Locus 2693

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	7,528,515 – 7,528,639
Length	124
Max. P	0.979414

overview

Window 9

Location	7,528,515 – 7,528,613
Length	98
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.12
Mean single sequence MFE	-22.29
Consensus MFE	-14.23
Energy contribution	-13.82
Covariance contribution	-0.41
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.39
SVM RNA-class probability	0.716508
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7528515 98 - 23771897
CACCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU--CUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAAAAGUGGAGGCGUCAUC-UCUUUUGGCAAAAAAAUAAA--------CGUGGAA
..((((.(((((.....((((((((.....--.)))))))).....)))))..(((((((.(((.......))-))))))))............--------.)))).. ( -22.80)
>DroVir_CAF1 217146 92 - 1
UAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUAAGUGUUUUUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAUAAAUGGAGGCGUCAUU-UGU---GCUCAAGC--C-----------AUUUGAA
........(((((..((((((((.(((((......))))).))).)))))..)))))((((((.((((.(...-.))---)))....)--)-----------))))... ( -20.70)
>DroGri_CAF1 170216 92 - 1
CAACGCUAAUGAUCUGUGAAGUGUAAGUAUU-UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAUAAAUGGAAGCGUCAUUUUGU---GCUCAAGA--C-----------AGUUGAA
((((.((.(((((..((((((((.((((((.-..)))))).))).)))))..)))))...(((..(((......)))---..))))).--.-----------.)))).. ( -19.90)
>DroYak_CAF1 175248 104 - 1
CACCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU--CUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAAAAGUGGAGGCGUCAUC-UCUUUUGGCCAAAA--AAAACAAAAAAAUGUGGAA
..(((((..((((..((((((((.(((((.--...))))).))).)))))..))))..))))).(((......-.......)))....--................... ( -22.82)
>DroMoj_CAF1 196242 91 - 1
UAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUAAGUGCU-UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAUAAAUGGAGGCGUCAUU-UGU---GCUCGACA--C-----------UGUUGAA
....((....(((..((((((((.((((((.-..)))))).))).)))))..)))((((((((.....)))))-)))---))(((((.--.-----------.))))). ( -20.50)
>DroAna_CAF1 201377 91 - 1
CUCCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU--UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAAAAGUGGAGGCGUCAUC-UCU--UGGCCGAGA--C-----------AGUGGAA
(((((((..((((..((((((((.(((((.--...))))).))).)))))..))))..)))))))((....((-((.--.....))))--.-----------.)).... ( -27.00)
>consensus
CAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU__UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAAAAAUGGAGGCGUCAUC_UCU___GCCCAAGA__C___________AGUGGAA
...((((..((((..((((((((.(((((......))))).))).)))))..))))........))))......................................... (-14.23 = -13.82 +  -0.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	7,528,542 – 7,528,639
Length	97
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.86
Mean single sequence MFE	-21.55
Consensus MFE	-14.28
Energy contribution	-13.90
Covariance contribution	-0.39
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.84
SVM RNA-class probability	0.979414
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7528542 97 - 23771897
-AAAUAAGAAGAA--AAACGAA--AAGUAA---C--CACCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU--CUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAA-------AAGUGGAGGCGUCAUC
-............--.......--......---(--(.(((((..((((..((((((((.(((((.--...))))).))).)))))..)))).-------.))))).))....... ( -21.60)
>DroVir_CAF1 217165 96 - 1
------ACAAGCGG-CAGCAACAG-CACAA---C--UAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUAAGUGUUUUUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAU-------AAAUGGAGGCGUCAUU
------......((-(.((..(((-(....---.--....))).(((((..((((((((.(((((......))))).))).)))))..)))))-------.....)..)))))... ( -19.30)
>DroPse_CAF1 184790 103 - 1
-CAACCACCA---ACCACCAAC--CACCGA---C--CACCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUGAGUGU--UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCACAAAUCACAAAUGGAGGCGGCAUC
-.........---.........--......---.--..(((((..((((..((((((((.(((((.--...))))).))).)))))..))))....(((....))).))))).... ( -18.70)
>DroGri_CAF1 170236 102 - 1
AACAGCACAACCAA-CAACAAAAACAACAA---G--CAACGCUAAUGAUCUGUGAAGUGUAAGUAUU-UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAU-------AAAUGGAAGCGUCAUU
....((....(((.-..............(---(--(...))).(((((..((((((((.((((((.-..)))))).))).)))))..)))))-------...)))..))...... ( -17.90)
>DroMoj_CAF1 196261 96 - 1
------ACAAGUGG-CAGCGGCGUCCACAA---G--UAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUAAGUGCU-UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAU-------AAAUGGAGGCGUCAUU
------...(((((-(.(((((((......---.--..))))).(((((..((((((((.((((((.-..)))))).))).)))))..)))))-------........)))))))) ( -26.30)
>DroAna_CAF1 201397 104 - 1
-AAUAUACAAAAAAAAAACAAA--AACUAAAAGCCACUCCGCUAAUGAUCUAUGAAGUGCAAGUGU--UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAA-------AAGUGGAGGCGUCAUC
-.....................--........(((..((((((..((((..((((((((.(((((.--...))))).))).)))))..)))).-------.)))))))))...... ( -25.50)
>consensus
_AAA__ACAAGAAA_CAACAAA__CAACAA___C__CAACGCUAAUGAUCUAUGAAGUGUAAGUGU__UUGUACUUUUACUUUCAUUUAUCAU_______AAAUGGAGGCGUCAUC
......................................(((((..((((..((((((((.(((((......))))).))).)))))..))))...............))))).... (-14.28 = -13.90 +  -0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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