Locus 2548

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	7,134,361 – 7,134,501
Length	140
Max. P	0.713194

overview

Window 6

Location	7,134,361 – 7,134,461
Length	100
Sequences	4
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.83
Mean single sequence MFE	-26.43
Consensus MFE	-22.24
Energy contribution	-22.93
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.509519
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7134361 100 - 23771897
UAUAUUGAUGUAUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGAUAUAUACCGAGAUAUACAAUCGAAGAAUA
....((((((((((((..((.(((..(((((((((.((((((((....))).)))))..)))).....)))))..))))).))))))).)))))...... ( -26.50)
>DroSec_CAF1 49138 100 - 1
UAUAUUGAUGUGUGUACCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUGUAUGUAUAUAGGAUAUAUACCGAGAUAUACAAACGAAGAAUA
((((((...(((((((((..((((((((.......(((((((((....))).))))))))))))))..)).)))))))...))))))............. ( -24.71)
>DroSim_CAF1 49535 100 - 1
UAUAUUGAUGUGUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUGUAUGUAUAUAGGAUAUAUACCGAGAUAUACAAUCGAAGAAUA
....((((((((((((..((.(((..((((((((((((((((((....))).)))))).)))).....)))))..))))).))))))).)))))...... ( -27.80)
>DroYak_CAF1 51267 100 - 1
UAUAUUUAUGUGUGUCCGUGUGUACGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGAUAUAUACCGAGAUAUACAAUCGAAGAAUA
........(((((((((((((((((.(((.(((((.((((((((....))).)))))..))))).))).).)))))).)).))))))))........... ( -26.70)
>consensus
UAUAUUGAUGUGUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGAUAUAUACCGAGAUAUACAAUCGAAGAAUA
....((((((((((((..((.(((..((((((((((((((((((....))).)))))).)))).....)))))..))))).))))))).)))))...... (-22.24 = -22.93 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	7,134,390 – 7,134,501
Length	111
Sequences	4
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-28.65
Consensus MFE	-23.77
Energy contribution	-25.40
Covariance contribution	1.63
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.713194
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7134390 111 - 23771897
UCAGAUAUACAUAUAUGCUGUGUACAAAUUUAUAUGAAUGUAUAUUGAUGUAUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGA
((..(((((((((.(((..(..(((.....(((((.(((....))).)))))((.((.((((.((((....)))))))).))))...)))..).))).)))))))))..)) ( -27.10)
>DroSec_CAF1 49167 111 - 1
UCAGAUAUACAUAUAUGCUGUGUACAAAUUUAUAUGAAUGUAUAUUGAUGUGUGUACCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUGUAUGUAUAUAGGA
((..(((((((((((((..(..(((.....((((((...((((((......)))))).)))))).((.((........)).))....)))..).)))))))))))))..)) ( -31.70)
>DroSim_CAF1 49564 111 - 1
UCAGAUAUACAUAUAUGCUGUGUACAAAUUUAUAUGAAUGUAUAUUGAUGUGUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUGUAUGUAUAUAGGA
((..(((((((((((((..(..(((.....(((((.(((....))).)))))((.((.((((.((((....)))))))).))))...)))..).)))))))))))))..)) ( -30.80)
>DroYak_CAF1 51296 105 - 1
UCAGAU------AUAUGCUGUGUACAAAUUUAUAUGAAUGUAUAUUUAUGUGUGUCCGUGUGUACGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGA
......------.....(((((((((....(((((((((....))))))))).....(.(..(((((((((........)))))..))))..).).....))))))))).. ( -25.00)
>consensus
UCAGAUAUACAUAUAUGCUGUGUACAAAUUUAUAUGAAUGUAUAUUGAUGUGUGUCCCCGUGUGCGUGUCUACGUUAUGAGGCAGUCGUGUGCUCAUCUAUGUAUAUAGGA
((..(((((((((((((..(..((((....(((((....)))))....))))..)....(..(((((((((........)))))..))))..).)))))))))))))..)) (-23.77 = -25.40 +   1.63)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:35:25 2006