Locus 2799

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	7,962,383 – 7,962,522
Length	139
Max. P	0.998713

overview

Window 9

Location	7,962,383 – 7,962,487
Length	104
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.90
Mean single sequence MFE	-38.80
Consensus MFE	-31.60
Energy contribution	-31.20
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.11
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	3.08
SVM RNA-class probability	0.998353
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7962383 104 + 23771897
------------AGAUACAGAUACAUGUGCACAUGUG--UGUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAACGGCGUU--CUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
------------..(((((.(((((((....))))))--).)((((((.(((((((((((((((...(((..((((....)))))))...--))))))..)))))).))))))))))))) ( -38.60)
>DroSec_CAF1 5511 104 + 1
------------AGAUACAGAUACAUGUACACAUGUG--UGUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAGCGGCGUU--CUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
------------..(((((.(((((((....))))))--).)((((((.(((((((((((((((...(((..((((....)))))))...--))))))..)))))).))))))))))))) ( -38.60)
>DroSim_CAF1 5533 106 + 1
------------AGAUACAGAUACAUGUACACAUGUGUGUGUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAGCGGCGUU--CUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
------------(((((((.(((((((....))))))).)))))))((.(((((((((((((((...(((..((((....)))))))...--))))))..)))))).)))))........ ( -41.30)
>DroEre_CAF1 5664 110 + 1
AGAU----ACGCAGAUACAGAUGGAGAUACACAUGU----GUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAACGGCGUU--CUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
..((----(((((((((((.(((........))).)----)))))))).(((((((((((((((...(((..((((....)))))))...--))))))..)))))).)))......)))) ( -42.20)
>DroYak_CAF1 6024 116 + 1
AGAUGGAGAUAGAGAUACAGAUACAGAUACACAUGU----GUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAACGGCGUUCUCUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
..............((((..(((((........)))----))((((((.(((((((((((((((..(((...((((....))))...)))..))))))..)))))).))))))))))))) ( -33.30)
>consensus
____________AGAUACAGAUACAUGUACACAUGUG__UGUGUUUGCAGCUCACUUGCUGUGGCCAGCUUAGUUCACUCGAACGGCGUU__CUACGGUUCAAGUGAAGCGCAAAUGUAU
..............(((((.........((((........))))((((.(((((((((((((((...(((..((((....))))))).....))))))..)))))).))))))).))))) (-31.60 = -31.20 +  -0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	7,962,383 – 7,962,487
Length	104
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.90
Mean single sequence MFE	-31.62
Consensus MFE	-29.06
Energy contribution	-30.10
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.31
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	3.20
SVM RNA-class probability	0.998713
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7962383 104 - 23771897
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACACA--CACAUGUGCACAUGUAUCUGUAUCU------------
((((((.((((((((((((((((.((..--...)).)))))))))))....((.((((((.....))).))))).......--.....))))).))))))........------------ ( -34.60)
>DroSec_CAF1 5511 104 - 1
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGCUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACACA--CACAUGUGUACAUGUAUCUGUAUCU------------
(((((((((((((((((((((.(.((..--...)).).)))))))).....((((....)))).....))).)))))....--.(((((....)))))...)))))..------------ ( -29.70)
>DroSim_CAF1 5533 106 - 1
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGCUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACACACACACAUGUGUACAUGUAUCUGUAUCU------------
(((((((((((((((((((((.(.((..--...)).).)))))))).....((((....)))).....))).))))).......(((((....)))))...)))))..------------ ( -29.70)
>DroEre_CAF1 5664 110 - 1
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC----ACAUGUGUAUCUCCAUCUGUAUCUGCGU----AUCU
(((((.(((((((((((((((((.((..--...)).)))))))))).....((((....)))).....))).))))((((----....)))).........)))))......----.... ( -32.10)
>DroYak_CAF1 6024 116 - 1
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAGAGAACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC----ACAUGUGUAUCUGUAUCUGUAUCUCUAUCUCCAUCU
(((((.((((((((((((((((((((.....)))..)))))))))).....((((....)))).....))).))))((((----....))))...))))).................... ( -32.00)
>consensus
AUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG__AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACACA__CACAUGUGUACAUGUAUCUGUAUCU____________
((((((.(((((((((((((((((((.....)))..)))))))))))....((.((((((.....))).)))))..............))))).)))))).................... (-29.06 = -30.10 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	7,962,409 – 7,962,522
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.51
Mean single sequence MFE	-31.97
Consensus MFE	-29.60
Energy contribution	-29.68
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.10
SVM RNA-class probability	0.988011
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7962409 113 - 23771897
AGGGCCGG-----GUAUAUAGUACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
..((((((-----.(...((((.............((((......))))....((((((((((.((..--...)).))))))))))))))).)))))).((((......))))....... ( -32.50)
>DroSec_CAF1 5537 113 - 1
AGGGCCGG-----GUAUAUAGUACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGCUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
..((((((-----.(...((((.............((((......))))....((((((((.(.((..--...)).).))))))))))))).)))))).((((......))))....... ( -28.30)
>DroSim_CAF1 5561 113 - 1
AGGGCCGG-----GUAUAUAGUACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGCUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
..((((((-----.(...((((.............((((......))))....((((((((.(.((..--...)).).))))))))))))).)))))).((((......))))....... ( -28.30)
>DroEre_CAF1 5696 118 - 1
AGGGCCGAGUGGAGUGUAUGGCACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG--AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
.((..(((((((((((((.............................)))))))))))))..))((((--..(((.((((....))))...((((....))))..)))..))))...... ( -37.45)
>DroYak_CAF1 6060 115 - 1
AGGGCCGG-----GUAUAUGGUACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAGAGAACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
..((((((-----(((.(((.......................))).)))..((((((((((((((.....)))..))))))))))).....)))))).((((......))))....... ( -33.30)
>consensus
AGGGCCGG_____GUAUAUAGUACAAAAUAAACUUCAAAGAUACAUUUGCGCUUCACUUGAACCGUAG__AACGCCGUUCGAGUGAACUAAGCUGGCCACAGCAAGUGAGCUGCAAACAC
..(((((......((((...))))........................((..((((((((((((((.....)))..)))))))))))....))))))).((((......))))....... (-29.60 = -29.68 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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