Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,903,372 – 5,903,476 |
Length | 104 |
Max. P | 0.955753 |
Location | 5,903,372 – 5,903,476 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.05 |
Mean single sequence MFE | -39.33 |
Consensus MFE | -23.07 |
Energy contribution | -24.05 |
Covariance contribution | 0.98 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.61 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 1.46 |
SVM RNA-class probability | 0.955753 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 5903372 104 - 23771897 CCAAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCCUGUAUCAGUGCCUCGAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUCGUAUCGGCACAGUCCA ..........(---((((.((.((((((.....))))))))((((((..((.((((((((...(((((....))).)))))))))).)).)))))))))))...... ( -38.70) >DroPse_CAF1 30942 89 - 1 AUGUCCUCCAU---UG------CAGCUGCGCUUCAAUUGCAGCUGUGCGUGGAUAAGGGCCUCUAAACAGUCGACGUA--AUCG-------GCUUCGCUGUAGUCCA ......(((((---((------((((((((.......)))))))))).)))))...((((..(.....((((((....--.)))-------))).....)..)))). ( -31.50) >DroSec_CAF1 29547 104 - 1 CCCAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUUCA ..........(---((((.((.((((((.....))))))))(((((.(.(((((((((((.....(((....)))...))))))))))).)))))))))))...... ( -43.70) >DroSim_CAF1 29541 104 - 1 CCGAUCACCAG---UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUUCA (((((.(((((---(((.(((.((((((.....)))))))))..)))).(((((((((((.....(((....)))...))))))))))))))))))))......... ( -46.20) >DroEre_CAF1 31528 104 - 1 UCGAUCACCAG---UGCCCUGACAGUUGAGACACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGGGCCUCCAGGCACUCGCCAUCGAAUUGGUCCAUGUCAUCGGCACAGUCCA ..........(---((((.((.((((((.....))))))))((((.((.((((((((.(((....)))..(((....))).)))))))).)))))))))))...... ( -37.00) >DroYak_CAF1 31116 107 - 1 UCGAUCACCAGUAGUGCGCUGACAGCUAAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGAAUUGGUCCAACGUAUCGGCACAGUCCA .............((((..((.(((((.......)))))))((((((.(((((((((((((....)))..(((....))))))))))))))))))).))))...... ( -38.90) >consensus CCGAUCACCAG___UGCCCUGACAGCUGAGGCACAGCUGCAGAUGCGCUUGGAUCAGUGCCUCCAGGCAUUCGCCAUCGUAUUGGUCCAUGGUAUCGGCACAGUCCA ..............((((....((((((.....))))))..((((((((((((........)))))))....((((......)))).....)))))))))....... (-23.07 = -24.05 + 0.98)
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