Locus 2075

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,698,242 – 5,698,384
Length 142
Max. P 0.981778
window3236 window3237

overview

Window 6

Location 5,698,242 – 5,698,354
Length 112
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.70
Mean single sequence MFE -34.30
Consensus MFE -27.18
Energy contribution -27.34
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.90
SVM RNA-class probability 0.981778
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5698242 112 + 23771897
CAAUAUCAAUA--CCGUAUAUAGCA--AUCUAUGCUGAUUGCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
.....((((((--(.((((((.(((--((....((..(.(((.((((...))))))).)..)).......)))))))))))...)))))))((.......))(((.....)))... ( -33.40)
>DroSec_CAF1 70857 114 + 1
CAGUAUCAAUAUAGCGUAUAUGGCA--AUCUAUGCUGAUUGCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
.....((((((((..((((((((((--(((......)))))))(((((.((....))...)))))..........))))))..))))))))((.......))(((.....)))... ( -36.40)
>DroSim_CAF1 71513 114 + 1
CAGUAUCAAUAUAGCGUAUAUGGCA--AUCUAUGCUGAUUGCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
.....((((((((..((((((((((--(((......)))))))(((((.((....))...)))))..........))))))..))))))))((.......))(((.....)))... ( -36.40)
>DroEre_CAF1 74249 112 + 1
AAGGAUCAAUA--CCAUAUAUACCA--AUCUAUGCUGAUUGCGGGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
..((.......--))........((--(((......))))).(((((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))))). ( -33.80)
>DroYak_CAF1 73216 114 + 1
CAGUAUCAAUA--GCAUAUAGACCAGUAUCUAUGCUGAUUGCCUGGCUUUGCCGGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
......(((((--(((..((((......)))))))).))))...(((((.((((.((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...)))))... ( -31.50)
>consensus
CAGUAUCAAUA__GCGUAUAUAGCA__AUCUAUGCUGAUUGCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUC
......((((...(((((............)))))..))))...(((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...)))))... (-27.18 = -27.34 +   0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 5,698,278 – 5,698,384
Length 106
Sequences 5
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.74
Mean single sequence MFE -34.10
Consensus MFE -31.78
Energy contribution -32.18
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.64
SVM RNA-class probability 0.969260
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5698278 106 + 23771897
GCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCGGCUCUCUG
(((.(((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))).......(((((......))))).)))...... ( -34.30)
>DroSec_CAF1 70895 106 + 1
GCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCGGCUCUCUG
(((.(((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))).......(((((......))))).)))...... ( -34.30)
>DroSim_CAF1 71551 106 + 1
GCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCGGCUCUCUG
(((.(((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))).......(((((......))))).)))...... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 74285 106 + 1
GCGGGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCAGCUUUCUG
(((((((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))))).....(((((......)))))..))...... ( -35.90)
>DroYak_CAF1 73254 106 + 1
GCCUGGCUUUGCCGGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCAGCUUUCUG
(((.(((...))))))..(((((((...((((((......))))))(((((((.......))(((.....)))........)))))......)))))))....... ( -31.70)
>consensus
GCCUGGCUUUGCCAGCAUUUGGCCACAAAUAUUGCGUAUACAAUGUGUUGAGCUUUAAGUGCGGCUUUAAGCCCUCUACCGUCAGCGUUAUCUGGCCGGCUCUCUG
(((.(((((.(((.(((((((((((...((((((......))))))..)).)))..)))))))))...))))).......(((((......))))).)))...... (-31.78 = -32.18 +   0.40)

alignment

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secondary structure

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