Locus 2646

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,326,166 – 7,326,264
Length 98
Max. P 0.884349
window4149

overview

Window 9

Location 7,326,166 – 7,326,264
Length 98
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.52
Mean single sequence MFE -35.93
Consensus MFE -25.41
Energy contribution -24.38
Covariance contribution -1.02
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.25
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.884349
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7326166 98 + 23771897
-----------------UCUC--AACCCACACAGGUGGCUCGUUUGGGUAGCAAUCCGUACAUGGACCGCCUGCUCAACAAGCUGCUGUCGUGGAAGACGAGCGAUAGCGCCAGCAU
-----------------....--........(((((((..(((.(((((....)))))...)))..)))))))........(((((((((((.........))))))))...))).. ( -32.30)
>DroVir_CAF1 12441 103 + 1
-UG-----UUC------CCUU--UGGCUUGACAGGUGGCACGUUUGGGCGGUAAUCCCUAUAUGGAUAGGCUGCUCAAUAAGCUGUUGUCUUGGAAGACCAGCGACAGUGCCAGCAU
-((-----(((------(...--.))...))))(.((((((..(((((((((.((((......))))..)))))))))...((((..((((....))))))))....)))))).).. ( -37.50)
>DroPse_CAF1 11437 115 + 1
GUGCUUUCUUCUCUCUUUCUG--UUCUCUGACAGGUGAUGCGUCUGGGUAGCAAUCCGUACAUGGACCGGCUGCUCAAUAAGCUGCUCUCGUGGAAGACCAGCGACAGUGUCAGCAU
((((.............((((--((....))))))(((((((((((((((((..((((....))))...))))))))....((((.(((......))).))))))).)))))))))) ( -38.50)
>DroMoj_CAF1 13450 105 + 1
-AA-----UUC------UCUUUAUUGCUUGGCAGUUGGCUCGUCUGGGUGGUAAUCCCUUCUUGGAUCGACUGCUCAAUAAGCUGUUGUCCUGGCAGAACAGCGAGAGCGCCAGUAU
-..-----(((------((.((((((...(((((((((..((...(((.......)))....))..)))))))))))))))((((((((....)))..))))))))))......... ( -35.00)
>DroAna_CAF1 11650 103 + 1
-UGCCU-----------UCUU--UGCCUAUUUAGGUGGCCCGACUGGGCAGCAAUCCGUACAUGGACCGGCUGCUGAACAAGCUGCUCUCGUGGAAGACCAGCGACAGCGCCAGCAU
-(((..-----------....--.((((....))))(((.....(.((((((..((((....))))...)))))).)....((((...((((((....))).)))))))))).))). ( -33.80)
>DroPer_CAF1 11413 115 + 1
GUGCUUUCUUCUCUCUUUCUG--UUCUCUGACAGGUGAUGCGUCUGGGUAGCAAUCCGUACAUGGACCGGCUGCUCAAUAAGCUGCUCUCGUGGAAGACCAGCGACAGUGUCAGCAU
((((.............((((--((....))))))(((((((((((((((((..((((....))))...))))))))....((((.(((......))).))))))).)))))))))) ( -38.50)
>consensus
_UG_____UUC______UCUU__UUCCCUGACAGGUGGCGCGUCUGGGUAGCAAUCCGUACAUGGACCGGCUGCUCAAUAAGCUGCUCUCGUGGAAGACCAGCGACAGCGCCAGCAU
.................................(.((((.((((((((((((..(((......)))...))))))))....((((...((......)).))))))).).)))).).. (-25.41 = -24.38 +  -1.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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