Locus 2036

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,605,962 – 5,606,061
Length 99
Max. P 0.531798
window3181

overview

Window 1

Location 5,605,962 – 5,606,061
Length 99
Sequences 5
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.15
Mean single sequence MFE -24.46
Consensus MFE -16.12
Energy contribution -16.88
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.00
SVM RNA-class probability 0.531798
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5605962 99 - 23771897
AAAGU-------CUUCGUC-GUGGUGUUAAGAAU--AAUAAGAUGUUGCUGGCU-GCUGCU-GUGUAACAUCAUGGUUAAUUUUAAACGCUAGUCAUAAAUUAUGAUGGCU
.....-------....(((-.(((((((((((.(--(((..((((((((((((.-...)))-).))))))))...)))).)))).)))))))((((((...))))))))). ( -28.20)
>DroSec_CAF1 25203 96 - 1
AAAGU-------CUUCUUC-GUGGUGUUAAGAAU--AAUAAGAUGUUGCGGGCU----GCU-GUGUAACAUCAUGGUUAAUUUUAAACGCUAGUCAUAAAUUAUGGUGGCU
.....-------.......-.(((((((((((.(--(((..(((((((((.(..----..)-.)))))))))...)))).)))).)))))))(((((........))))). ( -23.40)
>DroSim_CAF1 24424 96 - 1
AAAGU-------CUUCUUC-GUGGUGUUAAGAAU--AAUAAGAUGUUGCUGGCU----GCU-GUGUAACAUCAUGGUUAAUUUUAAACGCUAGUCAUAAAUUAUGGUGGCU
.....-------.......-.(((((((((((.(--(((..((((((((..((.----...-))))))))))...)))).)))).)))))))(((((........))))). ( -22.60)
>DroYak_CAF1 24674 104 - 1
AAAGUCAGAAGACUUCUUC-GUGGUAGUCAGAAU--AAUAAGAUGUUGCUAGCU----GAUGGUGUAACAUCAUGGUUAAUUUUAAACUGUAGUCAUAAAUUAUGAUGGCU
....(((((((....))))-.))).(((((..((--(((..((((((((.(.(.----...).)))))))))((((((.......))))))........)))))..))))) ( -23.00)
>DroAna_CAF1 30468 103 - 1
AAAGU-------CUUCAUCCGAGACCUUCAGUUCUGGCCAUGUUGGUUCUGGCCAAAUGCU-GUGUAACAUCAUGGUUAAAAUUAAACGCUGGUCAUAAAUUAUGGUGUUU
...((-------(((.....)))))...((((..((((((.(......)))))))...)))-)...((((((((((((...((((.....))))....)))))))))))). ( -25.10)
>consensus
AAAGU_______CUUCUUC_GUGGUGUUAAGAAU__AAUAAGAUGUUGCUGGCU____GCU_GUGUAACAUCAUGGUUAAUUUUAAACGCUAGUCAUAAAUUAUGGUGGCU
......................((((((.(((((....((.((((((((.(((.....)))...)))))))).))....))))).))))))((((((........)))))) (-16.12 = -16.88 +   0.76)

alignment

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secondary structure

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