Locus 2566

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,183,703 – 7,183,797
Length 94
Max. P 0.851148
window3978

overview

Window 8

Location 7,183,703 – 7,183,797
Length 94
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.36
Mean single sequence MFE -35.97
Consensus MFE -14.15
Energy contribution -16.21
Covariance contribution 2.06
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.57
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.79
SVM RNA-class probability 0.851148
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7183703 94 + 23771897
AAUGGGUGGGGCUGGUCCACAUGG------GGGUUUCUGGA--AGUCUUUAGCCAGUUAUUCCCAUGGAGGACUGCUUACGAUUAGUC-GGUGCUCAACUGGU
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>DroSec_CAF1 46577 94 + 1
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..........((..(((..(((((------((((..((((.--((....)).))))..)))))))))...(((..(..((.....)).-.)..))))))..)) ( -35.50)
>DroSim_CAF1 47156 94 + 1
AGUGGGUGGGGCUGGUCCACAUGG------GGGUUCCUGGA--AGUCUUUAGCCAGUUAUUCCCUUGGAGGACUGCUUACGAUUAGUC-GGUGCUCGACUGGU
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>DroEre_CAF1 54709 88 + 1
AGUGGGU------GGUCCACAUGG------GGGCUCCUGGU--AGUCUUUAGCCAGUUAUUCCCUUGGAGGACUGCUUACGAUUAGUC-AGUGGCUGACUGGU
.(((((.------.((((.((.((------(((...(((((--........)))))...))))).))..))))..))))).(((((((-((...))))))))) ( -39.00)
>DroYak_CAF1 50570 94 + 1
AGUGGGU------GGUCCACAUGGGUGGUGGGACUGCUGGA--AGUCUUUAGCCAGUUAUUCCCAUGGAGGACUGCUUACGAUUAGUC-GGUGCCUGACUGGU
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>DroAna_CAF1 45950 92 + 1
GGA-GCUAGGGGUCGU----UUGG------GGGAACAUGGAGCAGUCUUUAGCAAGUCAUUUCCAAACAGGACUGGCCAGGAACUGUAUGCUGCUUGACUGCU
...-((((((((..((----((.(------(....).).))))..)))))))).(((((....((.((((..((.....))..)))).)).....)))))... ( -25.80)
>consensus
AGUGGGUGGGGCUGGUCCACAUGG______GGGUUCCUGGA__AGUCUUUAGCCAGUUAUUCCCAUGGAGGACUGCUUACGAUUAGUC_GGUGCUCGACUGGU
.((((((......(((((.(((((.......((((...((......))..))))........)))))..))))))))))).(((((((........))))))) (-14.15 = -16.21 +   2.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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