Locus 2356

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 6,612,593 – 6,612,691
Length 98
Max. P 0.591264
window3634

overview

Window 4

Location 6,612,593 – 6,612,691
Length 98
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.50
Mean single sequence MFE -31.60
Consensus MFE -14.65
Energy contribution -17.10
Covariance contribution 2.45
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.591264
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6612593 98 - 23771897
-UGUCUUGCC--GUGCAUCAUAGGGCUUAUUUUGCGCAAAAGUUGCCUUUGGCUUUUCGCAAAGUUGCCCAACAAGUGGUGCGGGAU---AUUCACGGCC----CCCA-
-......(((--(((((((((.((((..((((((((.(((((((......))))))))))))))).)))).....)))))))..(..---...)))))).----....- ( -36.50)
>DroVir_CAF1 22649 102 - 1
-CCCCUGGUCAGUUGUAUAAUAGGGCUUAUUUU--GUAAAAGUUGCCUUUGGCAAUUUACAAAGUUUACU-ACAACUUGGGCGUAGUUCUAUCCUCAGCAC---CCAAU
-....(((...((((....((((((((...(((--((((..((((((...)))))))))))))(((((..-......)))))..))))))))...))))..---))).. ( -23.70)
>DroPse_CAF1 15881 101 - 1
GUGCCUUGCC--GUACAUUAUAGGGCUUAUUUC-UGACAAAGUUGCUUUUGGCCAUUGGCAAAGUUUCCC-ACAAGUUGGGCGGGUG---AAUCCAUUCCCCAUCCAU-
.((((..(((--(........(((((..((((.-.....)))).)))))))))....)))).........-......(((..(((.(---((....))))))..))).- ( -22.10)
>DroSim_CAF1 7610 99 - 1
-UGUCUUGCC--GUGCAUCAUAGGGCUUAUUUUGCGCAAAAGUUGCCUUUGGCUUUUCGCAAAGUUGCCCAACAAAUGGUGCGGGAU---ACUCAAGGCCC---CCCA-
-.((((((((--.((((((((.((((..((((((((.(((((((......))))))))))))))).)))).....))))))))))..---...))))))..---....- ( -37.20)
>DroEre_CAF1 12581 99 - 1
-UGUCUUGCC--GUGCAUCAUAGGGCUUAUUUUGCGCAAAAGUUGCCUUUGGCUUUUUGCAAAGUUGGCCAACAAGUGGUGCGGGAU---AUUCGAGGCCC---CCAU-
-.((((((((--.((((((((..((((.((((((((.(((((((......))))))))))))))).)))).....))))))))))..---...))))))..---....- ( -35.60)
>DroYak_CAF1 7809 99 - 1
-UGUCUUGCC--GUGCAUCAUAGGGCUUAUUUUGCGCAAAAGUUGCCUUUGGCUUUCUGCAAAGUUGCCCAACAAGUGGUGCGGGUU---AUUCGAGGCAU---CCAU-
-(((((((((--.((((((((.((((..((((((((..((((((......)))))).)))))))).)))).....))))))))))).---....)))))).---....- ( -34.50)
>consensus
_UGUCUUGCC__GUGCAUCAUAGGGCUUAUUUUGCGCAAAAGUUGCCUUUGGCUUUUUGCAAAGUUGCCCAACAAGUGGUGCGGGAU___AUUCAAGGCCC___CCAA_
.............((((((((.((((..((((((((.(((((((......))))))))))))))).)))).....)))))))).......................... (-14.65 = -17.10 +   2.45)

alignment

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Postscript

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