Locus 2538

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,117,762 – 7,117,876
Length 114
Max. P 0.859673
window3943

overview

Window 3

Location 7,117,762 – 7,117,876
Length 114
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.63
Mean single sequence MFE -47.28
Consensus MFE -25.39
Energy contribution -26.06
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.859673
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7117762 114 + 23771897
---UCGUUCGAUUCGAGUAGCUGCGUCCAGUUGGCAUUCGUCCUGACCACCUCAAUGUCCUGACGCAGUUGCUGGAGCGGAGCAUGCAACUCCGUCGGCAACGCAUUGUCAAGGACG
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>DroVir_CAF1 64117 117 + 1
UCCUCGUUCAGCUCCAACAGCUGCGUCCAGUUGGCAUUGAGACGCACGAUUUCCAUGUCCCGACGCAGCUGCUGUAGUGUCGUAUGAUCUUCUAGGCACUGACAGUCGUCCAGGACG
....(((((........((((((((((.....(((((.(((((....).)))).)))))..))))))))))((((((((((.............)))))).)))).......))))) ( -39.92)
>DroPse_CAF1 85993 114 + 1
---UCGUUUAGAUCCAGCAGCUGCGUCCAGUUGGCGUUUAGCCUGACGGUCUCCAUGUCCUGCCGCAGCUGCUGGAGGGGCGUGUGCAGCUCCAAGGGCAGGCCAUCCCCCAGGACU
---..((((...(((((((((((((..(((..(((.....))).((((.......))))))).)))))))))))))((((.(((.((.(((.....)))..))))).)))).)))). ( -54.90)
>DroYak_CAF1 34367 114 + 1
---UCGUUUGAAUCAAGCAGCUGCGUCCAGUUGGCAUUCGUCCUGACCACCUCGAUGUCCUGGCGCAGUUGCUGGAGCGGAGCAUGCAGCUCCGUGGGCAACGCAUCGUCCAGGACG
---.(((((...((.((((((((((.((((..(((((.((............))))))))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((........)))).))))) ( -49.30)
>DroMoj_CAF1 60118 117 + 1
UGCUCGGUUAGCUCCAAUAGCUGAGUCCAAUUGGCAUUCAGCCGCACGAUCUCCAUGUCACGGCGUAGCUGCUGCAGCGGCGCAUGCUCCGUCAGGCACUGGCAAUCGUCUAGGACG
...(((((((.......)))))))((((....(((.....)))(.(((((..(((((((((((.((((((((....)))))...))).))))..)))).)))..))))))..)))). ( -43.60)
>DroPer_CAF1 88892 114 + 1
---UCGUUUAGAUCCGGCAGCUGCGUCCAGUUGGCGUUUAGCCUGACGGUCUCCAUGUCCUGCCGCAGCUGCUGGAGGGGCGUGUGCAGCUCCAAGGGCAGGCCAUCCCCCAGGACU
---..((((...(((((((((((((..(((..(((.....))).((((.......))))))).)))))))))))))((((.(((.((.(((.....)))..))))).)))).)))). ( -54.20)
>consensus
___UCGUUUAGAUCCAGCAGCUGCGUCCAGUUGGCAUUCAGCCUGACGAUCUCCAUGUCCUGACGCAGCUGCUGGAGCGGCGCAUGCAGCUCCAAGGGCAGGCCAUCGUCCAGGACG
.....((((...(((((((((((((((.....(((((.................)))))..)))))))))))))))...................((((........)))).)))). (-25.39 = -26.06 +   0.67)

alignment

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secondary structure

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