Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 830,853 – 831,024 |
Length | 171 |
Max. P | 0.723868 |
Location | 830,853 – 830,973 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.83 |
Mean single sequence MFE | -35.99 |
Consensus MFE | -20.47 |
Energy contribution | -20.78 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.81 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.600615 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 830853 120 + 23771897 CACUCCCAGCAAAGGCUGCUCAAUGAGAUCACCGAUAACCACAUCAAUCUGCGUCACCUGGUGGCCGAUCUUCAGAGCAGCUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGAU ...(((((((...((((((((...((((((...(((......))).....(.(((((...))))))))))))..)))))))).(.....)..)))....(((((....).)))).)))). ( -38.90) >DroVir_CAF1 6636 120 + 1 CAGUCGCAGCAGAAGCUGCUCAACGAAAUAACCGAUAACCACAUCAAUUUGCGUCAUCUGGUGUCGGAUCUACAGAGCAGCUCCAACGACAAGCUAGUUCUAGCCAAAAUGCAGCGUGAC ..(((((.((.(.((((((((..((.......))....((((((((............)))))).)).......)))))))).)........((((....)))).........))))))) ( -33.00) >DroGri_CAF1 4407 120 + 1 CAGUCACAGCAGAAGCUGCUCAACGAGAUCACCGACAAUCACAUCAAUUUGCGUCACCUGGUCGCUGAUCUUCAGAGCAGCUCCAAUGACAAACUGAUGUUGGCCAAAAUGCAGCGUGAC ..(((((.((...((((((((...(((((((.((((...(.((......)).).......)))).)))))))..))))))))((((((.(.....).))))))..........))))))) ( -38.70) >DroMoj_CAF1 6697 120 + 1 CAAUCGCAGCAGAAGCUGCUCAACGAGAUCACGGAUAAUCACAUCAGACUGCGUCAUCUCGUGGCGGAUCUGCAGAGCAGCUCUACUGACAAGCUGUUGCUGGCCAAGAUGCAGCGCGAC ...((((.((((.((((((((.(((((((.(((.(...((......)).).))).))))))).(((....))).))))))))...))).)..(((((..((.....))..))))))))). ( -44.70) >DroAna_CAF1 5778 120 + 1 CAUUCCCAGCAAAGGCUGCUAAAUGAGAUCACCGAUAAUCACAUAAAUCUGCGACAUCUAGUAGCCGAUCUCCAGAGUACUUCCAACGAGAAGCUAUUGAUAGCCAAGGCUCAAAGGGAU ...(((((((...((((((((.(((...((.(.(((..........))).).))))).))))))))..((((...............)))).))).((((..((....)))))).)))). ( -30.06) >DroPer_CAF1 6139 120 + 1 CAUUCGCAGCAAAAGCUUCUGAAUGAUAUCACCGACAAUCACAUCAGUCUGCGGCAUUUGGUGGCCGAUCUCCAGAGCAGCUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAU ..((((..((....((..((((.((((..........))))..))))...)).))..(((((((((..((((.((((...))))...))))(((....))))))))....)))))))).. ( -30.60) >consensus CAGUCGCAGCAAAAGCUGCUCAACGAGAUCACCGAUAAUCACAUCAAUCUGCGUCAUCUGGUGGCCGAUCUCCAGAGCAGCUCCAACGACAAGCUAAUGCUGGCCAAAAUGCAGCGGGAC ...((((......((((((((...((((((((((.....(.((......)).).....))))....))))))..))))))))..........((((....))))...........)))). (-20.47 = -20.78 + 0.31)
Location | 830,853 – 830,973 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.83 |
Mean single sequence MFE | -41.80 |
Consensus MFE | -24.30 |
Energy contribution | -25.08 |
Covariance contribution | 0.78 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.74 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.595711 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 830853 120 - 23771897 AUCCCUCUGGACCUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCGUCGGAGCUGCUCUGAAGAUCGGCCACCAGGUGACGCAGAUUGAUGUGGUUAUCGGUGAUCUCAUUGAGCAGCCUUUGCUGGGAGUG ......((((.(....))))).....((((((.(.((((((((((((((.((((....(((.(((((((((......))).))))))))))))))))..)))))).)))))).)))))). ( -41.10) >DroVir_CAF1 6636 120 - 1 GUCACGCUGCAUUUUGGCUAGAACUAGCUUGUCGUUGGAGCUGCUCUGUAGAUCCGACACCAGAUGACGCAAAUUGAUGUGGUUAUCGGUUAUUUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGCGACUG ....(((.(((....(((((....))))).......((((((((((....((......(((.(((((((((......))).)))))))))....))...))))))))))))).))).... ( -40.50) >DroGri_CAF1 4407 120 - 1 GUCACGCUGCAUUUUGGCCAACAUCAGUUUGUCAUUGGAGCUGCUCUGAAGAUCAGCGACCAGGUGACGCAAAUUGAUGUGAUUGUCGGUGAUCUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGUGACUG ((((((..(((...((((.(((....))).))))..((((((((((...((((((.((((..(....)(((......)))....)))).))))))....))))))))))))))))))).. ( -48.50) >DroMoj_CAF1 6697 120 - 1 GUCGCGCUGCAUCUUGGCCAGCAACAGCUUGUCAGUAGAGCUGCUCUGCAGAUCCGCCACGAGAUGACGCAGUCUGAUGUGAUUAUCCGUGAUCUCGUUGAGCAGCUUCUGCUGCGAUUG (((((..........(((.(((....))).)))(((((((((((((.(((((((....(((.(((((((((......)))).))))))))))))).)).))))))).))))))))))).. ( -50.30) >DroAna_CAF1 5778 120 - 1 AUCCCUUUGAGCCUUGGCUAUCAAUAGCUUCUCGUUGGAAGUACUCUGGAGAUCGGCUACUAGAUGUCGCAGAUUUAUGUGAUUAUCGGUGAUCUCAUUUAGCAGCCUUUGCUGGGAAUG .((((....(((...((((.......((((((....))))))......(((((((.(.....(((((((((......))))).))))).))))))).......))))...)))))))... ( -36.00) >DroPer_CAF1 6139 120 - 1 AUCUCGUUGGACUUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCAUUAGAGCUGCUCUGGAGAUCGGCCACCAAAUGCCGCAGACUGAUGUGAUUGUCGGUGAUAUCAUUCAGAAGCUUUUGCUGCGAAUG ...((((.((.(....)))((((..((((((((.((((((...)))))).)).((((........))))..((.((((((.((.....)).)))))).)).))))))..))))))))... ( -34.40) >consensus AUCACGCUGCACCUUGGCCAGCAUUAGCUUCUCAUUGGAGCUGCUCUGAAGAUCGGCCACCAGAUGACGCAGAUUGAUGUGAUUAUCGGUGAUCUCAUUGAGCAGCUUCUGCUGCGAAUG .((((.........(((..(((....)))..)))..((((((((((((.(((((....(((.(((((((((......)))).)))))))))))))))..))))))))))....))))... (-24.30 = -25.08 + 0.78)
Location | 830,933 – 831,024 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 70.36 |
Mean single sequence MFE | -25.38 |
Consensus MFE | -16.55 |
Energy contribution | -16.13 |
Covariance contribution | -0.42 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.13 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.41 |
SVM RNA-class probability | 0.723868 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 830933 91 + 23771897 CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGAUCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCGAGGAGAAGAUCAGUA-GCCA--GCA ((((..(((((((((..((((.((((..(((((((....)))))))..)))).))))-----.)).-))).)))).))))..........-....--... ( -34.00) >DroPse_CAF1 6146 86 + 1 CUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAUUUAGAUAGUGGUGAGUGGGGCAUGCAGCUUAUCCU-------------C-UUCUAUUCAU (((....)))(((((.(((((..(((....(((...(........)..)))....))))))))..))))).....-------------.-.......... ( -18.00) >DroSec_CAF1 5428 90 + 1 CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCCAGGAAAGGAU---UG-GCCAUUGUA .....((((...((((((.((..((.((((((....))))))(((.(((.((....)-----)..)-))...))).))..)).))---))-))..)))). ( -30.00) >DroSim_CAF1 4856 90 + 1 CUCCGACGAAAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA-----CAGA-CUUAUUCCAGGGAAGGAU---UG-GCCAUUGAA ......(((...(((((((((.((((..((((((......))))))..)))).))))-----....-.....(((......))))---))-))..))).. ( -27.60) >DroEre_CAF1 6275 90 + 1 CUGCGACGAGAAGCUGAUGCUGGCCAAGGUGCAGAGGGACUUGGAUAGUGGUAAGCA-----CACA-CUUGUUCUUAAAAGGGAU---UG-GCCAUUGCA ..((((.....(((....)))((((((.......((((((..(....(((.......-----))).-)..))))))........)---))-))).)))). ( -24.66) >DroPer_CAF1 6219 86 + 1 CUCUAAUGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAAGUCCAACGAGAUUUAGAUAGUGGUGAGUGGGGCAUGCAGCUUAUCCU-------------C-UUCUAUUCUU (((....)))(((((.(((((..(((....(((...(........)..)))....))))))))..))))).....-------------.-.......... ( -18.00) >consensus CUCCGACGAGAAGCUAAUGCUGGCCAAGGUCCAGAGGGACCUGGAUAGUGGUAAGCA_____CACA_CUUAUUCUAGGAAAGGAU___UG_GCCAUUGAA .................((((.((((..((((((......))))))..)))).))))........................................... (-16.55 = -16.13 + -0.42)
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