Locus 2061

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,670,094 – 5,670,203
Length 109
Max. P 0.664350
window3213

overview

Window 3

Location 5,670,094 – 5,670,203
Length 109
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.05
Mean single sequence MFE -54.25
Consensus MFE -47.91
Energy contribution -47.92
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.41
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.664350
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5670094 109 + 23771897
GCGGGUGGAGCCGCCGCUGGCGGAGGUGGUGGUUCCGGUGGUGGCGGU------GGCUUGGGCCUCGGCCUCGGCGAGAAUGUCUCCCAGUUGGCCAGCCAACUCUUUCGCUUUG
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>DroSec_CAF1 42731 109 + 1
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>DroSim_CAF1 43800 109 + 1
GCGGGUGGAGCCGCCGCUGGCGGAGGUGGUGGUUCCGGUGGUGGCGGU------GGCUUGGGCCUCGGCCUCGGCGAAAAUGUCUCCCAGUUGGCCAGCCAACUCUUUCGCUUUG
((((((((((((((((((......)))))))))))))(.((.((((.(------.(((.((((....)))).))).)...)))).)))((((((....))))))..))))).... ( -53.40)
>DroEre_CAF1 46058 115 + 1
GCGGGUGGAGCCGCCGCUGGCGGAGGUGGUGGUUCCGGUGGUGGCGGUGGCAGUGGCUUGGGCCUCGGCCUCGGCGAGAAUGUCUCCCAGUUGGCCAGCCAACUCUUUCGCUUUG
(((((.(((((((((((((.(((((.......))))).)))))))))((((.(.(((....))).)((((..((.(((.....)))))....)))).)))).))))))))).... ( -56.80)
>DroYak_CAF1 43660 109 + 1
GCGGGUGGAGCCGCCGCUGGCGGAGGUGGUGGUUCCAGUGGUGGCGGU------GGCUUGGGCCUUGGCCUUGGCGAGAAUGUCUCACAGUUGGCCAGCCAACUCUUUCGCUUUG
((((((((((((((((((......)))))))))))))((((.((((.(------.(((.((((....)))).))).)...))))))))((((((....))))))..))))).... ( -54.20)
>DroAna_CAF1 44073 106 + 1
GCGGGCGGAGCCGCCGCUUC---AGGUGGCAGUGGCGGUGGUGGUGGC------GGCCUGGGCCUCGGCCUCGGGGAGAAUGUCUCCCAGCUGGCCAGCCAACUGUUUCGCUUCG
((((((((.(((((((((((---....)).))))))))).....((((------(((....)))..((((...(((((.....)))))....)))).)))).))).))))).... ( -55.60)
>consensus
GCGGGUGGAGCCGCCGCUGGCGGAGGUGGUGGUUCCGGUGGUGGCGGU______GGCUUGGGCCUCGGCCUCGGCGAGAAUGUCUCCCAGUUGGCCAGCCAACUCUUUCGCUUUG
((((((((((((((((((......))))))))))))).(((((((..........(((.((((....)))).)))(((.....))).......)))).))).....))))).... (-47.91 = -47.92 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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