Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,715,943 – 5,716,049 |
Length | 106 |
Max. P | 0.720892 |
Location | 5,715,943 – 5,716,049 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.68 |
Mean single sequence MFE | -47.25 |
Consensus MFE | -33.89 |
Energy contribution | -34.62 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.40 |
SVM RNA-class probability | 0.720892 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 5715943 106 - 23771897 --------------CAUUCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUCUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCUCUUCUGGUACAGACAGUCGAUGCAUGUAGUGUACUCCGGU --------------((((..(((((.((((.....(((((((((.......)))))))))((((..(((((((((.....))))))))).....)))))))))))))))))......... ( -40.80) >DroVir_CAF1 104250 113 - 1 -------UCCCGCUUAGGCCGCGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGGCUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUAUUCGGGC -------.((((..((.(((((((((((((((((((((((((((.......)))))))))(((....)))))))))).)))..(((.......)))......)))))))).))..)))). ( -54.60) >DroGri_CAF1 95530 106 - 1 -----CAU---------GCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGUUUCUGAUACAGACAAUCAAUGCAUGUGGUAUAUUCUGGU -----.((---------((((((((((((....(((((((((((.......)))))))))))...))))...((..(((((.......)).)))..))....))))))))))........ ( -42.40) >DroWil_CAF1 113533 115 - 1 --GGUCAUGCC---CAUGUUUCUUGGUGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCUCUUCUGAUAGAGACAAUCAAUGCAUGUGGUAUACUCGGGA --(((.(((((---(((((((((((((((....(((((((((((.......)))))))))))...)))))))))).((((((......)))))).......))))).))))))))..... ( -48.90) >DroMoj_CAF1 107612 120 - 1 CCGGGCAUGCCGCUCAGUCCGCGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUCUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC (((((.(((((((.......(((((((((((..(((((((((((.......)))))))))))....(((((((((.....))))))))).)))).))).))))..))))))).))))).. ( -55.00) >DroPer_CAF1 96384 106 - 1 --------------CAUGCCUCGGGGCGUUUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC --------------....((((..(((((....(((((((((((.......)))))))))))...)))))..))))......(((((((((.(((((....)).)))..))))).)))). ( -41.80) >consensus _______U______CAUGCCACGUGGCGUCUUCUUCCGCGUGCGACUUUGCCGCACGCGGGACUUAUGCUAGGAGGGUCGCUUCUGGUACAGACAGUCAAUGCAUGUGGUGUACUCGGGC .................((((((((.(((....(((((((((((.......)))))))))))....(((((((((.....)))))))))..........))))))))))).......... (-33.89 = -34.62 + 0.73)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:23:57 2006