Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,902,537 – 7,902,657 |
Length | 120 |
Max. P | 0.814315 |
Location | 7,902,537 – 7,902,657 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.72 |
Mean single sequence MFE | -46.18 |
Consensus MFE | -40.41 |
Energy contribution | -40.05 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.66 |
SVM RNA-class probability | 0.814315 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 7902537 120 - 23771897 CGCCAGACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGCUAUCACCUGGUGACGCUCGGUGAUCGCAACCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCUGGCGAGCGCAUUUGGGCCGCUCACCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((.....)).)))))).))....))))))).)))))))))))).)))).((.((((((......).))))).))..... ( -50.10) >DroVir_CAF1 4225 120 - 1 CGCCAAACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGUUAUCACCUGGUUACGGUCGGUGAUCGCAAUCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCCGGCGAGCGCAUUUGGGCCGCGCAUCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((......)))))))).))....))))))).)))))))))))).))))..((((((((.........)))).))))... ( -44.80) >DroSec_CAF1 1832 120 - 1 CGCCAGACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGCUAUCACCUGGUAACGCUUGGUGAUCGCAACCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCUGGCGAGCGCAUUUGGGCCGCUCACCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((.....)).)))))).))....))))))).)))))))))))).)))).((.((((((......).))))).))..... ( -50.10) >DroWil_CAF1 1931 120 - 1 CGCCAAACAGAUGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGUUAUCAUCUGGUUACGCUCGGUGAUCGCAAUCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCCGGAGAACGCAUUUGGGCAGCGCAUCGCAAC .((....(((((..((....)))))))....((.((((((.((.....)).)))))).))........(((.((((((((..(((((.........)))))..)))))))).)))))... ( -38.00) >DroMoj_CAF1 3992 120 - 1 CGCCAAACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGUUAUCACCUGGUUACGGUCGGUGAUCGCAAUCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCCGGCGAGCGCAUUUGGGCUGCGCAUCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((......)))))))).))....))))))).)))))))))))).))))..(((((((((.......))))).))))... ( -46.20) >DroAna_CAF1 1695 120 - 1 CGCCAGACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGCUAUCACCUGGUGACGCUCGGUGAUCGCAACCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCCGGCGAGCGCAUAUGGGCGGCGCACCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((.....)).)))))).))....))))))).)))))))))))).))))..(((.((((.........))))..)))... ( -47.90) >consensus CGCCAAACAGACGGCCAAUGGGAUCUGAAUAGCUAUCACCUGGUUACGCUCGGUGAUCGCAACCAUUCGAUACGUUGCCUCUGUGUGGCCGGCGAGCGCAUUUGGGCCGCGCACCGCAAC .((((.(((((.(((.((((..(((.((((.((.((((((.((.....)).)))))).))....))))))).)))))))))))).))))(((.(.((((......)).)).).))).... (-40.41 = -40.05 + -0.36)
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