Locus 2464

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 6,966,959 – 6,967,335
Length 376
Max. P 0.996538
window3796 window3797 window3798 window3799 window3800

overview

Window 6

Location 6,966,959 – 6,967,079
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.08
Mean single sequence MFE -51.32
Consensus MFE -45.48
Energy contribution -45.80
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 2.71
SVM RNA-class probability 0.996538
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6966959 120 - 23771897
UCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCCGGCGAGACGCCAGUGGCUCCAGCUGCACUGUAAUCGUAGCUAGCAAAGGCAGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCAUUGUCCUGGUGGGCAA
..(((((((......))))))).(((((((((((((...))))....(((..((((((.........)))))))))...))).(((((((((.......)))).))))).)))))).... ( -48.60)
>DroSec_CAF1 36424 120 - 1
UCCAGGGAUCGGAGAAGCCUUGACCACCAGCCGGCGAGACGCCGCUGGCUCCAGCUGCACUAUAAUCGUAGCUAGCGAAGGCAGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCAUUAUCCUGGUGGGAAA
.((((((.........((((((.((...((((((((......))))))))..((((((.........)))))).((....)).))))))))(((.....))).....))))))....... ( -46.10)
>DroSim_CAF1 37213 120 - 1
UCCAGGGAUCGGAGAAGCCUUGACCACCAGCCGGCGAGACGCCACUGGCUCCAGCUGCACUGUAAUCGUAGCUAGCGAAGGCGGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCAUUGUCCUGGUGGGAAA
..(((((..........))))).(((((((((((((...))))....(((..((((((.........)))))))))...)))((((((((((.......)))).)))))))))))).... ( -48.90)
>DroEre_CAF1 37363 120 - 1
UCCAGGGAUCGCCGAAUCCUUGACCGCCAGCCGGCGACACGCCAUUCGCUCCAGCCGCACUGUAAUCGUAGCUGGCGAAGGCGGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCGUUGUCCUGGUGGCAAA
..(((((((......))))))).(((((((.((((((((((((..((((((((((..(.........)..))))((....)))))))))))))....))))))).....))))))).... ( -55.40)
>DroYak_CAF1 38309 120 - 1
UCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCUGGUGACACGCUGCUCGCUCCAGCUGCGCCGUAAUCGUAGCUGGCGAAGGCGGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCAUUGUCCUGGUGGCAAA
..(((((((......))))))).(((((((.(((..(((((((((((((((((((((((.......)))))))))....)))))))..)))))....))..))).....))))))).... ( -57.60)
>consensus
UCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCCGGCGAGACGCCACUGGCUCCAGCUGCACUGUAAUCGUAGCUAGCGAAGGCGGGCGAGGCGUAAUAGUUGCCAUUGUCCUGGUGGGAAA
..(((((((......))))))).(((((((((((((...))))....(((..((((((.........)))))))))...)))((((((((((.......)))).)))))))))))).... (-45.48 = -45.80 +   0.32)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 6,967,039 – 6,967,147
Length 108
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.05
Mean single sequence MFE -54.90
Consensus MFE -42.83
Energy contribution -43.23
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.594233
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6967039 108 - 23771897
CUGGGGCAGGGGA------CCCACGCCCAUGCCCACGC------CCACCGACGACGAGCCACUGUGGGCGGCAUGGGCGUUCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCCGGCGAGAC
....(((.((((.------...(((((((((((...((------((((.(...........).)))))))))))))))))..(((((((......))))))).)).)).)))........ ( -49.90)
>DroSec_CAF1 36504 108 - 1
CUGGGGCAGGGCG------CCCACGCCCAUGCCCACGC------CCACCGACGACGGGCCACUGUGGGCGGCAUGGGUGUUCCAGGGAUCGGAGAAGCCUUGACCACCAGCCGGCGAGAC
(((((((((((((------((((.(((...((((((((------((.........))))....))))))))).))))).((((.......))))..)))))).)).)))).......... ( -51.40)
>DroSim_CAF1 37293 108 - 1
CUGGGGCAGGGCG------CCCACGCCCAUGCCCACGC------CCACCGACGAGGAGCCACUGUGGGCGGCAUGGGCGUUCCAGGGAUCGGAGAAGCCUUGACCACCAGCCGGCGAGAC
((((((((((((.------((((((((((((((...((------((((.....((......)))))))))))))))))))....))).........)))))).)).)))).......... ( -53.30)
>DroEre_CAF1 37443 120 - 1
CUGGGGCAGCGGGCUCACGCCCACACCCAUGCCCACGCCCAUGCCCACCGACGAGGCGCCACUGUGGGCGGCAUGGGCGUUCCAGGGAUCGCCGAAUCCUUGACCGCCAGCCGGCGACAC
...((((((.((((....)))).).....)))))(((((((((((..((.....)).(((......))))))))))))))..(((((((......)))))))..((((....)))).... ( -58.20)
>DroYak_CAF1 38389 114 - 1
CUGGGGCAGUGGGCCCACGCCCACGCCCAUGCCCACGC------CCACCGUCGAGGAGCCACUGUGGGCGGCAUGGGCGUUCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCUGGUGACAC
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>consensus
CUGGGGCAGGGGG______CCCACGCCCAUGCCCACGC______CCACCGACGAGGAGCCACUGUGGGCGGCAUGGGCGUUCCAGGGAUCGGCGAAUCCUUGACCACCAGCCGGCGAGAC
((((((((((((.......((((((((((((((..............((.....)).(((......))))))))))))))....))).........)))))).)).)))).......... (-42.83 = -43.23 +   0.40)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 6,967,079 – 6,967,184
Length 105
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.94
Mean single sequence MFE -54.60
Consensus MFE -37.55
Energy contribution -38.82
Covariance contribution 1.27
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.533683
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6967079 105 + 23771897
ACGCCCAUGCCGCCCACAGUGGCUCGUCGUCGGUGG------GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------UCCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGAGGCAAUG
(((((((((((((((((...(((.....))).))))------))...)))))))))))..(------(((((((((.(((.(((......))).)))...)))))---..)).))).... ( -50.20)
>DroSec_CAF1 36544 105 + 1
ACACCCAUGCCGCCCACAGUGGCCCGUCGUCGGUGG------GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------CGCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGCGGCAAUC
...((((((((((((((....((((..(...)..))------))))))))...))))))))------(((((((((.(((.(((......))).)))...)))))---..))))...... ( -49.50)
>DroSim_CAF1 37333 105 + 1
ACGCCCAUGCCGCCCACAGUGGCUCCUCGUCGGUGG------GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------CGCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGCGGCAAUC
(((((((((((((((((...(((.....))).))))------))...))))))))))).(.------(((((((((.(((.(((......))).)))...)))))---..)))).).... ( -54.60)
>DroEre_CAF1 37483 117 + 1
ACGCCCAUGCCGCCCACAGUGGCGCCUCGUCGGUGGGCAUGGGCGUGGGCAUGGGUGUGGGCGUGAGCCCGCUGCCCCAGUACACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGUGGCAAUC
.((((..((((((((((...((((...)))).))))))(((..((((..(.((((.((((((....))))))...)))))..))))..))).........)))).---..))))...... ( -61.10)
>DroYak_CAF1 38429 114 + 1
ACGCCCAUGCCGCCCACAGUGGCUCCUCGACGGUGG------GCGUGGGCAUGGGCGUGGGCGUGGGCCCACUGCCCCAGUACACGAACAUAUCCUGCCUGGCAGCAGCAGGCGGCAAUC
..(((((((((((((((.((.(.....).)).))))------))...)))))))))((((((....))))))((((...((......)).......(((((.......)))))))))... ( -57.60)
>consensus
ACGCCCAUGCCGCCCACAGUGGCUCCUCGUCGGUGG______GCGUGGGCAUGGGCGUGGG______CCCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG___CCGGCGGCAAUC
(((((((((((((((((...(((.....))).))))......))...)))))))))))((((....))))..((((((.((......)).....((((...)))).....)).))))... (-37.55 = -38.82 +   1.27)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 6,967,115 – 6,967,224
Length 109
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.80
Mean single sequence MFE -51.39
Consensus MFE -42.70
Energy contribution -41.98
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.533938
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6967115 109 + 23771897
--GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------UCCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGAGGCAAUGUGAAUGGCUCGGCUACCACGCCCCCGCUGGCCCACUCCGC
--..((((((..((((((((.------......(((.(((.(((......))).)))...)))((---(((.((.((.......)).))))))).))))))))......))))))..... ( -46.70)
>DroSec_CAF1 36580 109 + 1
--GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------CGCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGCGGCAAUCUGAAUGGCUCGGCCACCACGCCUCCGUUGGCCCAUUCCGC
--((((((((..((((((((.------(((((((((.(((.(((......))).)))...)))))---..))))..........((((...))))))))))))......)))))...))) ( -45.90)
>DroSim_CAF1 37369 109 + 1
--GCGUGGGCAUGGGCGUGGG------CGCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGCGGCAAUCUGAAUGGCUCGGCCACCACGCCUCCGUUGGCCCACUCCGC
--..((((((..((((((((.------(((((((((.(((.(((......))).)))...)))))---..))))..........((((...))))))))))))......))))))..... ( -47.50)
>DroEre_CAF1 37523 117 + 1
GGGCGUGGGCAUGGGUGUGGGCGUGAGCCCGCUGCCCCAGUACACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG---CCGGUGGCAAUCUGAAUGGCACGGCCACCACGCCCCCGCUGGCCCACUCCAC
.((.((((((..((((((((((....))))((((((.(((..............)))...)))))---).((((((...((....))....))))))))))))......)))))).)).. ( -58.54)
>DroYak_CAF1 38465 118 + 1
--GCGUGGGCAUGGGCGUGGGCGUGGGCCCACUGCCCCAGUACACGAACAUAUCCUGCCUGGCAGCAGCAGGCGGCAAUCUGAAUGGCUCGGCCACCACGCCCCCGCUGGCCCACUCCAC
--..((((((...((((.(((((((((((..((((.((((..((.((.....)).)).))))..))))..)))(((...((....))....))).)))))))).)))).))))))..... ( -58.30)
>consensus
__GCGUGGGCAUGGGCGUGGG______CCCCCUGCCCCAGUAUACGAACAUAUCCUGCCUGGCAG___CCGGCGGCAAUCUGAAUGGCUCGGCCACCACGCCCCCGCUGGCCCACUCCGC
....((((((..((((((((............((((((.((......)).....((((...)))).....)).)))).......((((...))))))))))))......))))))..... (-42.70 = -41.98 +  -0.72)

alignment

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Window 0

Location 6,967,224 – 6,967,335
Length 111
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.44
Mean single sequence MFE -51.06
Consensus MFE -40.66
Energy contribution -41.46
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986249
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6967224 111 + 23771897
ACUGGGAAUGGCCCCAUC---GGCAUCAUCCUCAAGUUCGCC------ACUGGGAGCGGCGGCGACGCUUCAAAGCGAUUAUGCGCCAACCGCGAGUCUCGUGGCCGCUGGCUAUUCCUA
..((((((((((((((..---(((...............)))------..))).((((((.((((.(((....)))((((.((((.....)))))))))))).))))))))))))))))) ( -49.46)
>DroSec_CAF1 36689 111 + 1
CCUGGGAAUGGCCCCAUC---GGCAUCAUCCUCAAGUUCGCC------ACUGGGAGCGGCGGCGACGCUUCAAAGCGAUUAUGCGCCAACCGCGAGUCUCGUGGCCGCUGGCUAUUCCUA
..((((((((((((((..---(((...............)))------..))).((((((.((((.(((....)))((((.((((.....)))))))))))).))))))))))))))))) ( -49.46)
>DroSim_CAF1 37478 111 + 1
CCUGGGAAUGGCCCCAUC---GGCAUCAUCCUCAAGUUCGCC------ACUGGGAGCGGCGGCGACGCUUCAAAGCGAUUAUGCGCCAACCGCGAGUCUCGUGGCCGCUGGCUAUUCCUA
..((((((((((((((..---(((...............)))------..))).((((((.((((.(((....)))((((.((((.....)))))))))))).))))))))))))))))) ( -49.46)
>DroEre_CAF1 37640 114 + 1
CCUGGGCAUGGCCCCAUCAGCGGCCCCAACCUCCAGUUCGCC------CCUGGGAGCGGCGGCGACGCUUCAAAGCGACUAUGCGCCGAACGCGAGUCUCGUGGCCGCGGGCUAUUCCUA
..((((.(((((((..((((.(((...(((.....))).)))------.))))..(((((.((((.(((....)))((((.((((.....)))))))))))).)))))))))))).)))) ( -52.00)
>DroYak_CAF1 38583 120 + 1
CCUGGGCAUGGCCCCAUCAUCGCUCCCACCCUCAAGUUCGCCAGUGAGCCUGGGAGCGGCGGCGUCGCUUCAAAGCGACUAUGCGCCAACCGCGAGUCUCGUGGCAGCGGGCUACUCCUA
..((((..((((((......((((((((..((((.(....)...))))..))))))))(((((((((((....)))))).....)))..(((((.....)))))..))))))))..)))) ( -54.90)
>consensus
CCUGGGAAUGGCCCCAUC___GGCAUCAUCCUCAAGUUCGCC______ACUGGGAGCGGCGGCGACGCUUCAAAGCGAUUAUGCGCCAACCGCGAGUCUCGUGGCCGCUGGCUAUUCCUA
..((((((((((((((.....(((...............)))........)))..(((((.((((.(((....)))((((.((((.....)))))))))))).))))).))))))))))) (-40.66 = -41.46 +   0.80)

alignment

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