Locus 2861

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,176,908 – 8,177,028
Length 120
Max. P 0.970557
window4470

overview

Window 0

Location 8,176,908 – 8,177,028
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.00
Mean single sequence MFE -52.30
Consensus MFE -49.48
Energy contribution -50.08
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970557
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8176908 120 + 23771897
UGUGGCUGCUGCCAAGCCUGGACUUGUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCCUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCGUACGUGGCUCCCUAUGCCUCCAGCUACAGCGC
(((((((((((((..(((.(((...((((((.....))))))...)))...)))...((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))).... ( -54.30)
>DroSec_CAF1 4683 120 + 1
CGUGGCUGCUGCCAAGCCCGGAAUUUUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCCUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCCUACGUGGCUCCCUACGCCUCCAGCUACACCGC
.((((((((((((..(((.(((....(((((.....)))))....)))...)))...((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))..... ( -47.90)
>DroSim_CAF1 4665 120 + 1
CGUGGCUGCUGCCAAGCCCGGACUUGUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCCUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCCUACGUGGCUCCCUACGCCUCCAGCUACACCGC
.((((((((((((.((.(((((...(((((.((...))..)))))...))))).)).((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))..... ( -51.70)
>DroEre_CAF1 4889 120 + 1
CGUGGCUGCUGCCAAGCCCGGAGUUUUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCUUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCCUACGUGGCUCCCUACGCCUCCAGCUACUCCGC
.(((((((((((((((((.(((((..(((((.....)))))..)))))...))))).((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))..... ( -55.70)
>DroYak_CAF1 4771 120 + 1
CGUGGCUGCUGCCAAGCCCGGCAUUGUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCUUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCCUACGUGGCUCCCUACGCCUCCAGCUACACCGC
.(((((((((((((((((.((....((((((.....))))))....))...))))).((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))..... ( -51.90)
>consensus
CGUGGCUGCUGCCAAGCCCGGAAUUGUGGCUCCUCUGGCCGCCGCUCCUCUGGCCUACACCGCUCCGGCUGUGGUGGGCAGUGCCGCCUACGUGGCUCCCUACGCCUCCAGCUACACCGC
.((((((((((((..(((.(((.(.((((((.....)))))).).)))...)))...((((((.......))))))))))).(((((....)))))............)))))))..... (-49.48 = -50.08 +   0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:43:36 2006