Locus 1787

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,068,595 – 5,068,714
Length 119
Max. P 0.741266
window2766

overview

Window 6

Location 5,068,595 – 5,068,714
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.46
Mean single sequence MFE -39.16
Consensus MFE -33.58
Energy contribution -33.86
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.741266
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5068595 119 - 23771897
GUAUCUGUGUGUUUGUGCGCCAGUUUGUGGUAGCUAAAUUAGCUGCGAUUAGGCCUAAUAGAGCCUGCAGUGCAUGGCUUGCGGGAAUGGAUUUUCCACAGCUGCAUUGGUC-UGGUAUC
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>DroSec_CAF1 275148 119 - 1
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>DroSim_CAF1 296425 119 - 1
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>DroEre_CAF1 282027 117 - 1
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>DroYak_CAF1 285889 118 - 1
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>consensus
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(((.((((..((((.(((...(((((((.(((((((...))))))).).)))))).....((((((((...))).)))))))).))))((.....)))))).)))............... (-33.58 = -33.86 +   0.28)

alignment

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