Locus 2203

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	6,075,113 – 6,075,252
Length	139
Max. P	0.728366

overview

Window 9

Location	6,075,113 – 6,075,218
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.16
Mean single sequence MFE	-43.40
Consensus MFE	-30.95
Energy contribution	-30.82
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-1.65
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.651000
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6075113 105 + 23771897
UCUCCAGCCGUCACCCAGCACGGCGUCAUCACGUCCAGCGCCGGACAGGUCACGUCCGGAACUCUGGAUGCGGUGAGUGCGGCUCCAGCACUUCCAUCGCUAACA
......(((((........)))))........((((((..((((((.......))))))....))))))(((((((((((.......)))))..))))))..... ( -41.60)
>DroVir_CAF1 40383 105 + 1
UCGCCCGUCGGCACACAGCACGGCGUCAUCACCUCUAGUGCGGGCCAUGUGCCGGCUGCCUCGUUGGAUGCGGUCAGCUCGCCCUCGGUGCUGCCGUCGCUAUCA
..(((....)))....(((((((((.((((((.....))(.((((...(.((.((((((.((....)).)))))).)).))))).))))).)))))).))).... ( -40.40)
>DroPse_CAF1 27503 105 + 1
UCGCCCGCCGGCACACAGCAUGGCGUCAUCACGUCCAGUGCUGGCCAGGUCACAUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCACCGGCAUUGCCGUCGCUAACG
..(((.((((((((......((((((....))).)))))))))))..)))(.(((((((....))))))).)((((((((((((.......))))).))))))). ( -45.00)
>DroYak_CAF1 25125 105 + 1
UCACCAGCCGUCACCCAGCACGGCGUCAUCACGUCCAGCGCCGGACAGGUGACGUCCGGCACUCUGGAUGCGGUGAGUGCCGCUCCAGCACUUCCAUCGCUAACU
(((((.(((((........))))).......(((((((.(((((((.(....))))))))...))))))).)))))((((.......)))).............. ( -45.90)
>DroAna_CAF1 24949 105 + 1
UCACCCGCCGGCACCCAGCACGGUGUCAUCACGUCCAGUGCCGGACAAGUUUCGUCCGGAACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCUCCAGCUCUGCCAUCGCUAACG
.....(((.((((((......)))))).....((((((..((((((.......))))))....)))))))))(((((((.(((.........)))..))))))). ( -42.50)
>DroPer_CAF1 27566 105 + 1
UCGCCCGCCGGCACACAGCAUGGCGUCAUCACGUCCAGUGCUGGCCAGGUCACAUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCACCGGCAUUGCCGUCGCUAACG
..(((.((((((((......((((((....))).)))))))))))..)))(.(((((((....))))))).)((((((((((((.......))))).))))))). ( -45.00)
>consensus
UCGCCCGCCGGCACACAGCACGGCGUCAUCACGUCCAGUGCCGGACAGGUCACGUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCUCCAGCACUGCCAUCGCUAACG
......((((((.....)).)))).......(((((((.(((((((.......)))))))...))))))).((.((((((.......)))))))).......... (-30.95 = -30.82 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,075,150 – 6,075,252
Length	102
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.90
Mean single sequence MFE	-44.87
Consensus MFE	-27.31
Energy contribution	-27.32
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.42
SVM RNA-class probability	0.728366
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 6075150 102 + 23771897
GCGCCGGACAGGUCACGUCCGGAACUCUGGAUGCGGUGAGUGCGGCUCCAGCACUUCCAUCGCUAACAGCGUCCAGCUCCUCGCAUGUGGAGCACAAAGUCA
...((((((.......)))))).((.(((...(((((((((((.......)))))..))))))...))).))...(((((........)))))......... ( -39.70)
>DroVir_CAF1 40420 102 + 1
GUGCGGGCCAUGUGCCGGCUGCCUCGUUGGAUGCGGUCAGCUCGCCCUCGGUGCUGCCGUCGCUAUCAGCGUCCACCACCUCGCACGUGGAGCACAAAGUUC
((((...((((((((((((.((.(((..((..((.....))...))..))).)).)))).(((.....)))...........)))))))).))))....... ( -42.30)
>DroPse_CAF1 27540 102 + 1
GUGCUGGCCAGGUCACAUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCACCGGCAUUGCCGUCGCUAACGGCGUCCAGCACAUCCCAUGUGGAGCACAAAGUCC
(((((.(((.((......)))))...((((((((.((((((((((((.......))))).))))))).))))))))(((((...))))).)))))....... ( -48.00)
>DroYak_CAF1 25162 102 + 1
GCGCCGGACAGGUGACGUCCGGCACUCUGGAUGCGGUGAGUGCCGCUCCAGCACUUCCAUCGCUAACUGCGUCCAGCUCCUCGCAUGUGGAGCACAAAGUCA
..(((((((.(....))))))))....((((((((((((((((.......)))))).........))))))))))(((((........)))))......... ( -47.40)
>DroAna_CAF1 24986 102 + 1
GUGCCGGACAAGUUUCGUCCGGAACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCUCCAGCUCUGCCAUCGCUAACGGCGUCCAGUUCGUCGCACGUGGAGCACAAAGUCA
(((((((((.......)))))(((((..((((((.(((((((.(((.........)))..))))))).)))))))))))...))))(((...)))....... ( -43.80)
>DroPer_CAF1 27603 102 + 1
GUGCUGGCCAGGUCACAUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCACCGGCAUUGCCGUCGCUAACGGCGUCCAGCACAUCCCAUGUGGAGCACAAAGUCC
(((((.(((.((......)))))...((((((((.((((((((((((.......))))).))))))).))))))))(((((...))))).)))))....... ( -48.00)
>consensus
GUGCCGGACAGGUCACGUCCGGCACUUUGGAUGCGGUUAGUGCGGCUCCAGCACUGCCAUCGCUAACGGCGUCCAGCACCUCGCAUGUGGAGCACAAAGUCA
(((((((((.......)))))))...((((((((((.((((((.......))))))))...(....).))))))))...............))......... (-27.31 = -27.32 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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