| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,722,475 – 7,722,582 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.597451 |
| Location | 7,722,475 – 7,722,582 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.96 |
| Mean single sequence MFE | -49.52 |
| Consensus MFE | -32.28 |
| Energy contribution | -33.23 |
| Covariance contribution | 0.95 |
| Combinations/Pair | 1.38 |
| Mean z-score | -1.28 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.597451 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 7722475 107 + 23771897 UGUGGCCAGGCAUGGAGUUGGCUCCAGCGGUGCGGGGAGCUUCCCAAUUCGGAGCCCGCCUCGUUGCCCUCCACGCGUCUGGGCAGGAUCGCGUACUAGGAUCAU-----UC-- ..((.((((((.(((((..(((...(((((.(((((....((((......))))))))).)))))))))))))...)))))).)).((((.(......)))))..-----..-- ( -42.80) >DroPse_CAF1 21592 112 + 1 UUUGGCCAGGCCUGGAGCUGGCUGCAGCGCUGCGGGGAGCUGCCCAGCUCGGAGCCCACAUCGCUGCCAGUCACGCGGCUGGGCAGGAUCGGCUACUAGGCGCACAGCCAGC-- .(((((..(((((((((((((((((((((.((.((((((((....)))))....))).)).)))).((((((....))))))))))..)))))).)))))).)...))))).-- ( -56.50) >DroWil_CAF1 26371 112 + 1 UGUGGCGAGGCCUGGAGUUGGUUGCAACGUUGCGGCGAGUUGCCCAGUUCGGAGCCCACAACGCUGCCAGCCACCCGACUGGGUAGGAUUGCCUACUAAGCAAAA--UCAGCCA ..((((((.((.(((.((((....)))).....(((((.(((((((((.(((.((...((....))...))...))))))))))))..)))))..))).))....--)).)))) ( -38.70) >DroMoj_CAF1 25608 111 + 1 UGCGGCCAGGCCUGGAGCUGGCUGCAGCGUUGCGGCGAGCUGCCCAGCUCGGAGCCAACGACGUUGCCUGCAACGCGCCUGGGACGGAUUACCUACUAGGCGCAUAU---UCCA (((((((((........)))))))))(((((((..((((((....))))))..).))))).)((((....))))((((((((...((....))..))))))))....---.... ( -54.00) >DroAna_CAF1 26013 102 + 1 UGCGGCCAGGCCUGGAGCUGGCUGCAGCGAUGCGGGGAGCUGCCUAGCUCAGAGCCCACAUCGCUACCAGUCACGCGUCUGGGCAGGAUCGCAUACUAGU----------UA-- ((((..(..(((..((((((((((.(((((((.((((((((....)))))....))).)))))))..)))))).)).))..)))..)..)))).......----------..-- ( -52.40) >DroPer_CAF1 22306 112 + 1 UUUGGCCAGGCCUGGAGCUGGCUGCAGCGCUGCGGGGAGCUGCCCAGCUCGGAGCCCACAUCGCUGCCAGUCACGCGGCUGGGCAGGAUCGGCUACUAGGCGCACAACCAGC-- .((((...(((((((((((((((((((((.((.((((((((....)))))....))).)).)))).((((((....))))))))))..)))))).)))))).)....)))).-- ( -52.70) >consensus UGUGGCCAGGCCUGGAGCUGGCUGCAGCGCUGCGGGGAGCUGCCCAGCUCGGAGCCCACAUCGCUGCCAGCCACGCGGCUGGGCAGGAUCGCCUACUAGGCGCAC_____GC__ .(((..(..((((((.((((((((((((((((.((((((((....)))))....))).)))))))).)))))).))..))))))..)..)))...................... (-32.28 = -33.23 + 0.95)
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