Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,602,195 – 5,602,289 |
Length | 94 |
Max. P | 0.921003 |
Location | 5,602,195 – 5,602,289 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.31 |
Mean single sequence MFE | -26.29 |
Consensus MFE | -19.11 |
Energy contribution | -20.62 |
Covariance contribution | 1.50 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.71 |
SVM RNA-class probability | 0.830224 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 5602195 94 + 23771897 CAACAAGCCAGCUGU---AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUA--------UACCCGUAUGUCUCUCACAUUAACUUUGUGAGGGUAAACC--C-CGUACGUAUU (((.(((((.((...---....)).))))).))).((.((((((((--------(....))))))((((((((.......))))))))......--.-.))).))... ( -27.70) >DroSec_CAF1 21421 95 + 1 CAACAAGCCAGCUGU---AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUA--------UACCCGUAUGUCUCUCACAUUAACUAUGUGAGGGUAAACC--CUCGUACGUAUU (((.(((((.((...---....)).))))).))).((.((((((((--------(....))))))(((((((((.....)))))))))......--...))).))... ( -28.80) >DroSim_CAF1 20653 95 + 1 CAACAAGCCAGCUGU---AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUA--------UACCCGUAUGUCUCUCACAUUAACUAUGUGAGGGUAAACC--CUCGUACGUAUU (((.(((((.((...---....)).))))).))).((.((((((((--------(....))))))(((((((((.....)))))))))......--...))).))... ( -28.80) >DroEre_CAF1 22628 97 + 1 CAACAAGCCAGCUGU---AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUA--------UACCCGUAUAUCUCUCACAUUAACUAUGUGAGGGUAAUCCCCCCUGUACGUAUU (((.(((((.((...---....)).))))).))).((....))...--------....((((((.(((((((((.....)))))))))..........)))))).... ( -26.20) >DroYak_CAF1 21001 102 + 1 CAACAAGCCAGCUGU---AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUAUACGUUUAUACCCGUAUAUUUCUCACAUUAACUAUGUGAGGGUAGC---CCCCGUACGUCUU ..(((((((.((...---....)).)))))...((((.(((..(((((((........))))))).((((((((.....)))))))))))))---))..))....... ( -32.40) >DroAna_CAF1 26677 90 + 1 ------GCCAGCUGUAGUAGAUGCCGGCUU-UUGGGCCUACGCAUA--------CGCCCGUAUAUCUUUCGCUCUCUCUCCCAAAAAAAAAACC--A-UCUAUAUGUU ------(((.((..........)).)))((-(((((.....(((((--------(....)))).......)).......)))))))........--.-.......... ( -13.81) >consensus CAACAAGCCAGCUGU___AGAUGCCGGCUUUUUGGGCCUACGCAUA________UACCCGUAUAUCUCUCACAUUAACUAUGUGAGGGUAAACC__C_CGUACGUAUU (((.(((((.((..........)).))))).))).((....))...............((((((.(((((((((.....)))))))))..........)))))).... (-19.11 = -20.62 + 1.50)
Location | 5,602,195 – 5,602,289 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.31 |
Mean single sequence MFE | -32.62 |
Consensus MFE | -21.87 |
Energy contribution | -22.49 |
Covariance contribution | 0.61 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.82 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 1.14 |
SVM RNA-class probability | 0.921003 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 5602195 94 - 23771897 AAUACGUACG-G--GGUUUACCCUCACAAAGUUAAUGUGAGAGACAUACGGGUA--------UAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU---ACAGCUGGCUUGUUG ..........-(--(((((((.((((((.......)))))).(.((((......--------)))))))))))))...((((((((....---...)))))))).... ( -32.00) >DroSec_CAF1 21421 95 - 1 AAUACGUACGAG--GGUUUACCCUCACAUAGUUAAUGUGAGAGACAUACGGGUA--------UAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU---ACAGCUGGCUUGUUG ...........(--(((((((.(((((((.....))))))).(.((((......--------)))))))))))))...((((((((....---...)))))))).... ( -33.80) >DroSim_CAF1 20653 95 - 1 AAUACGUACGAG--GGUUUACCCUCACAUAGUUAAUGUGAGAGACAUACGGGUA--------UAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU---ACAGCUGGCUUGUUG ...........(--(((((((.(((((((.....))))))).(.((((......--------)))))))))))))...((((((((....---...)))))))).... ( -33.80) >DroEre_CAF1 22628 97 - 1 AAUACGUACAGGGGGGAUUACCCUCACAUAGUUAAUGUGAGAGAUAUACGGGUA--------UAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU---ACAGCUGGCUUGUUG .....(((..(((((.....))))).((((.....)))).......)))((((.--------((....)).))))...((((((((....---...)))))))).... ( -30.10) >DroYak_CAF1 21001 102 - 1 AAGACGUACGGGG---GCUACCCUCACAUAGUUAAUGUGAGAAAUAUACGGGUAUAAACGUAUAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU---ACAGCUGGCUUGUUG ..(((.....(((---.((((.(((((((.....)))))))..(((((((........)))))))..)))).)))...((((((((....---...))))))))))). ( -41.30) >DroAna_CAF1 26677 90 - 1 AACAUAUAGA-U--GGUUUUUUUUUUGGGAGAGAGAGCGAAAGAUAUACGGGCG--------UAUGCGUAGGCCCAA-AAGCCGGCAUCUACUACAGCUGGC------ ...((((...-(--.((((((((((...)))))))))).)...))))..((((.--------((....)).))))..-..((((((..........))))))------ ( -24.70) >consensus AAUACGUACG_G__GGUUUACCCUCACAUAGUUAAUGUGAGAGACAUACGGGUA________UAUGCGUAGGCCCAAAAAGCCGGCAUCU___ACAGCUGGCUUGUUG ......................(((((((.....)))))))........((((..................))))...((((((((..........)))))))).... (-21.87 = -22.49 + 0.61)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:22:56 2006