Locus 2851

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,145,127 – 8,145,247
Length 120
Max. P 0.516902
window4456

overview

Window 6

Location 8,145,127 – 8,145,247
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.56
Mean single sequence MFE -46.50
Consensus MFE -20.12
Energy contribution -20.60
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.43
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.516902
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8145127 120 - 23771897
GAAACAGGAGCGUACGCAGCUCAUCCAGCUGCAAUAUGUGGCCCAUGGAUUGGCUGCUGUGGCCUACAGCUCUUGUGGCCAGUGCUGCAAUGCGGAUUUUCCGCAGGAUCGGGGCGAGCA
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>DroVir_CAF1 1328 120 - 1
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>DroGri_CAF1 1176 120 - 1
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>DroWil_CAF1 2960 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 1132 120 - 1
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>DroAna_CAF1 34099 120 - 1
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>consensus
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.......((((.......))))...(((((((((((.((((.((((((........)))))).)))).((....))......))))))).....(((((......)))))))))...... (-20.12 = -20.60 +   0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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