Locus 2373

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>3L_DroMel_CAF1 6658479 96 + 23771897
CG------UGCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU-UUGAAUGCAAGCGACGUACUGUC-----CACGCCC-----C-CCACUGCCAC---
.(------(((.((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))))((((-........))))...))))....-----.......-----.-..........--- ( -22.20)
>DroVir_CAF1 102031 93 + 1
A--------UCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU-UUGAAUGCAAGCGACGUAC-AGC-----CACGCC---------CACUCACACACA
.--------...((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))))((((-........))))..(((..-...-----.)))..---------............ ( -18.50)
>DroWil_CAF1 43003 108 + 1
AGCGCGCUUUCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUUUUUGAAUGCAAGAGACGUAACAGCAGCCACACGCCC-----UCCCAUUACC-C---
.(((.(....((((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))(((..(((((....)))))..)))....))))...).)))..-----..........-.--- ( -23.40)
>DroMoj_CAF1 39684 102 + 1
A--------UCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU-UUGAAUGCAAGCGACGUACCAGC-----CACGCCCAUACGC-CCACUCGCACACA
.--------...((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))))((..-......))..((((((((...((-----...))...)))).-....))))..... ( -23.50)
>DroAna_CAF1 40378 93 + 1
CG------CGUUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU-UUGAAUGCAAGCAACGUACCAGC-----CACGCCC-------CCACUCCC-----
.(------((((((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))))((((-........)))))))))......-----.......-------........----- ( -22.50)
>DroPer_CAF1 30126 95 + 1
CU------CGCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU-UUGAAUGCAAGAGACGUACAG-C-----CAUGCCA-----C-ACGGUCCCAG---
.(------((((((.........)))..(((((((....))))))))))).((((((((((-(((....)))))).)))))))-.-----...(((.-----.-..))).....--- ( -24.20)
>consensus
AG_______GCUGCACAAAUGAAGCAACAUUUUCUCUCAAGAAAAUGCGAUUUGUGCGCUU_UUGAAUGCAAGCGACGUACCAGC_____CACGCCC_____C_CCACUCCCAC___
............((((((((...(((...((((((....))))))))).))))))))((.........))............................................... (-16.20 = -16.20 +  -0.00) 

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Window 9

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>3L_DroMel_CAF1 6658479 96 - 23771897
---GUGGCAGUGG-G-----GGGCGUG-----GACAGUACGUCGCUUGCAUUCAA-AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGCA------CG
---(((.(.(..(-(-----.((((((-----.....)))))).))..)......-....((((((((.(((((((((....)))))))))......)))))))).)))------). ( -33.20)
>DroVir_CAF1 102031 93 - 1
UGUGUGUGAGUG---------GGCGUG-----GCU-GUACGUCGCUUGCAUUCAA-AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGA--------U
((.(((..((((---------(.((((-----...-.)))))))))..))).)).-....((((((((.(((((((((....)))))))))......))))))))...--------. ( -31.60)
>DroWil_CAF1 43003 108 - 1
---G-GGUAAUGGGA-----GGGCGUGUGGCUGCUGUUACGUCUCUUGCAUUCAAAAAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGAAAGCGCGCU
---.-.(.((((.((-----(((((((..((....)))))))).))).)))))....(((((((((((.(((((((((....)))))))))......))))))((.....))))))) ( -31.90)
>DroMoj_CAF1 39684 102 - 1
UGUGUGCGAGUGG-GCGUAUGGGCGUG-----GCUGGUACGUCGCUUGCAUUCAA-AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGA--------U
((.((((((((((-.(((((.(((...-----))).))))))))))))))).)).-....((((((((.(((((((((....)))))))))......))))))))...--------. ( -41.00)
>DroAna_CAF1 40378 93 - 1
-----GGGAGUGG-------GGGCGUG-----GCUGGUACGUUGCUUGCAUUCAA-AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAACG------CG
-----..(((((.-------(((((..-----((......))))))).)))))..-..((((((((((.(((((((((....)))))))))......))))))))...)------). ( -27.80)
>DroPer_CAF1 30126 95 - 1
---CUGGGACCGU-G-----UGGCAUG-----G-CUGUACGUCUCUUGCAUUCAA-AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGCG------AG
---..(((((.((-(-----..((...-----)-)..))))))))..........-..((((((((((.(((((((((....)))))))))......)))))))).)).------.. ( -30.30)
>consensus
___GUGGGAGUGG_G_____GGGCGUG_____GCUGGUACGUCGCUUGCAUUCAA_AAGCGCACAAAUCGCAUUUUCUUGAGAGAAAAUGUUGCUUCAUUUGUGCAGA_______CG
.....................((((((..........))))))..((((((.....(((((........(((((((((....)))))))))))))).....)))))).......... (-20.99 = -20.88 +  -0.11) 

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