Locus 2344

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 6,580,695 – 6,580,815
Length 120
Max. P 0.966853
window3617

overview

Window 7

Location 6,580,695 – 6,580,815
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.83
Mean single sequence MFE -52.73
Consensus MFE -29.20
Energy contribution -30.45
Covariance contribution 1.25
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966853
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6580695 120 + 23771897
GCCUUGCGACUGCGUGAGAUGGGUCAGCGCGCCUCCCUGGAGACUCCGCAAGAUGCUCGUACGCCCAUCUUUCUAACCGACAUCCAGAACCUGUUGAUGUGCGCUCUCAUUGGCCAGAAG
(((....((..(((((((((((((..(((.(((((....)))....(....)..)).)))..)))))))))........((((((((...)))..)))))))))..))...)))...... ( -38.40)
>DroPse_CAF1 56864 120 + 1
GCCUUGCGGCUGAGGGAGAUGGGGCAGCGUGCGUUGCUGGAGACGCCUCAAGAUGCGCGCACACCCAUCUUCCUCAGCGAUAUACAGAACCUGCUGAUGUCGGGCAUGAUUGGCCAGAAG
(((.(((.(((((((((((((((...(((((((((....(((....)))..)))))))))...)))))))))))))))(((((.(((......))))))))..))).....)))...... ( -62.80)
>DroGri_CAF1 56424 120 + 1
GAAGUGCAUCUGCGAGACAUGGGCAGGCGUGCUUUGCUGGAGAUACCGCAGCAGGACCGUACGCCCAUCUUUCUGGCAGACAUUCAGCAUCUGCUGAUGGCGGCCCUCAUUGGCAAGAAA
....(((.(((((.(((.((((((..(((.(..(((((((......).))))))..))))..))))))...))).)))))(((.((((....))))))))))(((......)))...... ( -47.10)
>DroWil_CAF1 58329 120 + 1
GGUUUGCGACUGCGUGAAAUGGGUCAGCGUGCUUCGCUAGAGACACCACAGCAUGCGCGGACUCCCAUCUUCCUCACUGACAUUCAGCAUCUGUUGAUGUCUGCUUUGAUUGGCCAGAAG
((((((((..((((((...((..((((((.....)))).))..)).))).)))..)))))))).....((((......(((((.((((....))))))))).(((......)))..)))) ( -36.30)
>DroAna_CAF1 54731 120 + 1
GGCCUACGGCUGAGGGAGAUGGGCCAGCGCGCCUCGCUGGAGACACCGCAGCACGCGCGCACGCCCAUCUUCCUCACCGACAUCCAGCACCUGCUGAUGUCGGCCCUGAUCGGCCAGAAG
((((..(((.((((((((((((((..((((((...(((((......).))))..))))))..))))))))))))))((((((((.(((....)))))))))))..)))...))))..... ( -70.10)
>DroPer_CAF1 77383 120 + 1
GCCUUGCGGCUGAGGGAGAUGGGGCAGCGUGCGUUGCUGGAGACGCCUCAAGAUGCGCGCACGCCCAUCUUCCUCAGCGAUAUACAGAACCUGCUGAUGUCGGGCAUGAUUGGCCAGAAG
(((.(((.(((((((((((((((...(((((((((....(((....)))..)))))))))...)))))))))))))))(((((.(((......))))))))..))).....)))...... ( -61.70)
>consensus
GCCUUGCGGCUGAGGGAGAUGGGCCAGCGUGCCUCGCUGGAGACACCGCAACAUGCGCGCACGCCCAUCUUCCUCACCGACAUACAGAACCUGCUGAUGUCGGCCCUGAUUGGCCAGAAG
.........(((.((((((((((...((((((......((.....)).......))))))...)))))))))).....(((((.(((......)))))))).(((......))))))... (-29.20 = -30.45 +   1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:30:01 2006