Locus 2189

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	5,985,206 – 5,985,317
Length	111
Max. P	0.804652

overview

Window 1

Location	5,985,206 – 5,985,317
Length	111
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.51
Mean single sequence MFE	-34.53
Consensus MFE	-25.78
Energy contribution	-27.12
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.804652
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5985206 111 + 23771897
CCACAGCACGAGCUGGCA-AAGAGCCAGCCAGGAUAAAGGACUAUGCCUUAUCGCAUGCCGUCCGAUCUGCGUUAGGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGUA
.....((..(.((((((.-....))))))).((((...(((((((((......)))))..)))).))))))(((((((((((...)))).)))))))............... ( -31.30)
>DroSec_CAF1 40679 111 + 1
CAAGGGCAUGAGCUGGCA-AAGAGCCAGCCAGGAUAAAGGACUAUGCCUUAUCGCAUGCCGUCCGAUCUGCGUUGAGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGUA
...(((((((.((((((.-....))))))..((((...(((((((((......)))))..)))).)))).((((((....)))))).))))))).................. ( -36.90)
>DroSim_CAF1 42081 111 + 1
CAAGGGCAUGAGCUGGCA-AAGAGCCAGCCGGGAUAAAGGACUAUGCCUUAUCGCAUGCCGUCCGAUCUGCGUUGAGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGUA
...(((((((.((((((.-....))))))..((((...(((((((((......)))))..)))).)))).((((((....)))))).))))))).................. ( -37.00)
>DroEre_CAF1 40708 95 + 1
AGUGGGCAUAAGCUGGCA-CAGAGCCAGCCAGGAUAAAGGAC----------------UCGUCCGAUCUGCGUUGAGCUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGCA
..((((((((.((((((.-....))))))..((((...(((.----------------...))).)))).((((((....)))))).))))))))................. ( -32.10)
>DroYak_CAF1 42690 111 + 1
GGAGGGCAUAAGCUGGCA-AAGAGCCAGCCAGGAUAAAGGACUGCGUCUUAUCGCAUUUCGUCCGAUCUGCGUUGAGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGUA
((.(((((((.((((((.-....))))))..((((...((((((((......))))....)))).)))).((((((....)))))).))))).((((...)))))))).... ( -38.00)
>DroAna_CAF1 40002 112 + 1
UUUGGGAAUAAGCCCAAACAAGAGCCUUUAAGGCCGAACGACUCUGCCUUAUCGGGGCCUGUCCGAUCUGCGUUGAGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCACAGCA
((((((......)))))).....(((((((((((.((.....)).))))))..)))))((((.....(((.(((((((((((...)))).))))))).))).....)))).. ( -31.90)
>consensus
CAAGGGCAUAAGCUGGCA_AAGAGCCAGCCAGGAUAAAGGACUAUGCCUUAUCGCAUGCCGUCCGAUCUGCGUUGAGUUAUCAACGAUAUGCUUAAUUUAGUUACCCCAGUA
...(((((((.((((((......))))))..((((...((((.((((......))))...)))).)))).((((((....)))))).))))))).................. (-25.78 = -27.12 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,985,206 – 5,985,317
Length	111
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.51
Mean single sequence MFE	-33.18
Consensus MFE	-22.75
Energy contribution	-24.62
Covariance contribution	1.86
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.65
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.581515
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5985206 111 - 23771897
UACUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACCUAACGCAGAUCGGACGGCAUGCGAUAAGGCAUAGUCCUUUAUCCUGGCUGGCUCUU-UGCCAGCUCGUGCUGUGG
..(((.((((..........((((..(((((((...(....)...))).))))..))))(((((((.......)))))))..(((((((....-.)))))))..)))).))) ( -33.00)
>DroSec_CAF1 40679 111 - 1
UACUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACUCAACGCAGAUCGGACGGCAUGCGAUAAGGCAUAGUCCUUUAUCCUGGCUGGCUCUU-UGCCAGCUCAUGCCCUUG
....((((((................((((((....))))))......((((...((((......)))).))))........(((((((....-.)))))))..)))))).. ( -35.30)
>DroSim_CAF1 42081 111 - 1
UACUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACUCAACGCAGAUCGGACGGCAUGCGAUAAGGCAUAGUCCUUUAUCCCGGCUGGCUCUU-UGCCAGCUCAUGCCCUUG
....(((((((...............((((((....))))))......((((...((((......)))).)))).)))))))(((((((....-.))))))).......... ( -36.80)
>DroEre_CAF1 40708 95 - 1
UGCUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAGCUCAACGCAGAUCGGACGA----------------GUCCUUUAUCCUGGCUGGCUCUG-UGCCAGCUUAUGCCCACU
.....(((((................((((((....))))))......(((...----------------.)))........(((((((....-.)))))))..)))))... ( -28.30)
>DroYak_CAF1 42690 111 - 1
UACUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACUCAACGCAGAUCGGACGAAAUGCGAUAAGACGCAGUCCUUUAUCCUGGCUGGCUCUU-UGCCAGCUUAUGCCCUCC
....((((((................((((((....))))))......((((....((((......))))))))........(((((((....-.)))))))..)))))).. ( -34.30)
>DroAna_CAF1 40002 112 - 1
UGCUGUGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACUCAACGCAGAUCGGACAGGCCCCGAUAAGGCAGAGUCGUUCGGCCUUAAAGGCUCUUGUUUGGGCUUAUUCCCAAA
...((.((.........(((((....((((((....))))))....(((((((((..((..((((((.(((...))).))))))..))..))))))))))))))..)))).. ( -31.40)
>consensus
UACUGGGGUAACUAAAUUAAGCAUAUCGUUGAUAACUCAACGCAGAUCGGACGGCAUGCGAUAAGGCAUAGUCCUUUAUCCUGGCUGGCUCUU_UGCCAGCUCAUGCCCUCG
....(((((((...............((((((....))))))......((((...((((......)))).)))).)))))))(((((((......))))))).......... (-22.75 = -24.62 +   1.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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