Locus 2664

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>3L_DroMel_CAF1 7409217 96 + 23771897
UCUCGCUCGUUCGCGUGCGUUAGUCGCUUA-AACGAAGCGCUGCGCGCAUA--CGCUCUCCCACACAAAGAGCGAGCGAGCGAACGUGAGCGA------GAGCGG
((((((((((((((((((((.((.(((((.-....)))))))))))))...--((((((.........)))))).....))))))..))))))------)).... ( -48.00)
>DroPse_CAF1 58338 84 + 1
UCCCGCUUGCUCGAGUGCGCCAGCUACCUGCCGCUGAGUGUGUUGCGCA----CGCUCCCC-----A--GAGC--CCGAGCCAGUGCCAGAGA------GAGC--
...((((.(((((.((((((((((........))))........)))))----)((((...-----.--))))--.))))).)))).......------....-- ( -31.20)
>DroSec_CAF1 63800 102 + 1
UCUCGCUCGCUCGCGUGCGUCAGUCGAUUA-AAUGAAGCGCUUUGCGCAUA--CGCUCUCCCACACAAAGAGCGAGCGAGCGAAUGUGAGCGAGAGCGAGAGCGA
((((((((((((((((((.(((........-..))).))))....(((...--((((((.........)))))).))).))))..))))))))))((....)).. ( -44.90)
>DroSim_CAF1 57511 96 + 1
UCUCGCUCGCUCGCGUGCGUCGGUCGCUUA-AAUGAAGCGCUUUGCGCAUA--CGCUCUCCCACACAAAGAGCGAGCGAGCGAAUAUGAGCGA------GAGCGA
((((((((((((((((((((..(.(((((.-....))))).)..)))))).--((((((.........)))))).))))))......))))))------)).... ( -46.20)
>DroEre_CAF1 57170 87 + 1
UCUCGCUCGCACGCGUGCGCCAGUGGCUUA-AGCGAAGCACUUUGCGCAUAUGCGCUCUCCGACACAAAGAGCAUGAGAGCGC----------------G-GCGG
...(((.(((..((((((((.((((.(((.-....)))))))..))))))..))((((((...............))))))))----------------)-))). ( -33.96)
>DroYak_CAF1 57602 82 + 1
UCUCGCUCGCACGCGUGCGCCAGUCGCUUA-AGCGAAGCGCUUUGCGCAUA--CGCUCUCCGAUACAAAGAGCAAGAGAGCGA----------------G-A---
((((((((.(..((((((((...((((...-.)))).))))...))))...--.(((((.........)))))..).))))))----------------)-)--- ( -37.70)
>consensus
UCUCGCUCGCUCGCGUGCGCCAGUCGCUUA_AACGAAGCGCUUUGCGCAUA__CGCUCUCCCACACAAAGAGCGAGCGAGCGAAUGUGAGCGA______GAGCG_
..((((((((....((((((.((.(((((......))))).)).))))))....(((((.........)))))..))))))))...................... (-26.53 = -27.57 +   1.03) 

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Window 3

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>3L_DroMel_CAF1 7409217 96 - 23771897
CCGCUC------UCGCUCACGUUCGCUCGCUCGCUCUUUGUGUGGGAGAGCG--UAUGCGCGCAGCGCUUCGUU-UAAGCGACUAACGCACGCGAACGAGCGAGA
....((------((((((..((((((..((.((((((((.....))))))))--...))(((.(((((((....-.))))).))..)))..)))))))))))))) ( -44.80)
>DroPse_CAF1 58338 84 - 1
--GCUC------UCUCUGGCACUGGCUCGG--GCUC--U-----GGGGAGCG----UGCGCAACACACUCAGCGGCAGGUAGCUGGCGCACUCGAGCAAGCGGGA
--....------..(((.((....((((((--((((--.-----...))))(----(((((........((((........))))))))))))))))..)).))) ( -34.50)
>DroSec_CAF1 63800 102 - 1
UCGCUCUCGCUCUCGCUCACAUUCGCUCGCUCGCUCUUUGUGUGGGAGAGCG--UAUGCGCAAAGCGCUUCAUU-UAAUCGACUGACGCACGCGAGCGAGCGAGA
....((((((((..((((.(((.(((((.(((((.......))))).)))))--.))).((...((((.((...-.....))..).)))..)))))))))))))) ( -41.00)
>DroSim_CAF1 57511 96 - 1
UCGCUC------UCGCUCAUAUUCGCUCGCUCGCUCUUUGUGUGGGAGAGCG--UAUGCGCAAAGCGCUUCAUU-UAAGCGACCGACGCACGCGAGCGAGCGAGA
..((..------..)).....(((((((((((((....(((((.((...(((--....)))....(((((....-.))))).)).))))).))))))))))))). ( -45.00)
>DroEre_CAF1 57170 87 - 1
CCGC-C----------------GCGCUCUCAUGCUCUUUGUGUCGGAGAGCGCAUAUGCGCAAAGUGCUUCGCU-UAAGCCACUGGCGCACGCGUGCGAGCGAGA
.(((-(----------------((((......((((((((...))))))))((...(((((..(((((((....-.))).)))).))))).))))))).)))... ( -36.70)
>DroYak_CAF1 57602 82 - 1
---U-C----------------UCGCUCUCUUGCUCUUUGUAUCGGAGAGCG--UAUGCGCAAAGCGCUUCGCU-UAAGCGACUGGCGCACGCGUGCGAGCGAGA
---(-(----------------((((((....((((((((...))))))))(--((((((....(((((((((.-...))))..))))).))))))))))))))) ( -45.40)
>consensus
_CGCUC______UCGCUCACAUUCGCUCGCUCGCUCUUUGUGUGGGAGAGCG__UAUGCGCAAAGCGCUUCGCU_UAAGCGACUGACGCACGCGAGCGAGCGAGA
.....................((((((((((((((((((.....))))))).....((((.....(((((......))))).....))))...))))))))))). (-26.92 = -28.98 +   2.06) 

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