Locus 246

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 674,830 – 675,017
Length 187
Max. P 0.992084
window367 window368 window369

overview

Window 7

Location 674,830 – 674,950
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.82
Mean single sequence MFE -39.52
Consensus MFE -25.35
Energy contribution -25.88
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.25
Structure conservation index 0.64
SVM decision value -0.08
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 674830 120 + 23771897
CAAUCGCUCCAAAAUGGAACUGCAGGCACUGGAGCACAAGAGCUUCCAGGUGGACACUGCGAGCAGCGGCGCGGCGACCAACGAGGAGGACGCCUCCUCCUGCGGCUGCUAGCAGUUGGG
((((.(((((.....)))..(((((.(.(((((((......)).)))))...)...)))))((((((.((.((........))(((((((....))))))))).)))))).)).)))).. ( -49.70)
>DroVir_CAF1 37305 114 + 1
CAAUCGUUCCAAAAUGGAGCUGCAGGCACUCGAGCAACAGAGUUUUCAAAUAGACAAGGU---CAACGAGACAGAGAUUAACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGCUGCUAGCAGUUGGG
........((((..(((((((((.....(((..........((((......))))...((---(.....))).)))....(((((((.---...))))))))))))).)))....)))). ( -35.30)
>DroPse_CAF1 36894 114 + 1
CAAUCGCUCCAAAAUGGAGCUGCAGGCUCUCGAGCAGAAGAGCUUCAAAAUUGACACGGC---CAGUGACCCGACGGUCAACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGUUGCUAGCAGUUGGG
((((.(((((.....)))))((.((((((((.....).)))))))))..)))).(((...---..))).((((((.....(((((((.---...)))))))((........)).)))))) ( -42.10)
>DroMoj_CAF1 39475 114 + 1
CAAUCGUUCCAAAAUGGAGCUUCAGGCACUCGAACGACAAAGCUUUCAAGUGGACAAAAC---AAACCAGGCAGAGAUCAACGAGGAU---ACCUCCUCGUGCAGCUGCUAGCAGUUGGG
.....(((((.....)))))......((((.(((.(......).))).)))).......(---((..(.(((((......(((((((.---...)))))))....))))).)...))).. ( -30.40)
>DroAna_CAF1 31688 117 + 1
CAAUCGAUCCAAGAUGGAGUUGCAGGCUCUGGAGCAAAAAAGCUUCCAAGUGGAUUCAGC---CUCCGAUGCUGCUGUUAACGAGGAGGAUGCCUCUUCUUGUGGUUGCUAGCAGUUGGG
.....((((((...(((((((....(((....))).....))).))))..))))))....---..(((..(((((((.(((((((((((...))))))).....)))).)))))))))). ( -37.50)
>DroPer_CAF1 41316 114 + 1
CAAUCGCUCCAAAAUGGAGCUGCAGGCUCUCGAGCAGAAGAGCUUCAAAAUUGACACGGC---CAGUGACCCGACGGUCAACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGUUGCUAGCAGUUGGG
((((.(((((.....)))))((.((((((((.....).)))))))))..)))).(((...---..))).((((((.....(((((((.---...)))))))((........)).)))))) ( -42.10)
>consensus
CAAUCGCUCCAAAAUGGAGCUGCAGGCACUCGAGCAAAAGAGCUUCCAAAUGGACACGGC___CAGCGACGCGGCGAUCAACGAGGAG___GCCUCCUCGUGCAGCUGCUAGCAGUUGGG
((((.(((((.....)))))(((.(((....((((......))))...........................(((.....((((((((.....))))))))...)))))).))))))).. (-25.35 = -25.88 +   0.53)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 674,910 – 675,017
Length 107
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -42.07
Consensus MFE -32.94
Energy contribution -32.72
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -3.78
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.975726
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 674910 107 + 23771897
ACGAGGAGGACGCCUCCUCCUGCGGCUGCUAGCAGUUGGGGAACAUUGAGUUCGGCUAGGAACCC---UUAUUCCCGCCAGGCUCAAUGCUCACGCAGAGAUGCAUUUUU
..(((((((...)))))))(((((((((....))))....((.((((((((..(((..((((...---...)))).)))..)))))))).)).)))))............ ( -45.20)
>DroVir_CAF1 37382 105 + 1
ACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGCUGCUAGCAGUUGGGAAACAUUGAGUUUGGCUAAUUCGUUGGCG-CUCUCGGCUGAACUCAAUGU-AACGCAGCAAUGCAUUUGU
(((((((.---...))))))).((((((....))))))....((((((((((..(((....((....))-.....)))..))))))))))-...(((....)))...... ( -43.70)
>DroPse_CAF1 36971 101 + 1
ACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGUUGCUAGCAGUUGGGGAACAUUGAGUUUGGCUAAAGACAU---CCAU-CAAGCCAGACUCAAUGC--GAGCAGAAAUGCAUUUUU
(((((((.---...)))))))(((.(((((.((.(((....)))(((((((((((((...((...---...)-).)))))))))))))))--.)))))...)))...... ( -41.40)
>DroGri_CAF1 44752 97 + 1
ACGAGGAA---GCCUCCGCUUGCAGCUGCUAGCAAUUGGGGAACAUUGAGUUUGGCUAAUA---------CUAAAUGCCAACCUCAAUGG-AAUGCAGAAAUGCAUUUAU
........---..(((((.((((........)))).)))))..(((((((.(((((.....---------......))))).)))))))(-((((((....))))))).. ( -35.80)
>DroSec_CAF1 30536 107 + 1
ACGAGGAGGACGCCUCCUCCUGCGGCUGCUAGCAGUUGGGGAACAUUGAGUUCGGCUAGGAAGCG---UUAUCCCCGCCAGGCUCAAUGCUCAUGCAGAGAUGCAUUUUU
..(((((((...)))))))((.((((((....)))))).))..((((((((..(((..(((....---...)))..)))..))))))))...(((((....))))).... ( -45.10)
>DroPer_CAF1 41393 100 + 1
ACGAGGAG---GCCUCCUCGUGCAGUUGCUAGCAGUUGGGGAACAUUGAGUUUGGCUAAAGACAU---CCCA-C-AGCCAGACUCAAUGC--GAGCAGAAAUGCAUUUUU
(((((((.---...)))))))(((.(((((.((.(((....)))(((((((((((((........---....-.-)))))))))))))))--.)))))...)))...... ( -41.22)
>consensus
ACGAGGAG___GCCUCCUCGUGCAGCUGCUAGCAGUUGGGGAACAUUGAGUUUGGCUAAAAACAU___C_AU_CCAGCCAGACUCAAUGC__AAGCAGAAAUGCAUUUUU
..((((((.....)))))).((((.((((...(....).....(((((((((((((....................))))))))))))).....))))...))))..... (-32.94 = -32.72 +  -0.22)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 674,910 – 675,017
Length 107
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -38.72
Consensus MFE -25.11
Energy contribution -26.03
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.51
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 2.31
SVM RNA-class probability 0.992084
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 674910 107 - 23771897
AAAAAUGCAUCUCUGCGUGAGCAUUGAGCCUGGCGGGAAUAA---GGGUUCCUAGCCGAACUCAAUGUUCCCCAACUGCUAGCAGCCGCAGGAGGAGGCGUCCUCCUCGU
............(((((.((((((((((..((((((((((..---..)))))).))))..)))))))))).....(((....))).)))))(((((((...))))))).. ( -47.30)
>DroVir_CAF1 37382 105 - 1
ACAAAUGCAUUGCUGCGUU-ACAUUGAGUUCAGCCGAGAG-CGCCAACGAAUUAGCCAAACUCAAUGUUUCCCAACUGCUAGCAGCUGCACGAGGAGGC---CUCCUCGU
......(((((((((((((-((((((((((..((..(...-((....))..)..))..)))))))))).....))).)).))))).)))(((((((...---.))))))) ( -37.50)
>DroPse_CAF1 36971 101 - 1
AAAAAUGCAUUUCUGCUC--GCAUUGAGUCUGGCUUG-AUGG---AUGUCUUUAGCCAAACUCAAUGUUCCCCAACUGCUAGCAACUGCACGAGGAGGC---CUCCUCGU
......(((....((((.--(((((((((.(((((.(-((..---..)))...))))).)))))))(((....))).)).))))..)))(((((((...---.))))))) ( -36.20)
>DroGri_CAF1 44752 97 - 1
AUAAAUGCAUUUCUGCAUU-CCAUUGAGGUUGGCAUUUAG---------UAUUAGCCAAACUCAAUGUUCCCCAAUUGCUAGCAGCUGCAAGCGGAGGC---UUCCUCGU
...((((((....))))))-.(((((((.(((((......---------.....))))).))))))).........((((.((....)).))))((((.---..)))).. ( -29.00)
>DroSec_CAF1 30536 107 - 1
AAAAAUGCAUCUCUGCAUGAGCAUUGAGCCUGGCGGGGAUAA---CGCUUCCUAGCCGAACUCAAUGUUCCCCAACUGCUAGCAGCCGCAGGAGGAGGCGUCCUCCUCGU
....(((((....)))))((((((((((..((((.((((...---....)))).))))..)))))))))).....((((........))))(((((((...))))))).. ( -46.00)
>DroPer_CAF1 41393 100 - 1
AAAAAUGCAUUUCUGCUC--GCAUUGAGUCUGGCU-G-UGGG---AUGUCUUUAGCCAAACUCAAUGUUCCCCAACUGCUAGCAACUGCACGAGGAGGC---CUCCUCGU
......(((....((((.--(((((((((.(((((-(-.((.---....)).)))))).)))))))(((....))).)).))))..)))(((((((...---.))))))) ( -36.30)
>consensus
AAAAAUGCAUUUCUGCAU__GCAUUGAGUCUGGCGGG_AG_A___AGGUUAUUAGCCAAACUCAAUGUUCCCCAACUGCUAGCAGCUGCACGAGGAGGC___CUCCUCGU
.....((((...((((....((((((((..((((....................))))..)))))))).............)))).)))).((((((.....)))))).. (-25.11 = -26.03 +   0.92)

alignment

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