Locus 2129

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,818,669 – 5,818,765
Length 96
Max. P 0.819266
window3316

overview

Window 6

Location 5,818,669 – 5,818,765
Length 96
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.10
Mean single sequence MFE -22.78
Consensus MFE -20.64
Energy contribution -20.62
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.819266
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5818669 96 + 23771897
-AAACAGAGCAGAGUGCGC------CGCGUUCAGCUUAUACGCAUA--U------AUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGCUAGAUAUAUGUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
-.....((((.((((((..------.)))))).))))....(((((--(------((((((........(((....))))))))))))))).................... ( -23.30)
>DroSec_CAF1 26448 96 + 1
-AAACAGAGCAGAGUGCGC------CGCGUUCAGCUUAUACGCAUA--U------AUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGCUAGAUAUAUGUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
-.....((((.((((((..------.)))))).))))....(((((--(------((((((........(((....))))))))))))))).................... ( -23.30)
>DroSim_CAF1 8823 96 + 1
-AAACAGAGCAGAGUGCGC------CGCGUUCAGCUUAUACGCAUA--U------AUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGCUAGAUAUAUGUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
-.....((((.((((((..------.)))))).))))....(((((--(------((((((........(((....))))))))))))))).................... ( -23.30)
>DroEre_CAF1 26829 96 + 1
-AAACAGAGCAGAGUGCGC------CGCGUUCAGCUUAUACGCAUG--U------AUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGCUAGAUAUAUAUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
-.....((((.((((((..------.)))))).))))....(((((--(------((((((........(((....))))))))))))))).................... ( -23.30)
>DroYak_CAF1 28918 102 + 1
-AAACAGAGCAGAGUGCGC------CGCGUUCAGCUUAUACGCAUA--UAUAUAUAUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGUUAGAUAUAUGUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
-...((((((((((((...------.((((.........))))(((--((....)))))....)))))).))))))((...(((((((((...)))))))))....))... ( -22.30)
>DroAna_CAF1 27671 98 + 1
AAAACAGAGCAGAGUGCGCCGCUGCCGCGUUCAGCUUAUACGCAUAGAU------AUAUCUUCUACUUUG------GCUAGAUAUAUGCAU-ACACGUAUAUACCCGCAUC
....(((((.((((((((..((((.......)))).....)))))(((.------...)))))).)))))------((..(.(((((((..-....))))))))..))... ( -21.20)
>consensus
_AAACAGAGCAGAGUGCGC______CGCGUUCAGCUUAUACGCAUA__U______AUAUCUUCUACUUUGGCUUUGGCUAGAUAUAUGUGCAAUACAUAUAUACCCGCAUC
......((((.(((((((.......))))))).))))....((.......................((((((....))))))((((((((.....))))))))...))... (-20.64 = -20.62 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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