Locus 2536

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 7,114,204 – 7,114,324
Length 120
Max. P 0.619407
window3939

overview

Window 9

Location 7,114,204 – 7,114,324
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.50
Mean single sequence MFE -50.22
Consensus MFE -38.10
Energy contribution -39.25
Covariance contribution 1.15
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.619407
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 7114204 120 + 23771897
CAGCAGGCUUUGGACUUUGUGCUGGAGCACCUGCCCACGCAGGCACUCCUGCAACAGGAGGCCACUCGCCUCUGUUCCGCCUAUCCGGUUUUGUUCACCGACAAAGUACUGGCCUGCGUG
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>DroVir_CAF1 60271 120 + 1
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>DroGri_CAF1 59891 120 + 1
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>DroWil_CAF1 34347 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 56033 120 + 1
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>DroAna_CAF1 33549 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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