Locus 272

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	775,518 – 775,631
Length	113
Max. P	0.594801

overview

Window 6

Location	775,518 – 775,631
Length	113
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.68
Mean single sequence MFE	-23.84
Consensus MFE	-15.82
Energy contribution	-15.44
Covariance contribution	-0.39
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.594801
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 775518 113 - 23771897
-GGGAGAAAUGAAGAAAAACAAUUAAAAUAUUUGCAAGGCGCGUUACAACGCCGAUGGAUU--UUAAUGAUGUUUUAUUGUCUGUUUCGAGACGACGAGACGAG-AC--GAGUCCGAGA-
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>DroPse_CAF1 143282 102 - 1
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>DroGri_CAF1 173499 111 - 1
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>DroWil_CAF1 146662 110 - 1
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>DroAna_CAF1 151053 108 - 1
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>DroPer_CAF1 149141 102 - 1
-UGGGGAA---AAGAAAAACAAUUAAAAUAUUUGCAAGGCGUGUUACAACGCCGUUGAUUU--UUAAUGAUAUUUUAUUGUCUGUUUCG--ACGGCGAGACGAACAC--CAG--------
-(((....---............(((((((((..((((((((......))))).)))....--.....))))))))).(((.(((((((--....))))))).))))--)).-------- ( -24.90)
>consensus
_GGGAGAAA__AAGAAAAACAAUUAAAAUAUUUGCAAGGCGUGUUACAACGCCGUUGAUUU__UUAAUGAUGUUUUAUUGUCUGUUUCG__ACGGCGAGACGAA_AC__AAG__CGA___
.......................(((((((((..((((((((......))))).)))...........)))))))))(((((((((.......))).))))))................. (-15.82 = -15.44 +  -0.39)

alignment

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secondary structure

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