Locus 2389

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 6,722,337 – 6,722,451
Length 114
Max. P 0.919467
window3683

overview

Window 3

Location 6,722,337 – 6,722,451
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 69.89
Mean single sequence MFE -48.65
Consensus MFE -23.49
Energy contribution -25.62
Covariance contribution 2.13
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.919467
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6722337 114 - 23771897
------ACAGUUGUUGGGACAGUUUCCUCCGCCGGUUCCGCUGGAGCCACUCCGUCGGAGGGCAGGAAGCUGAUCGACGGUUUUCUGGCCGUCUGCCAGCUGUGUGGAUUCACUGGCGUG
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>DroSec_CAF1 3771 114 - 1
------ACAGCUGUGGGGGCAGUUUCCUCCGCCGGUUCCGCUGGAGCCACUCCGUCGGAGGGCAGGAAGCUGAUCGAUGGUUUUCUGGCCGUCUGCCAGCUGUGUGGAUUCACUGGCGUG
------(((((((.(.(..(((((((((..(((((((((...)))))).((((...))))))))))))))))..)(((((((....)))))))..))))))))(((....)))....... ( -51.30)
>DroEre_CAF1 3813 105 - 1
------UCAACGGUUGGUGCAGUUUCCU---------CCGCUGGCAGCGCUCCCUCGGAGGGCAGGAAACUGAUCGACGGUUUUCUGGCCGUCUGCCAGCUGUGUGGAUUCACUGGCGUC
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>DroYak_CAF1 3769 114 - 1
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>DroAna_CAF1 5536 116 - 1
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>DroPer_CAF1 2257 105 - 1
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>consensus
______ACAGCGGUUGGAGCAGUUUCCUC_GCCGGUUCCGCUGGAGCCACUCCGUCGGAGGGCAGGAAGCUGAUCGACGGUUUUCUGGCCGUCUGCCAGCUGUGUGGAUUCACUGGCGUG
...................(((((((((..(((....(((..(((.....)))..)))..))))))))))))...((((((......))))))(((((...(((......)))))))).. (-23.49 = -25.62 +   2.13)

alignment

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secondary structure

Postscript

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