Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,961,816 – 7,961,932 |
Length | 116 |
Max. P | 0.959680 |
Location | 7,961,816 – 7,961,932 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.01 |
Mean single sequence MFE | -28.46 |
Consensus MFE | -25.62 |
Energy contribution | -24.74 |
Covariance contribution | -0.88 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.50 |
SVM RNA-class probability | 0.959680 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 7961816 116 + 23771897 -AGCUAUGGCAGGAGCAUAUUGAUUUUGUUUUCAGGGUUUAGCGAACUAGUUUUAGCUGAUUAAAUUUGUGAAGGGUUGGUCCAAUUAUAAUUUAUUCUUCAAUUUGCUAUGGCUCU -(((((((((((((((...((((........))))(((((...))))).......)))((.((((((.((((..((.....))..)))))))))).)).....)))))))))))).. ( -27.10) >DroSec_CAF1 4953 116 + 1 -AGCUAUGGCAGGAGCAUAUUGAUUUUGCUUUCAGAGUUUAGCGAACUAGUUUUAGCUGAUUAAAUUUGUAAAGGGUUGGCCCAAUUAUAAUUUAUUCUUCAAUUUGCCAUGGCUCU -(((((((((((((((..((((..((((((..........)))))).))))....)))((.((((((.((((.(((....)))..)))))))))).)).....)))))))))))).. ( -31.40) >DroSim_CAF1 4986 116 + 1 -AGCUAUGGCAGGAGCAUAUUGAUUUUGUUUUCAGGGUUUAGCGAACUAGUUUUAGCUGAUUAAAUUUGUAAAGGGUUGGCCCAAUUAUAAUUUAUUCUUCAAUUUGCCAUGGCUCU -(((((((((((((((...((((........))))(((((...))))).......)))((.((((((.((((.(((....)))..)))))))))).)).....)))))))))))).. ( -31.10) >DroEre_CAF1 5154 116 + 1 -GGCCAUGGCAGCAGCAUAUUGAUUUCGUUUUCAGGGUUUAGCGAACUAGUUUUAGCUGAUUAAAUUUGUAAAGGGUUAGUCCAAUUAUAAUGUAUUCUUCAAUUUGCCAUGGCUCC -(((((((((((((((..((((..((((((..........)))))).))))....)))).......((((((..((.....))..)))))).............))))))))))).. ( -31.00) >DroYak_CAF1 5469 117 + 1 UAGCUGUGGUAGGAGCAUAUUGAUUUUGUUUUCCGCGCUUAGCGAACUAGUUUCAGCUGAUUAAAUUUGUAAAGGGUUGGUCCAAUUAUAAUUUAUUCUUCACUUCGCCAUGAUUCU .(((.((((...(((((.........))))).)))))))..(((((..(((....)))((.((((((.((((..((.....))..)))))))))).)).....)))))......... ( -21.70) >consensus _AGCUAUGGCAGGAGCAUAUUGAUUUUGUUUUCAGGGUUUAGCGAACUAGUUUUAGCUGAUUAAAUUUGUAAAGGGUUGGUCCAAUUAUAAUUUAUUCUUCAAUUUGCCAUGGCUCU .(((((((((((((((..((((..((((((..........)))))).))))....)))((.((((((.((((.(((....)))..)))))))))).)).....)))))))))))).. (-25.62 = -24.74 + -0.88)
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