| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,255,642 – 6,255,738 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.560607 |
| Location | 6,255,642 – 6,255,738 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.34 |
| Mean single sequence MFE | -32.88 |
| Consensus MFE | -21.72 |
| Energy contribution | -21.89 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.48 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.560607 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 6255642 96 - 23771897 --GUAUGCAAAU--------GUCUAGC-----AUG--CUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGC--CCAGG--CG-AAACC --....((((.(--------((((((.-----...--)))))))((...((((((((.(.....).))))))))..))......))))(((.((((.....--...))--))-.))). ( -33.90) >DroVir_CAF1 22751 103 - 1 --GUAUGCAAAUGCAAUG-UGUCUAGGUGCC-GUGCCGUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGC--CCAGC---G------ --....((.(((((((((-(((((((((...-..))).)))))))(...((((((((.(.....).))))))))..)......))))))))..))..((..--...))---.------ ( -34.10) >DroGri_CAF1 21823 104 - 1 --GUAUGCAAAUGCGAUG-UGUCUAGGUGCCGGUGCCGUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGC--CCAGC---G------ --....((.(((((((((-((((((((((....)))).)))))))(...((((((((.(.....).))))))))..)......))))))))..))..((..--...))---.------ ( -34.30) >DroWil_CAF1 26710 94 - 1 UGCUAUGCAAAU--------GUCUAGGUCUG-GGG--CUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGCGACC------------- .....(((((.(--------((((((.(...-.).--)))))))......(((((((.(.....).)))))))))))).....((((((((.....)))))))).------------- ( -32.30) >DroMoj_CAF1 30533 104 - 1 --GUAUGCAAAUGCAAUGUUGUCUAGGUGCC-GUGUCGUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGC--CCAGA---G------ --...(((....)))......(((.((((((-(((.((..(.((((...((((((((.(.....).))))))))..))....)))..)).))))...))))--).)))---.------ ( -32.30) >DroAna_CAF1 21848 99 - 1 --GUAUGCAAAU--------GUCUAGC-----AUG--CUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCUU--CGAACAGCGAACACC --((((((((.(--------((((((.-----...--)))))))((...((((((((.(.....).))))))))..))......))))).)))....(((.--.....)))....... ( -30.40) >consensus __GUAUGCAAAU________GUCUAGGUGCC_GUG__CUGGACACGACUAUUACCUGUCACAUUGUCAGGUGAUUGCGAAAUUGUUGCGUUACGCCAGCGC__CCAGC___G______ ..((((((((..........(((((.............))))).((...((((((((.(.....).))))))))..))......))))).)))......................... (-21.72 = -21.89 + 0.17)
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