUGGCUAGAACUAGCUUGUCGUUGGAGCUGCUCUGUAGAUCCGACACCAGAUGACGCAAAUUGAUGUGGUUAUCGGUUAUUUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGCGACUG
....(((.(((....(((((....))))).......((((((((((....((......(((.(((((((((......))).)))))))))....))...))))))))))))).))).... ( -40.50)
>DroGri_CAF1 4407 120 - 1
GUCACGCUGCAUUUUGGCCAACAUCAGUUUGUCAUUGGAGCUGCUCUGAAGAUCAGCGACCAGGUGACGCAAAUUGAUGUGAUUGUCGGUGAUCUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGUGACUG
((((((..(((...((((.(((....))).))))..((((((((((...((((((.((((..(....)(((......)))....)))).))))))....))))))))))))))))))).. ( -48.50)
>DroMoj_CAF1 6697 120 - 1
GUCGCGCUGCAUCUUGGCCAGCAACAGCUUGUCAGUAGAGCUGCUCUGCAGAUCCGCCACGAGAUGACGCAGUCUGAUGUGAUUAUCCGUGAUCUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGCGAUUG
(((((..........(((.(((....))).)))(((((((((((((.(((((((....(((.(((((((((......)))).))))))))))))).)).))))))).))))))))))).. ( -50.30)
>DroAna_CAF1 5778 120 - 1
AUCCCUUUGAGCCUUGGCUAUCAAUAGCUUCUCGUUGGAAGUACUCUGGAGAUCGGCUACUAGAUGUCGCAGAUUUAUGUGAUUAUCGGUGAUCUCAUUUAGCAGCCUUUGCUGGGAAUG
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>DroPer_CAF1 6139 120 - 1
AUCUCGUUGGACUUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCAUUAGAGCUGCUCUGGAGAUCGGCCACCAAAUGCCGCAGACUGAUGUGAUUGUCGGUGAUAUCAUUCAGAAGCUUUUGCUGCGAAUG
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>consensus
AUCACGCUGCACCUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCAUUGGAGCUGCUCUGAAGAUCGGCCACCAGAUGACGCAGAUUGAUGUGAUUAUCGGUGAUCUCAUUGAGCAGCUUCUGCUGCGAAUG
.((((.........(((..(((....)))..)))..((((((((((((.(((((....(((.(((((((((......)))).)))))))))))))))..))))))))))....))))... (-24.30 = -25.08 +   0.78) 

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 830,933 – 831,024
Length 91
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.36
Mean single sequence MFE -25.38
Consensus MFE -16.55
Energy contribution -16.13
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.13
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.723868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 830933 91 + 23771897
CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGAUCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCGAGGAGAAGAUCAGUA-GCCA--GCA
((((..(((((((((..((((.((((..(((((((....)))))))..)))).))))-----.)).-))).)))).))))..........-....--... ( -34.00)
>DroPse_CAF1 6146 86 + 1
CUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAUUUAGAUAGUGGUGAGUGGGGCAUGCAGCUUAUCCU-------------C-UUCUAUUCAU
(((....)))(((((.(((((..(((....(((...(........)..)))....))))))))..))))).....-------------.-.......... ( -18.00)
>DroSec_CAF1 5428 90 + 1
CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCCAGGAAAGGAU---UG-GCCAUUGUA
.....((((...((((((.((..((.((((((....))))))(((.(((.((....)-----)..)-))...))).))..)).))---))-))..)))). ( -30.00)
>DroSim_CAF1 4856 90 + 1
CUCCGACGAAAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCCAGGGAAGGAU---UG-GCCAUUGAA
......(((...(((((((((.((((..((((((......))))))..)))).))))-----....-.....(((......))))---))-))..))).. ( -27.60)
>DroEre_CAF1 6275 90 + 1
CUGCGACGAGAAGCUGAUGCUGGCCAAGGUGCAGAGGGACUUGGAUAGUGGUAAGCA-----CACA-CUUGUUCUUAAAAGGGAU---UG-GCCAUUGCA
..((((.....(((....)))((((((.......((((((..(....(((.......-----))).-)..))))))........)---))-))).)))). ( -24.66)
>DroPer_CAF1 6219 86 + 1
CUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAUUUAGAUAGUGGUGAGUGGGGCAUGCAGCUUAUCCU-------------C-UUCUAUUCUU
(((....)))(((((.(((((..(((....(((...(........)..)))....))))))))..))))).....-------------.-.......... ( -18.00)
>consensus
CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA_____CACA_CUUAUUCUAGGAAAGGAU___UG_GCCAUUGAA
.................((((.((((..((((((......))))))..)))).))))........................................... (-16.55 = -16.13 +  -0.42) 

alignment

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