Locus 2862

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,189,650 – 8,189,780
Length	130
Max. P	0.886323

overview

Window 1

Location	8,189,650 – 8,189,745
Length	95
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.46
Mean single sequence MFE	-32.37
Consensus MFE	-18.52
Energy contribution	-18.38
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.81
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.11
SVM RNA-class probability	0.586201
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8189650 95 + 23771897
CUCCG----CCGCUUACUAUCCGGCGUAUGCCAGCUAUCCGGCCUACGCGGCGUAUGCGUAUGCACCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCAUACU
....(----(((.........))))(((((...(((....))).((((.(((((((((((..((....)).....))))))))))).))))..))))). ( -36.50)
>DroPse_CAF1 18849 99 + 1
CUGCACCAUCGGCUUACUUUCCGACUUAUGCCAGCUAUCCGGCAUACGCGUCGUAUGCGUAUGCACCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCAUACU
..........((..(((....((((.((((((........))))))...))))...((((((((.(((.....))).))))))))...))).))..... ( -32.30)
>DroEre_CAF1 20518 95 + 1
CUCCG----CCGCCUACUAUCCGGCCUAUGCCAGCUAUCCGGCCUACGCGGCGUAUGCGUAUGCACCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCCUACU
...((----((((.........(((....))).(((....)))....))))))...((((((((.(((.....))).)))))))).............. ( -34.50)
>DroWil_CAF1 18325 99 + 1
CAGCUCCGUCAACCUAUUAUCCCGGAUAUUUCAGUUCGCCGGCCUAUGCGGCGUAUACGUAUACACCUGUUUAUGGUGCCUAUGCCACAUAUCCGUAUU
......................(((((((....((.(((((.......)))))...))(((((((((.......))))..)))))...))))))).... ( -24.30)
>DroAna_CAF1 16597 99 + 1
CUACGCCCUCUGCCUAUUAUCCGGCGUAUGCCAGCUAUCCGGCCUACGCGUCGUAUGCGUAUUCUCCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCCUACU
.(((((.....)).........(((((((((..(((((((((..(((((((...)))))))....))))...))))))))))))))..)))........ ( -34.30)
>DroPer_CAF1 19197 99 + 1
CUGCACCAUCGGCUUACUUUCCGACUUAUGCCAGCUAUCCGGCAUACGCGUCGUAUGCGUAUGCACCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCAUACU
..........((..(((....((((.((((((........))))))...))))...((((((((.(((.....))).))))))))...))).))..... ( -32.30)
>consensus
CUGCGCC_UCCGCCUACUAUCCGGCGUAUGCCAGCUAUCCGGCCUACGCGGCGUAUGCGUAUGCACCGGUUUAUGGCGCAUACGCCACGUAUCCAUACU
.............................(((........))).((((.(.(((((((((..((....)).....))))))))).).))))........ (-18.52 = -18.38 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	8,189,650 – 8,189,745
Length	95
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.46
Mean single sequence MFE	-39.73
Consensus MFE	-27.90
Energy contribution	-28.27
Covariance contribution	0.37
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.886323
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8189650 95 - 23771897
AGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGCCGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCAUACGCCGGAUAGUAAGCGG----CGGAG
..((((....))))(((((((((((.......)))))))))))...(((((((((.(((((....))))).)))((......))..))))----))... ( -44.40)
>DroPse_CAF1 18849 99 - 1
AGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAUGCCGGAUAGCUGGCAUAAGUCGGAAAGUAAGCCGAUGGUGCAG
..........(((((((((((((((.......))))))))))).))))..(((((((((((....)))))))).(((((........)))))..))).. ( -43.30)
>DroEre_CAF1 20518 95 - 1
AGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGCCGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCAUAGGCCGGAUAGUAGGCGG----CGGAG
..........(((((((((((((((.......))))))))))).))))((((....(((((....)))))....(((........))).)----))).. ( -43.60)
>DroWil_CAF1 18325 99 - 1
AAUACGGAUAUGUGGCAUAGGCACCAUAAACAGGUGUAUACGUAUACGCCGCAUAGGCCGGCGAACUGAAAUAUCCGGGAUAAUAGGUUGACGGAGCUG
....(((.((((((((....(((((.......)))))....(....)))))))))..))).............((((.(((.....)))..)))).... ( -28.20)
>DroAna_CAF1 16597 99 - 1
AGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGAGAAUACGCAUACGACGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCAUACGCCGGAUAAUAGGCAGAGGGCGUAG
..........((((((((((...((.......))...)))))).))))(((((((.(((((....))))).)))(((........))).....)))).. ( -35.60)
>DroPer_CAF1 19197 99 - 1
AGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAUGCCGGAUAGCUGGCAUAAGUCGGAAAGUAAGCCGAUGGUGCAG
..........(((((((((((((((.......))))))))))).))))..(((((((((((....)))))))).(((((........)))))..))).. ( -43.30)
>consensus
AGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCAUAAGCCGGAUAGUAAGCCGA_GGCGCAG
.....((.(((((((((((((((((.......)))))))))))......))))))..))......(((((....))))).................... (-27.90 = -28.27 +   0.37)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	8,189,674 – 8,189,780
Length	106
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.64
Mean single sequence MFE	-40.74
Consensus MFE	-30.68
Energy contribution	-30.77
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.44
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.561614
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8189674 106 - 23771897
CCGCAGCAGCAGGAUUCACCGCCCUAGAUACGAGUAGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGCCGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCA
..(((((.((.((.....))))((...((((.....))))((.(((((((((((((((.(((......)))....)))))))))))))))..))))...))).)). ( -42.30)
>DroPse_CAF1 18877 105 - 1
GGAUAUC-CUUGGAAUCAUCGUCGCAGAUAUGAGUAGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAUGCCGGAUAGCUGGCA
...((((-(......((((.(((...))))))).......)))))(((((((((((((((.......))))))))))).)))).......((((((....)))))) ( -39.12)
>DroEre_CAF1 20542 106 - 1
CAACAGCAGCAGGACUCACCGCCCUAGAUACGAGUAGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGCCGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCA
.....((.((......(((..(((((..((....)).)))))....)))(((((((((((.......)))))))))))....)).))....(((((....))))). ( -42.40)
>DroYak_CAF1 17897 106 - 1
CCACAGCGGCAGGAUUUAUCGUCCUAGAUAGGAGAAGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGCCGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCA
.....((((((((((.....)))))...........(((....)))((((((((((((((.......))))))))))).))))))))....(((((....))))). ( -46.30)
>DroAna_CAF1 16625 102 - 1
CUAUAUC----CGCUUCAGCGCCUCAGGUAGGAGUAGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGAGAAUACGCAUACGACGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCA
((((.((----(((....))(((...))).)))...))))...((((((.((((((((((.......))......)))))))).)))))).(((((....))))). ( -35.20)
>DroPer_CAF1 19225 105 - 1
GGAUAUC-CUUGGAAUCAUCGUCGCAGAUAUGAGUAGUAUGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAUGCCGGAUAGCUGGCA
...((((-(......((((.(((...))))))).......)))))(((((((((((((((.......))))))))))).)))).......((((((....)))))) ( -39.12)
>consensus
CCACAGC_GCAGGAUUCAUCGCCCCAGAUACGAGUAGUAGGGAUACGUGGCGUAUGCGCCAUAAACCGGUGCAUACGCAUACGACGCGUAGGCCGGAUAGCUGGCA
...................(((..............(((....)))((((((((((((((.......))))))))))).)))...)))...(((((....))))). (-30.68 = -30.77 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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