Locus 2481

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	6,979,453 – 6,979,613
Length	160
Max. P	0.999034

overview

Window 8

Location	6,979,453 – 6,979,573
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.33
Mean single sequence MFE	-37.32
Consensus MFE	-29.44
Energy contribution	-28.80
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.556453
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6979453 120 - 23771897
CAGACGACAGCUGGCGGAAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCAAUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGGCAGCAGAUGUAGGACCAACUGCAUGCUUUCCCAUA
((((((((((((((((((.(((......))).)))))))).))))).......((((....)))).))))).........(((((.((((..(((((......)))))))))...))))) ( -39.50)
>DroSec_CAF1 49329 120 - 1
CAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGCCAGCAGAUGUAGGGCCAACUAUAUGCUUUCCCAUA
(((.(....))))..((((((((((....)))))....(((..((((((.((((.(((...((...(((......)))..))..))).)))).)).))))..))).......)))))... ( -31.40)
>DroSim_CAF1 49070 120 - 1
CAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGCCAGCAGAUGUAGGGCCAACUGCAUGCCAUCCCAUA
(((.(....))))..((((.(((((....)))))(((((((..((((((.((((.(((...((...(((......)))..))..))).)))).)).))))..)))).)))...))))... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 49278 120 - 1
CAGACGACAGCUGUCGGGAAGACAAUUACUUGUCCGUCAGUCUGUCCCAUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGCCCACAGAUGUAGGGCCAACUGCAUGGUCUCCCAUA
(((((((((((((.(((((((.......))).)))).))).)))))((((....))))........))))).((.((((.(((((((((....)).)))).....))).))))))..... ( -41.80)
>DroYak_CAF1 50926 120 - 1
CGAACGACAGCUGUCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGCCCACAGAUGUAGGGCCAACUGCAUGGUCUCCCAUA
.....(((....)))((((((((((.......((((((((...(....)..)))))))).....)))))).....((((.(((((((((....)).)))).....))).))))))))... ( -39.60)
>consensus
CAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCUUGUGCCAGCAGAUGUAGGGCCAACUGCAUGCUCUCCCAUA
((((.((((((((.(((....((((....))))))).))).)))))....))))((((...(((..(((......)))...))).......((((((......))))))......)))). (-29.44 = -28.80 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,979,493 – 6,979,613
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.16
Mean single sequence MFE	-33.50
Consensus MFE	-28.56
Energy contribution	-29.98
Covariance contribution	1.42
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.20
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	2.40
SVM RNA-class probability	0.993480
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6979493 120 + 23771897
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAUUGGACAGACUGACGGACAAAUAAUUGUCUUUCCGCCAGCUGUCGUCUGUUGAAGUGUGAACAUUAAUGCCUAUUUUUAAAGCGAUAAA
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>DroSec_CAF1 49369 120 + 1
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAGUGGACAGACUGACGGACAAAUAAUUGUCUUCCCGGCAGCUGUCGUCUGCUGAAGUGUGAACAUUAAUGCCUAUUUUUAAAGCGAUAUA
(((.(((.((((((...((((...))))......(((((.(((.(((((((....))))....))).))))))))))))))...((((....)))).))))))................. ( -32.60)
>DroSim_CAF1 49110 120 + 1
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAGUGGACAGACUGACGGACAAAUAAUUGUCUUCCCGGCAGCUGUCGUCUGCUGAAGUGUGAACAUUAAUGCCUAUUUUUAAAGCGAUAUA
(((.(((.((((((...((((...))))......(((((.(((.(((((((....))))....))).))))))))))))))...((((....)))).))))))................. ( -32.60)
>DroEre_CAF1 49318 119 + 1
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAUGGGACAGACUGACGGACAAGUAAUUGUCUUCCCGACAGCUGUCGUCUGCUGAAGUGUGAGCAUU-AUGCCUAUUUUUAAGGCGAUAUA
..(((.((((((((........((((....))))(((((.(((.(((((((....))))....))).)))))))))))))).))((((....))))-..((((.......)))))))... ( -38.70)
>DroYak_CAF1 50966 119 + 1
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAGUGGACAGACUGACGGACAAAUAAUUGUCUUCCCGACAGCUGUCGUUCGCUGAAGUGUGAACAUA-AUGUCUAUUUUUAGAGCGAUAAA
.....(((((.......((....))(((((((((((((....(((((........(((((.....))))))))))((((((......))))))...-.))))))))))).)))))))... ( -33.00)
>consensus
AGGUCAUCGCAGACAAAUGAUUCCAUCAAAAGUGGACAGACUGACGGACAAAUAAUUGUCUUCCCGACAGCUGUCGUCUGCUGAAGUGUGAACAUUAAUGCCUAUUUUUAAAGCGAUAUA
(((.(((.((((((...((((...))))......(((((.(((.(((((((....))))....))).))))))))))))))...((((....)))).))))))................. (-28.56 = -29.98 +   1.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,979,493 – 6,979,613
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.16
Mean single sequence MFE	-34.60
Consensus MFE	-29.56
Energy contribution	-29.44
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.77
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.34
SVM RNA-class probability	0.999034
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6979493 120 - 23771897
UUUAUCGCUUUAAAAAUAGGCAUUAAUGUUCACACUUCAACAGACGACAGCUGGCGGAAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCAAUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
.(((((((.........(((((..(((((((.((..((((.....(((((((((((((.(((......))).)))))))).))))).....))))))))).))))))))))))))))... ( -36.30)
>DroSec_CAF1 49369 120 - 1
UAUAUCGCUUUAAAAAUAGGCAUUAAUGUUCACACUUCAGCAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
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>DroSim_CAF1 49110 120 - 1
UAUAUCGCUUUAAAAAUAGGCAUUAAUGUUCACACUUCAGCAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
..((((((((.......))))..................((((((((((((((.(((....((((....))))))).))).))))).......((((....)))).)))))))))).... ( -32.20)
>DroEre_CAF1 49318 119 - 1
UAUAUCGCCUUAAAAAUAGGCAU-AAUGCUCACACUUCAGCAGACGACAGCUGUCGGGAAGACAAUUACUUGUCCGUCAGUCUGUCCCAUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
..((((((((.......))))..-...............((((((((((((((.(((((((.......))).)))).))).)))))((((....))))........)))))))))).... ( -39.50)
>DroYak_CAF1 50966 119 - 1
UUUAUCGCUCUAAAAAUAGACAU-UAUGUUCACACUUCAGCGAACGACAGCUGUCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
.(((((((.........(((((.-.((((((.((..((((.....((((((((.(((....((((....))))))).))).))))).....))))))))).))).))))))))))))... ( -32.80)
>consensus
UAUAUCGCUUUAAAAAUAGGCAUUAAUGUUCACACUUCAGCAGACGACAGCUGCCGGGAAGACAAUUAUUUGUCCGUCAGUCUGUCCACUUUUGAUGGAAUCAUUUGUCUGCGAUGACCU
..((((((.........(((((...((((((.((..((((.....((((((((.(((....((((....))))))).))).))))).....))))))))).))).))))))))))).... (-29.56 = -29.44 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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