| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,568,009 – 6,568,129 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.614093 |
| Location | 6,568,009 – 6,568,129 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.11 |
| Mean single sequence MFE | -43.33 |
| Consensus MFE | -28.32 |
| Energy contribution | -28.02 |
| Covariance contribution | -0.30 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -1.30 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.16 |
| SVM RNA-class probability | 0.614093 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 6568009 120 + 23771897 UCUCCAGUCUGUAGCACAUGCUGGAAUCGGUGGCAUUCCAUCUAACCAGCUCGGCAAUUGGUCUGCUGGACUUGAGGAACAAUGUAAGGCGCUCAUUCAGUUGAAGAGGCGAGAAUUUGC ((((.(((((..((((...(((((....(((((....)))))...)))))..(((.....)))))))))))).))))......(((((.((((..(((....)))..))))....))))) ( -36.70) >DroPse_CAF1 43993 120 + 1 UCUCCAGCCGGUAGCACCGAUCCGAGUCGGUGGCAUUCCACCGGACCAACUCGGCAAUGGGCCGGCUCGACUUGAGGAAGAGCGUAAGGCGUUCGUUCAGCUGCAGUGGCGAGAACUUAC ((((..(((.(((((..(((..(((((((((((....))))))........((((.....)))))))))..))).(((.(((((.....))))).))).)))))...)))))))...... ( -47.20) >DroWil_CAF1 41797 120 + 1 UUUCCAAUCUAAAGCAGCUUGUUGAAUCGGUGGCAUUCCAUUUGACCAACUCAGCUAUGGGUCUGCUGGGCUUUAGGAAGAGCGUGAGACGCUCAUUCAAUUGUAAUGGUGAAAAUUUGC ...(((..(((((((.....((((..(..((((....))))..)..))))(((((.........))))))))))))((((((((.....))))).)))........)))........... ( -31.90) >DroMoj_CAF1 32228 120 + 1 UUUCCAGCCUGUAACAGCUAUUCGAGUCCGUGGCAUUCCAUCGUACCAGCUCCGCAAUGGCUCGACUGGGCUUGAGGAAGAGCGUCAACUGUUCGUUCAGCUGCAGCGGCGAGAAUUUGC .(((..(((.((..(((((.(((((((((.(((....)))(((..(((.........)))..)))..)))))))))...(((((.........))))))))))..)))))..)))..... ( -38.20) >DroAna_CAF1 41730 120 + 1 UCUCCAACCUGUAGCAUCUGCUGGAAUCGGUGGCAUUCCACCUAACCAGCUCGGCUAUGGGCCGGCUGGAUUUCAAAAAGAGCGUCAGCCGCUCGUUGAGCUGCAGGGGUGAGAACUUGC ((((...((((((((.((.((((((((((((((....)))))....((((.((((.....)))))))))))))))....(((((.....))))))).))))))))))...))))...... ( -57.50) >DroPer_CAF1 64549 120 + 1 UCUCCAGCCUGUAGCACCGAUCCGAGUCGGUGGCAUUCCACCGGACCAACUCGGCAAUGGGCCGGCUCGACUUGAGGAAGAGCGUGAGCCGUUCGUUCAGCUGCAGUGGCGAGAACUUAC ((((..(((((((((......((((((((((((....)))))).....)))))).(((((((.((((((.(((......)))..)))))))))))))..))))))..)))))))...... ( -48.50) >consensus UCUCCAGCCUGUAGCACCUAUUCGAAUCGGUGGCAUUCCACCGGACCAACUCGGCAAUGGGCCGGCUGGACUUGAGGAAGAGCGUAAGCCGCUCGUUCAGCUGCAGUGGCGAGAACUUGC ((((..(((((((((.......(((((((((((....)))))........(((((.....)))))...)))))).(((.(((((.....))))).))).))))))..)))))))...... (-28.32 = -28.02 + -0.30)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:29:54 2006