Locus 2602

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,214,236 – 7,214,346
Length 110
Max. P 0.550704
window4071

overview

Window 1

Location 7,214,236 – 7,214,346
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.22
Mean single sequence MFE -46.67
Consensus MFE -38.94
Energy contribution -38.83
Covariance contribution -0.10
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.550704
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7214236 110 + 23771897
-CAGCC---------AGUCGCUUACUUCUUGUAGCCGCAGCUGGAGCGACGACCACGAGCACGCUCGAACUUGCGUCCCUUAGAGCGGACAUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
-..(((---------.(((((((.....((((....))))...)))))))..((((..(((((((((..((((.(((((.....).)))).))))..)))))))))..)))))))..... ( -53.40)
>DroVir_CAF1 1699 108 + 1
--UGCU----------GUUGUUUACUUCUUGUAACCGCAGCUAGAGCGACGACCACGAGCACGCUCGAAUUUUCGUCCCUUGGAUCGGACAUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
--((((----------((((((..((..((((....))))..))))))))..((((..((((((((((....))((((((((.......)).))))))))))))))..)))))))).... ( -42.60)
>DroGri_CAF1 1719 114 + 1
--AGAU----GUUGUUGUCGUUUACUUCUUGUAACCGCAGCUGGAACGACGACCACGAGCACGCUCGAACUUGCGUCCCUUGGAUCGGACAUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
--...(----(((.(((((((((.....((((....))))...)))))))))((((..(((((((((..((((.((((........)))).))))..)))))))))..)))))))).... ( -47.40)
>DroWil_CAF1 7448 119 + 1
-CAUUCUUUUGCUGUUGCUGCUUACUUCUUGUAGCCACAGCUGGAGCGACGACCACGAGCACGUUCGAAUUUACGUCCCUUGGAGCGGACAUAGGGGCGAGUGUGCGAAUGGGGUACACC
-....(((..(((((.(((((.........))))).)))))..)))..((..(((...(((((((((..((((.(((((.....).)))).))))..)))))))))...))).))..... ( -41.30)
>DroMoj_CAF1 1706 111 + 1
--GGCC----ACC---UUUGUUUACUUCUUGUAGCCGCAGCUUGAGCGACGACCACGAGCACGCUCGAACUUGCGUCCCUUGGACCGAACAUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
--.(((----.((---(.(((((..(((..(..((.((((.(((((((.((....))....))))))).).)))))..)..)))..))))).)))))).(((((((.......))))))) ( -41.00)
>DroAna_CAF1 1649 111 + 1
GCAGCA---------GGAUGUUUACUUCUUGUAGCCGCAGCUGGAGCGACGACCACGGGCACGCUCGAACUUGCGUCCCUUGGAGCGGACGUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
...(((---------(((........)))))).((((..((....))..)..((((..(((((((((..((((((((((.....).)))))))))..)))))))))..)))))))..... ( -54.30)
>consensus
__AGCC__________GUUGUUUACUUCUUGUAGCCGCAGCUGGAGCGACGACCACGAGCACGCUCGAACUUGCGUCCCUUGGAGCGGACAUAGGGGCGGGUGUGCGAGUGGGGCACACC
...(((..........(((((((.....((((....))))...)))))))..((((..(((((((((..((((.((((........)))).))))..)))))))))..)))))))..... (-38.94 = -38.83 +  -0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:37:11 2006