Locus 2111

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,787,081 – 5,787,194
Length 113
Max. P 0.743025
window3287

overview

Window 7

Location 5,787,081 – 5,787,194
Length 113
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.77
Mean single sequence MFE -34.32
Consensus MFE -10.94
Energy contribution -9.97
Covariance contribution -0.97
Combinations/Pair 1.54
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.32
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.743025
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5787081 113 + 23771897
GCAAUAUAUCGAUAAAUAUCG---GUGAAUGUACUCGCUAAAUUCAGUAUAUUUCUAUAUUUGGUGUGUGUAUUGGCUAUGCGACCAGGGAUGGUGGAACCAGGGAUGGCUAACUC
......(((((((....))))---)))(((((((.((((((((..((.......))..)))))))).)))))))((((((.(.((((....))))(....)..).))))))..... ( -27.70)
>DroSec_CAF1 421 113 + 1
GUCAUCCAUCGAUAAGUAUCG---GUGGGUGUGUUAGCUAAAUUCAGUAUAUAUUUAUAUUUGGUGUGUGUGCUGGCUAUGCGACCAUUGAUGAUGGAAACAGGGAUGGCUAACCC
(((((((.........(((((---((((.(((((.(((......((((((((((...........)))))))))))))))))).))))))))).((....)).)))))))...... ( -38.00)
>DroSim_CAF1 446 113 + 1
GUCAUCCAUCGAUAAGUAUCG---GUGGGUGUGUUAGCUAAAUUCAGUAUAUAUUUAUAUUUGGUGUGUGUGCUGGCUAUGCGACCAGGGAUGUUGGAACCAGGGAUGGCUAACUC
..(((((((((((....))))---))))))).((((((((...(((((((((((...........)))))))))))........((..((.........))..)).)))))))).. ( -38.40)
>DroEre_CAF1 446 95 + 1
GU-AUCUAUCGAUUGAUAGCG---GUGUGAGUCGUUGCUAAAUGCAGUGUAUUUCGAUGUUCG-------------C---ACGACCAGGGAUGGUGGAACCAGGGCAGGCUA-UUC
..-...........((((((.---(((((((.(((((..((((((...)))))))))))))))-------------)---))(.((.....(((.....))).)))..))))-)). ( -24.70)
>DroYak_CAF1 493 113 + 1
GU-AGCUAUCGAUGGAUAUCGAUGGUGUGUGCACUAGCUAAACGCAGUGUACUUCCAUGUAUGGUGUGUGUAUUUGCUAUACG-CCAGGGACGGUGGUGCCAGGGCUGGCUA-UUC
((-(((((.(..(((.(((((((((...(((((((.((.....)))))))))..))))...((((((((((....)).)))))-)))....)))))...)))..).))))))-).. ( -42.80)
>consensus
GU_AUCUAUCGAUAAAUAUCG___GUGGGUGUACUAGCUAAAUUCAGUAUAUUUCUAUAUUUGGUGUGUGUACUGGCUAUGCGACCAGGGAUGGUGGAACCAGGGAUGGCUAACUC
....((((((((((((.........(((((...........))))).......)))))....(((.((((((.....))))))))).....))))))).................. (-10.94 =  -9.97 +  -0.97)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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