| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,350,050 – 6,350,163 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.829968 |
| Location | 6,350,050 – 6,350,163 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.86 |
| Mean single sequence MFE | -28.65 |
| Consensus MFE | -23.44 |
| Energy contribution | -23.55 |
| Covariance contribution | 0.11 |
| Combinations/Pair | 1.06 |
| Mean z-score | -2.46 |
| Structure conservation index | 0.82 |
| SVM decision value | 0.71 |
| SVM RNA-class probability | 0.829968 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 6350050 113 + 23771897 UU-GGUUGUCGUUGUUGUUUACGCCGGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGUAGAUUGCAUUUA------CAACC ..-((((((...(((.((((((((((((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).)))))))((....))))))))))).)))...)------))))) ( -34.50) >DroVir_CAF1 165971 113 + 1 AUAUGUUGUCGUUGUUGUUUACGCUAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGCAGAUAGCA-------UUACAAGC ..((((((((..(((..(.((.((.(((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).))))))))).)).)..)))..)))))))-------)....... ( -26.60) >DroPse_CAF1 148044 114 + 1 UUCAGUUGUCGUUGUUGUUUACGCCAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGUAGAUUGCAUUUA------CAAGC .....((((...(((.((((((((((((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).)))))))((....))))))))))).)))...)------))).. ( -29.60) >DroGri_CAF1 117822 114 + 1 UUAUGUUGUCGUUGUUGUUUACGCUAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGUAGAUAGCAUUUC------CAAGC .....(((....((((((((((((((((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).)))))))((....)))))))))))))))....------))).. ( -28.50) >DroWil_CAF1 138127 112 + 1 UU-AGUUGUCGUUGUUGUUUACGCUAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCAUAGAUUGCAUUGC------CAG-U ..-.((.(((..(((..(.((.((.(((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).))))))))).)).)..)))..))).)).....------...-. ( -22.80) >DroMoj_CAF1 125169 120 + 1 AUAUGUUGUCGUUGUUGUUUACGCCAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGCAGAUAGCAUUUCGCAUUGCGAGC ..((((((((..(((..(.((.((.(((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).))))))))).)).)..)))..))))))))(((((...))))). ( -29.90) >consensus UUAUGUUGUCGUUGUUGUUUACGCCAGCGAUUGUUUUACAAAUUAAUAUUAUUUUAUGAUAUCGCGUUUGUUUUGCUAAUUGUUGCAUGUGUGGCGUAGAUAGCAUUUC______CAAGC ............(((.((((((((((((((((((...((((((..(((((((...)))))))...))))))...)).)))))))((....))))))))))).)))............... (-23.44 = -23.55 + 0.11)
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