Locus 2169

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,905,336 – 5,905,456
Length 120
Max. P 0.832543
window3366 window3367

overview

Window 6

Location 5,905,336 – 5,905,456
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.07
Mean single sequence MFE -42.93
Consensus MFE -24.94
Energy contribution -24.25
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.553530
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5905336 120 + 23771897
GUCUCGUGGGCCAGCUGCUUGAAGUUGUUAAGCCCUGUGGCCCAGAUGACCUGUGUCUGUGACUCGCGCAUGAAUGUGCAGUAGUUGGUGGCCCAGAUGGCCUCAAAAGGUUUGGCCCGC
.....(((((((((((..((((.((..(......(((.(((((((((.......)))))..(((.(((((....)))))))).......))))))))..)).))))..)).))))))))) ( -44.70)
>DroVir_CAF1 42279 118 + 1
--UGCGUGCGCCAGCUGCUUAUAAUUGUUUAGGCCAACGGCCCAAAUGACCUCAGUCUGCGACUCCCGCAGGAAUGUGCAGUAGUUGGUAGCCCAAAUUGCCUCAAAAGGCUUGGCGCGC
--.((((((((((((((((((((.(..(((.((((...)))).)))..)......((((((.....))))))..)))).))))))))))..........((((....))))...)))))) ( -46.60)
>DroPse_CAF1 32557 119 + 1
G-UUCGUAAGCCAGCUGCUUGAAGUUGUUCAAGCCGACGGCCCAAAUAACUUCUGUUUGGGAUUCCCGAAGGAACGUACAGUAGUUUGUAGCCCAUAUGGCCUCGAAUGGCUUGGUUCGA
.-.(((((((((.((((((((((....)))))))..(((.((((((((.....)))))))).((((....)))))))..))).(((((..(((.....)))..)))))))))))...))) ( -38.20)
>DroGri_CAF1 35087 118 + 1
--GACGUGGGCCAGCUGCUUGUAGUUGUUCAGGCCCACGGCCCAAAUAAUGCCAGUCUGCGAUUCGCGCACAAAAGUGCAAUAGUUUGUGGCCCAAAUCGCUUCAAAUGGCUUGGUGCGC
--..(((((((((((((....))))).....))))))))((((((.....((((....((((((.((.((((((..........))))))))...))))))......)))))))).)).. ( -43.90)
>DroMoj_CAF1 37763 118 + 1
--UGCGUGCGCCAGCUGCUUGUAGUUGUUCAAGCCCACGGCCCAGAUCACCCCCGUUUGGGAUUCACGCAAAAAUGUGCAAUAAUUUGUGGCCCAAAUGGCUUCAAAGGGCUUGGCGCGC
--.((((((..((((((....))))))..(((((((....(((((((.......)))))))......(((......))).....((((.((((.....)))).))))))))))))))))) ( -46.00)
>DroPer_CAF1 30214 119 + 1
G-UUCGUAAGCCAGCUGCUUGAAGUUGUUCAAGCCGACGGCCCAAAUAACUUCUGUUUGGGAUUCCCGAAGGAACGUACAGUAGUUUGUAGCCCAUAUGGCCUCGAAUGGCUUGGUUCGA
.-.(((((((((.((((((((((....)))))))..(((.((((((((.....)))))))).((((....)))))))..))).(((((..(((.....)))..)))))))))))...))) ( -38.20)
>consensus
__UUCGUGAGCCAGCUGCUUGAAGUUGUUCAAGCCCACGGCCCAAAUAACCUCUGUCUGGGAUUCCCGCAGGAAUGUGCAGUAGUUUGUAGCCCAAAUGGCCUCAAAUGGCUUGGCGCGC
.....(((((((((((((.....((((((...(((...)))...)))))).........(((((...(((......)))...)))))))))).......(((......))).)))))))) (-24.94 = -24.25 +  -0.69)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 5,905,336 – 5,905,456
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.07
Mean single sequence MFE -41.84
Consensus MFE -22.96
Energy contribution -22.63
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.832543
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5905336 120 - 23771897
GCGGGCCAAACCUUUUGAGGCCAUCUGGGCCACCAACUACUGCACAUUCAUGCGCGAGUCACAGACACAGGUCAUCUGGGCCACAGGGCUUAACAACUUCAAGCAGCUGGCCCACGAGAC
(.((((((..........((((.....))))........((((........((....))....(((....)))...((((((....))))))..........)))).)))))).)..... ( -36.60)
>DroVir_CAF1 42279 118 - 1
GCGCGCCAAGCCUUUUGAGGCAAUUUGGGCUACCAACUACUGCACAUUCCUGCGGGAGUCGCAGACUGAGGUCAUUUGGGCCGUUGGCCUAAACAAUUAUAAGCAGCUGGCGCACGCA--
((((((((.((((....))))..(((((((((.(.....((((..(((((....))))).)))).....((((.....))))).)))))))))..............))))))..)).-- ( -44.70)
>DroPse_CAF1 32557 119 - 1
UCGAACCAAGCCAUUCGAGGCCAUAUGGGCUACAAACUACUGUACGUUCCUUCGGGAAUCCCAAACAGAAGUUAUUUGGGCCGUCGGCUUGAACAACUUCAAGCAGCUGGCUUACGAA-C
(((....((((((..(((((((...((((.((((......)))).(((((....)))))))))..((((.....)))))))).)))(((((((....)))))))...)))))).))).-. ( -41.80)
>DroGri_CAF1 35087 118 - 1
GCGCACCAAGCCAUUUGAAGCGAUUUGGGCCACAAACUAUUGCACUUUUGUGCGCGAAUCGCAGACUGGCAUUAUUUGGGCCGUGGGCCUGAACAACUACAAGCAGCUGGCCCACGUC--
..((.((((((((.((...((((((((.((.(((((..........))))))).)))))))).)).)))).....))))))((((((((...................))))))))..-- ( -43.71)
>DroMoj_CAF1 37763 118 - 1
GCGCGCCAAGCCCUUUGAAGCCAUUUGGGCCACAAAUUAUUGCACAUUUUUGCGUGAAUCCCAAACGGGGGUGAUCUGGGCCGUGGGCUUGAACAACUACAAGCAGCUGGCGCACGCA--
((((((((.((.........((((...((((.((.(((((((((......)))......(((....))))))))).))))))))))(((((........))))).))))))))..)).-- ( -42.40)
>DroPer_CAF1 30214 119 - 1
UCGAACCAAGCCAUUCGAGGCCAUAUGGGCUACAAACUACUGUACGUUCCUUCGGGAAUCCCAAACAGAAGUUAUUUGGGCCGUCGGCUUGAACAACUUCAAGCAGCUGGCUUACGAA-C
(((....((((((..(((((((...((((.((((......)))).(((((....)))))))))..((((.....)))))))).)))(((((((....)))))))...)))))).))).-. ( -41.80)
>consensus
GCGCACCAAGCCAUUUGAGGCCAUUUGGGCCACAAACUACUGCACAUUCCUGCGGGAAUCCCAAACAGAGGUUAUUUGGGCCGUCGGCCUGAACAACUACAAGCAGCUGGCCCACGAA__
(((......(((......)))....(((((((.......((((..(((((....)))))..........(((..((((((((...))))))))..)))....)))).))))))))))... (-22.96 = -22.63 +  -0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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