Locus 2705

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	7,543,797 – 7,543,935
Length	138
Max. P	0.925194

overview

Window 7

Location	7,543,797 – 7,543,900
Length	103
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.46
Mean single sequence MFE	-30.60
Consensus MFE	-24.25
Energy contribution	-24.87
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925194
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7543797 103 - 23771897
ACCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAGUU-UGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCAAGGUGGU---------CCCCCCAAGAGCA-------
..((((((.((((((((.(((((((((((....-....)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))))..)))))).---------.............------- ( -27.70)
>DroPse_CAF1 7052 104 - 1
ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACGCUGGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCAAGGUGGU---------CUCCACACACACA-------
..((((((.((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))(((((((.......)))))))..)))))).---------.............------- ( -29.60)
>DroGri_CAF1 7411 102 - 1
ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU-UGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCCUUU--GG---------GGCAGCA---GCAGCCA---
..............((((((.......(((..(-((.((((...((((((((.....)))))))).)))).)))..)))(((((...--))---------))).)))---)))....--- ( -32.60)
>DroYak_CAF1 13221 102 - 1
ACCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUACUU-UGAGAUUUAUUGUUCGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCAAGGUGGU---------CCC-CCAAGAGCA-------
..((((((.((((((((.(((((((((((....-....)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))))..)))))).---------...-.........------- ( -27.70)
>DroMoj_CAF1 8368 110 - 1
ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU-GGAGAUUUAUUGUUCGCCACGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCCAUUCGGG---------GGCAGCACAAACAGCCAACA
........((((..(((((((((((((((....-....)))))))))...((.((((((..(((((((.......)))))))))).))).)---------)))))))...))))...... ( -31.90)
>DroAna_CAF1 5022 106 - 1
ACCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUACUU-UGAGAUUUAUUGUCCGCUGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCAAGGUGGUGGUGGUGGUCCC-CUAC------------
..(((((.(..((((.(((.(((((((((....-....)))))))))((((....))))..(((((((.......)))))))))).))))..).)))))....-....------------ ( -34.10)
>consensus
ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU_UGAGAUUUAUUGUUCGCCACGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCAAGGUGGU_________CCC_CCAC_AGCA_______
..((((((.((((((((.(((((((((((.........)))))))))..)).))).)))))(((((((.......)))))))..)))))).............................. (-24.25 = -24.87 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	7,543,821 – 7,543,935
Length	114
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.09
Mean single sequence MFE	-29.83
Consensus MFE	-20.92
Energy contribution	-20.40
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.23
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.519989
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7543821 114 - 23771897
---UU-UUUCGGCUUGGGUUCGCUGCUCAGGUCCGACCGACCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAGUU-UGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
---..-..(((((((((((.....))))))).))))..(((........)))..((((((.(((((((....-....)))))))(((((((.....))))))).....))))))..... ( -33.30)
>DroPse_CAF1 7076 104 - 1
------CUUGGGCUUGGGCU-----CUUGGGUCCG----ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACGCUGGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
------..((((.(((((((-----....))))))----)))))..((((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))))(((((.......))))) ( -34.50)
>DroGri_CAF1 7434 111 - 1
---UUGAAUGCAAUUGUAUCCCAGGCCCAGGUACG----ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU-UGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
---....((((..(((((((.........))))))----).......(((((((((.(((((((((((....-....)))))))))..)).))).)))))))))).............. ( -25.70)
>DroMoj_CAF1 8399 109 - 1
----UGAAUGCAAUUGUAUCCCAG-CCCAGGUACG----ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU-GGAGAUUUAUUGUUCGCCACGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
----...((((..(((((((....-....))))))----).......(((((((((.(((((((((((....-....)))))))))..)).)).))))))))))).............. ( -26.10)
>DroAna_CAF1 5049 113 - 1
GUUUU-UUUGGGCUUGGGUUUUGGGUUCAGGUACG----ACCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUACUU-UGAGAUUUAUUGUCCGCUGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
(((..-((((((((..(...)..))))))))...)----)).....((((((((((.(((((((((((....-....)))))))))..)).)).))))))))(((((.......))))) ( -24.90)
>DroPer_CAF1 7117 104 - 1
------CUUGGGCUUGGGCU-----CUUGGGUCCG----ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACGCUGGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
------..((((.(((((((-----....))))))----)))))..((((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))))(((((.......))))) ( -34.50)
>consensus
____U_AUUGGGCUUGGGUUC__G_CUCAGGUACG____ACCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACUU_GGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG
........((((..((((((.........)))))).....))))..((((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))))(((((.......))))) (-20.92 = -20.40 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

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