| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,158,821 – 6,158,933 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.528602 |
| Location | 6,158,821 – 6,158,933 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.58 |
| Mean single sequence MFE | -35.55 |
| Consensus MFE | -26.05 |
| Energy contribution | -27.88 |
| Covariance contribution | 1.83 |
| Combinations/Pair | 1.13 |
| Mean z-score | -1.91 |
| Structure conservation index | 0.73 |
| SVM decision value | -0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.528602 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 6158821 112 + 23771897 CUUUCGC-----CGAGAAAAAAAUCCAAUACAACACACAUUUGUGUGUACUCGCGUGUGCGUGUGUGUGUGCACUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUACCCGCAAGCGACGAGUA--- .((((..-----...))))........((((.((((((....))))))((.((((....)))).))))))..(((((((.((....(((((........)))))...))))))))).--- ( -36.60) >DroSec_CAF1 10217 111 + 1 CUUUCGC-----CGAGAAA-AAAUCCAAUACAACACACAUUUGUGUGUACUCGCGUGUGCGUGUGUGUGUGCGCUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUGCCCGCAAGCGACGAGUA--- .((((..-----...))))-.......((((.((((((....))))))((.((((....)))).))))))..(((((((.((....(((((........)))))...))))))))).--- ( -37.20) >DroSim_CAF1 10256 112 + 1 CUUUCGC-----CGAGAAAAAAAUCCAAUACAACACACAUUUGUGUGUACUCGCGUGUGCGUGUGUGUGUGCGCUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUGCCCGCACGCGACGAGUA--- .((((..-----...)))).............((((((....))))))(((((((((((((.((((....))))......(((((.(((....)))))))).)))))))).))))).--- ( -39.50) >DroEre_CAF1 10366 108 + 1 CUAUCAC-----CGAGAAAAAAAUCCAAUACAACACACAUUUAUGUGUACUCGCGU----GCGUGUGUGUGCGCUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUACCCACAAGCGACGAGUA--- .......-----....................((((((((.((((((....)))))----).))))))))..(((((((.((.....((((........))))....))))))))).--- ( -34.30) >DroYak_CAF1 10371 112 + 1 CUAUCGC-----CGAGAAAAAAACCCAAUACAACACACAUUUGUGUGUACUCGCGUAUGCGUGUGUGUGUGCGCUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUACCCGUAAACGACGAGUA--- .......-----....................((((((((...(((((((....))))))).))))))))..(((((((.......(((((........))))).....))))))).--- ( -33.60) >DroAna_CAF1 10405 102 + 1 CUG-CGCCGAGUCGAGAAAAAAAACCAAUAC------CAUUUGUGUGUACUCGCGU--GCAUGUGUGUGAGUGCUCGUCAGCAGUUU--------GACUGCCCAG-AGCGACGAGUGGCA ...-.((((.(((...............(((------(((.((..(((....))).--.)).))).)))...((((....((((...--------..))))...)-))))))...)))). ( -32.10) >consensus CUUUCGC_____CGAGAAAAAAAUCCAAUACAACACACAUUUGUGUGUACUCGCGUGUGCGUGUGUGUGUGCGCUCGUCAGCAAUUCGGGUUAUCGAUUACCCGCAAGCGACGAGUA___ ...........................((((.((((((....))))))((.((((....)))).))))))..(((((((.((....(((((........)))))...))))))))).... (-26.05 = -27.88 + 1.83)
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