Locus 1775

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	5,063,586 – 5,063,771
Length	185
Max. P	0.993682

overview

Window 9

Location	5,063,586 – 5,063,691
Length	105
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.64
Mean single sequence MFE	-27.40
Consensus MFE	-14.50
Energy contribution	-14.70
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.764944
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5063586 105 - 23771897
AGGUCCACCUCCGCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACCAUCUUAUACCAAGUUAUUUGUUAGCUU---------------GGAGAAGAAAUCAAU
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>DroSec_CAF1 270108 104 - 1
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(((((((((.((.....)).)))).)))))....(((((((((((.((((......)))))))........((((((((.....))))))---------------))-..)))))))).. ( -32.70)
>DroSim_CAF1 291411 104 - 1
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(((((((((.((.....)).)))).)))))....(((((((((((.((((......)))))))........((((((((.....))))))---------------))-..)))))))).. ( -32.70)
>DroEre_CAF1 276973 93 - 1
AGCUCCACCCC-CCAACUGAGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACC---UUAUACUUGGUUAUUUGUCAA-UUGUU----------------------UCACU
(((((((((.(-......).)))).))))).(((((((((......))))).))))....(((---........)))..........-.....----------------------..... ( -17.60)
>DroYak_CAF1 280745 118 - 1
AGCUCCACCCC-CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUACUCACCUUCUUAUACCUGGUUAC-CGUCAACUUGUUUACGAUAUUCGUGGAGAUGAAGUCACU
..((((((...-......(((((.((((((..((((.....))))..)))))))))))......((.((.((..((((..-....)))).)).)).)).....))))))........... ( -25.60)
>consensus
AGCUCCACCUC_CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACCAUCUUAUACCAAGUUAUUUGUUAGCUU_______________GG_GAAGAAAUCAAU
(((((((((.(.......).)))).))))).(((((((((......))))).))))................................................................ (-14.50 = -14.70 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,063,611 – 5,063,731
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.24
Mean single sequence MFE	-25.95
Consensus MFE	-23.74
Energy contribution	-24.18
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.42
SVM RNA-class probability	0.993682
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5063611 120 - 23771897
UUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGGUCCACCUCCGCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACCAUCUUAUACCAAGUUAU
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>DroSec_CAF1 270132 120 - 1
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>DroSim_CAF1 291435 120 - 1
UUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCUCACCGACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACCAUCUUAUACCAAGUUAU
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>DroEre_CAF1 276990 116 - 1
UUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCCC-CCAACUGAGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACC---UUAUACUUGGUUAU
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>DroYak_CAF1 280784 119 - 1
UUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUCGUAUUUACCCACAGCUCCACCCC-CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUACUCACCUUCUUAUACCUGGUUAC
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>consensus
UUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCUC_CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUUCUGGUCAAGUUCAGCUAUUUACCAUCUUAUACCAAGUUAU
.((((......))))......(((((((((((..((((((((..............)))))).))(((((..((((.....))))..)))))................))))))))))). (-23.74 = -24.18 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,063,651 – 5,063,771
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.64
Mean single sequence MFE	-33.74
Consensus MFE	-28.24
Energy contribution	-28.84
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.754652
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5063651 120 - 23771897
GUAGUUGGGUUUCGGUUGGGCCAACGCUACGCUUGAUUAAUUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGGUCCACCUCCGCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUU
.(((((((((((.(((.(((((..........((((((((((((.......))))).)))))))...(((....)))....)))))))).((((....))))...))))))))))).... ( -35.50)
>DroSec_CAF1 270172 119 - 1
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>DroSim_CAF1 291475 119 - 1
GUAGU-GGGUUUUGGUUGGGCCAACGCUACGCUUGAUUAAUUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCUCACCGACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUU
...((-((((.((((.....)))).((((...((((((((((((.......))))).)))))))..))))....))))))(((((((((.((.....)).)))).))))).......... ( -34.20)
>DroEre_CAF1 277027 118 - 1
GUAGU-GGGUUUUGGUUGGGCCAACGCUACGCUUGAUUAAUUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCCC-CCAACUGAGGUGUGAGCUCAGCUAAUUU
...((-((((.((((.....)))).((((...((((((((((((.......))))).)))))))..))))....))))))(((((((((.(-......).)))).))))).......... ( -32.30)
>DroYak_CAF1 280824 118 - 1
GUAGC-GGGUUUUGGUUGGGCCGACGCUACGCUUGAUUAAUUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUCGUAUUUACCCACAGCUCCACCCC-CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUU
.((((-((((.((((.....))))...((((.((((((((((((.......))))).)))))))...))))...))))..(((((((((.(-......).)))).)))))..)))).... ( -32.50)
>consensus
GUAGU_GGGUUUUGGUUGGGCCAACGCUACGCUUGAUUAAUUUCUCUGCAUGGAAUAUAAUUAAUUUGGUAUUUACCCACAGCUCCACCUC_CCAACUGUGGUGUGAGCUCAGCUAAUUU
...........((((((((((.........(((.((((((((..(((....)))....)))))))).)))..((((((((((..............)))))).))))))))))))))... (-28.24 = -28.84 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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