Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,739,118 – 7,739,238 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 7,739,118 – 7,739,238 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.11 |
Mean single sequence MFE | -44.57 |
Consensus MFE | -24.09 |
Energy contribution | -23.04 |
Covariance contribution | -1.05 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 7739118 120 + 23771897 UGGGCUGCAGAUAUGUGUAGCGGGAUAGGAGGAGCUGCUCUGAUACGAUCCUCAGCUCAUUCUGUUGCUGGAGGAUCAGUUUUUGCAGUUCGUCGUGCUUCCGCUGCAAUUGAUCCUGCA ......((((((...((((((((((((.((.(((((((...((.((((((((((((..........))).))))))).)).)).))))))).)).)).))))))))))....)).)))). ( -54.40) >DroPse_CAF1 11052 120 + 1 CGGGCUGGAAGUACGUAUAGCGGGCUAGGAGCAGCUGCUCGGACACAAUCCGCAGCUCGUCCUGUUGCUGCAUUAUCAGCUUCUGCAGCUCGUCGUGUUUGCGCUGCAGCUGAUCCUGCA ...((.(((..........((((..(((((..((((((..(((.....)))))))))..)))))...))))....((((((...(((((.((.......)).)))))))))))))).)). ( -45.20) >DroGri_CAF1 26992 120 + 1 CGGGCUGCAGAUACGUGUAGCGUGCCAGCAACAGUUGCUCGGAGACGAUGCGCAGCUCUUCCUGCUGCUGGAUGAUCAGUUUCUGCAGUUGGUCAUGCUUGCGCUGCAGCUGAUCCUGCA ..((((((((...((((.(((((((((((..(((..(((((....))).))(((((.......)))))..............)))..))))).))))))))))))))))))......... ( -51.10) >DroWil_CAF1 19136 120 + 1 UGGGCUGCAGAUAGGUAUAGCGGGCCAAUAGCAAUUGCUCUGAGACAAUUCUCAAUUCGUCUUGCUGUUGCAUUAUUAGCUUCUGCAAUUCAUCGUGUUUCCGUUGCAAUUGAUCCUGCA ((((.((((((.((.((......((.((((((((.((...(((((....)))))...))..)))))))))).....)).)))))))).))))............((((........)))) ( -28.90) >DroAna_CAF1 11607 115 + 1 -----GGCAGGUACGUGUAUCGGGCCAGAAGCAACUGCUCGGACACAAUCCUCAGCUCGUCCUGCUGCUGCAUUAUGAGCUUUUGCAACUCGUCGUGCUUGCGUUGCAGUUGAUCCUGCA -----.((((((((((((.((((((.((......)))))))))))).......(((((((..(((....)))..))))))).............))))))))..(((((......))))) ( -43.40) >DroPer_CAF1 11098 120 + 1 CGGGCUGGAAGUACGUAUAGCGGGCUAGCAGCAGCUGCUCCGACACAAUCCGCAGCUCGUCCUGUUGCUGCAUUAUCAGCUUCUGCAGCUCGUCGUGUUUGCGCUGCAGCUGAUCCUGCA ..(((((.(.(((..((..(((((((.((((.(((((....((.....)).(((((..........))))).....))))).)))))))))))..))..)))..).)))))......... ( -44.40) >consensus CGGGCUGCAGAUACGUAUAGCGGGCCAGCAGCAGCUGCUCGGACACAAUCCGCAGCUCGUCCUGCUGCUGCAUUAUCAGCUUCUGCAGCUCGUCGUGCUUGCGCUGCAGCUGAUCCUGCA ...................(((((......(((((.((...(((..............)))..)).)))))...((((((...((((((.............))))))))))))))))). (-24.09 = -23.04 + -1.05)
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