Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,777,394 – 7,777,511 |
Length | 117 |
Max. P | 0.854256 |
Location | 7,777,394 – 7,777,511 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.69 |
Mean single sequence MFE | -57.69 |
Consensus MFE | -41.78 |
Energy contribution | -41.33 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.80 |
SVM RNA-class probability | 0.854256 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 7777394 117 + 23771897 CCGUGAGCCGAGGGAUACGCACU---CAAGCCCAGGGCAGCUGCCGCCGAAGUGGACGCCAUUGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAUGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU (((((((((..(((.........---....)))..))).((..((((((.(((((...((((..((((.(......).))))..))))...))))).))))))..)).....)))))).. ( -51.52) >DroPse_CAF1 20860 108 + 1 ------------GCAUAGCCGCUGAUGAUGCCGGCGGCGGCCGCCGCCGAUGUGGACGCCAUGGUGGUCGUGGCCGUCGCCGUGGUGGAGGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUGAUGGGG ------------.(((((((((((.......)))))))(((((((((((..((((.(((((((((((.((....)))))))))))))....))))..)))))))))))..))))...... ( -62.20) >DroSec_CAF1 17777 117 + 1 CCGUGCGCCGAGGGAUACGCACU---CAAGCCUAGGGCAGCUGCUGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU ..(((((..........))))).---...(((((.(((((...)))))((((((..((((((.(..(((((..(((..(...)..)))..)))))..).))))))..)))).)).))))) ( -52.80) >DroEre_CAF1 17819 117 + 1 CCAUGUGCCGGGGGAUAGGCACU---CAGGCCCAGGGCAGCUGCCGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU ....(((((........))))).---...(((((.((((((..((((((.(((((...((((..((((.(......).))))..))))...))))).))))))..)...))))).))))) ( -58.90) >DroYak_CAF1 18999 117 + 1 CCAUUCGCCGAGGGAUACGCACU---CAGGCCCAAGGCCGCCGCCGCCGAUGUGGAUGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAUGCCACCGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU .(((((((.(((.........))---).((((...(((((((((((((...((((...)))))))))))))))))..))))...)))))))...((((((..((....))..)))))).. ( -61.40) >DroPer_CAF1 21009 108 + 1 ------------GCAUAGCCGCUGAUGAUGCCGGCGGCGGCCGCCGCCGAUGUGGACGCCAUGGUGGUCGUGGCCGUCGCUGUGGUGGAGGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUGAUGGGG ------------.(((((((((((.......)))))))(((((((((((..((((.(((((((((((.((....)))))))))))))....))))..)))))))))))..))))...... ( -59.30) >consensus CC_UG_GCCGAGGGAUACGCACU___CAAGCCCAGGGCAGCCGCCGCCGAAGUGGACGCCAUGGUGGUGGUGGCCGUGGCCGUUGUGGAAGCCACUGUGGUGGUGGUCACUGUCAUGGGU .............................(((...))).((((((((((..((((...))))..))))))))))((((((....((((..(((((....)))))..)))).))))))... (-41.78 = -41.33 + -0.44)
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