Locus 2042

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,620,989 – 5,621,142
Length 153
Max. P 0.819298
window3188 window3189

overview

Window 8

Location 5,620,989 – 5,621,102
Length 113
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.97
Mean single sequence MFE -56.38
Consensus MFE -40.44
Energy contribution -40.30
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.819298
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5620989 113 - 23771897
AUCUCCGUGGGCGAUGUGGGCGGUGGUGUGGCGGCAUUGGCCUGUCGGCAGGCAUUUGCCGCAGCAGCUGCCGCCUCCAAGCGAUGUUGGCU------GGUGAGGAUAGUCUCCAGGAU
...(((.(((((..((..(((((..((((.((((((...(((((....)))))...)))))).))).)..)))))..)).))......((((------(.......))))).)))))). ( -56.60)
>DroVir_CAF1 8287 113 - 1
AUCUCCGUGGGCGAGGUGGGCGGCGGCGUUGCGGCGUUCGCCUGCCUGCAAGCAUUAGCUGCGGCUGCAGCGGCCUCCAGGCGAUGCUGGCU------GGUCAGUAUGGUCUCCAGUAU
......(..(((.(((((((((.((......)).))))))))))))..).((((((.(((((....))))).(((....))))))))).(((------((..((......))))))).. ( -52.90)
>DroGri_CAF1 2438 119 - 1
AUCUCUGUGGGCGAUGUGGGUGGUGGUGUUGCAGCAUUUGCCUGCCUACAGGCAUUUGCUGCAGCGGCAGCUGCCUCCAAACGAUGCUGGCUGUGAGUGGUGAGUAUCGUCUCCAAGAU
((((.((..(((..((..((..(((.((((((((((..((((((....))))))..)))))))))).)).)..))..))...((((((.(((......))).)))))))))..)))))) ( -59.80)
>DroMoj_CAF1 2351 113 - 1
AUCUCCGUGGGCGAUGUGGGCGGCGGCGUGGCUGCAUUCGCCUGCCGGCAGGCGUUCGCUGCCGCGGCAGCCGCCUCCAGGCGAUGCUGGCU------GGUCAGAAUGGUCUCCAGUAU
..........((..((..(((((((.((((((.((...((((((....))))))...)).)))))).).))))))..)).)).(((((((..------(..(.....)..).))))))) ( -59.30)
>DroAna_CAF1 2841 113 - 1
AUUUCCGUGGGCGAGGUGGGCGGGGGCGUGGCAGCGUUGGCCUGACGGCAAGCAUUGGCUGCUGCCGCAGCUGCCUCCAGACGGUGCUGGCU------GGUGAGGAUGGUCUCCAGGAU
...(((((.((((..((.((.((.(((((((((((....(((....))).(((....))))))))))).))).)).))..))..)))).))(------((.((......)).)))))). ( -51.00)
>DroPer_CAF1 2597 113 - 1
AUCUCAGUGGGCGACGUGGGGGGCGGUGUGGCAGCGUUCGCCUGGCGGCAGGCAUUGGCCGCUGCGGCAGCCGCCUCCAGGCGGUGCUGGCU------CGUCAAGAUCGUCUCGAGGAU
.(((((((.((((.(((.(((((((((((.((((((..((((((....)))))...)..)))))).))).))))))))..))).)))).)))------......((.....)))))).. ( -58.70)
>consensus
AUCUCCGUGGGCGAUGUGGGCGGCGGCGUGGCAGCAUUCGCCUGCCGGCAGGCAUUGGCUGCAGCGGCAGCCGCCUCCAGGCGAUGCUGGCU______GGUCAGGAUGGUCUCCAGGAU
......((.((((.(((.((.((((((((((((((....(((((....)))))....))))))))....)))))).))..))).)))).))............................ (-40.44 = -40.30 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 5,621,023 – 5,621,142
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.13
Mean single sequence MFE -57.35
Consensus MFE -39.72
Energy contribution -39.45
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.560649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5621023 119 - 23771897
GGCAUUACCGUACCGCUGGGAUUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUCUCCGUGGGCGAUGUGGGCGGUGGUGUGGCGGCAUUGGCCUGUCGGCAGGCAUUUGCCG-CAGCAGCUGCCGCCUCCA
........(((.((((.(((((..((((......))))..))))).))))))).((..(((((..((((.((((((...(((((....)))))...)))))-).))).)..)))))..)) ( -58.10)
>DroVir_CAF1 8321 119 - 1
GGCAUUGCCAUAGCGCUGCGACUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUCUCCGUGGGCGAGGUGGGCGGCGGCGUUGCGGCGUUCGCCUGCCUGCAAGCAUUAGCUG-CGGCUGCAGCGGCCUCCA
(((...))).....(((((((....))))))).(.(((((......(..(((.(((((((((.((......)).))))))))))))..)........((((-(....)))))))))).). ( -57.10)
>DroGri_CAF1 2478 119 - 1
UGCAUUGCCAUAGCGCUGUGAUUUCUUAUAGCUGUAGGCCAUCUCUGUGGGCGAUGUGGGUGGUGGUGUUGCAGCAUUUGCCUGCCUACAGGCAUUUGCUG-CAGCGGCAGCUGCCUCCA
.((((((((...(((((((((....)))))))...(((.....))))).))))))))(((..(((.((((((((((..((((((....))))))..)))))-))))).)).)..)))... ( -57.60)
>DroSec_CAF1 4950 120 - 1
GGCAUGGCGAUAUCGAUGGGACUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUCUCCGUGGGCGAGGUAGGCGGUGGUGUGGCGGCAUUGGCCUGUCGGCAGGCAUUUGCCUUUUGCAGCUGCCGCCUCCA
((...((((........(((....)))(((((((((((((((((((((..((...))..)))).)).)))))((((...(((((....)))))...))))..)))))))))))))).)). ( -52.60)
>DroMoj_CAF1 2385 119 - 1
CGCGUUGCCGUAGCGCUGUGACUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUCUCCGUGGGCGAUGUGGGCGGCGGCGUGGCUGCAUUCGCCUGCCGGCAGGCGUUCGCUG-CCGCGGCAGCCGCCUCCA
(((((((((...((((((..(....)..))))....((......)))).)))))))))(((((((.((((((.((...((((((....))))))...)).)-))))).).)))))).... ( -62.90)
>DroAna_CAF1 2875 119 - 1
GGCAUUGCCGUAACGCUGCGACUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUUUCCGUGGGCGAGGUGGGCGGGGGCGUGGCAGCGUUGGCCUGACGGCAAGCAUUGGCUG-CUGCCGCAGCUGCCUCCA
((((..((((..(((((((.(((((((((.(((...(.((((....)))).)..)))..))))))).)).)))))))))))(((.(((((.(((.....))-))))))))).)))).... ( -55.80)
>consensus
GGCAUUGCCAUAGCGCUGCGACUUCUUGUAGCUGUAGGCCAUCUCCGUGGGCGAGGUGGGCGGUGGCGUGGCGGCAUUGGCCUGCCGGCAGGCAUUUGCUG_CAGCAGCAGCCGCCUCCA
..............(((((((....)))))))....(.((((....)))).)...(.(((((((.((((((((((....(((((....)))))....)))).)))).)).))))))).). (-39.72 = -39.45 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

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